整個過程可以分為以下幾個程序:首先從組織、體液或細胞中提取蛋白質，得到蛋白質混合溶液(根據妳的研究目的，可以先分離蛋白質，也可以不分離)，然後進行還原性烷基化(還原的過程是打開蛋白質的二硫鍵，然後烷基化可以修飾巰基，防止遊離巰基再次生成二硫鍵)，進行酶解，得到肽段。
1，樣品的收集和保存
組織樣本
1)對於人體切除的組織，如果可能的話，最好用PBS(磷酸鹽緩沖鹽水溶液，作為溶劑，起到溶解保護試劑的作用)取後直接去血。如果血液沒有去除，可以保存在-80℃的液氮中，用幹冰運輸。
2)對於小鼠、大鼠、兔等組織樣本，建議采用灌註去血，尤其是肝臟、胃、心臟等大組織，可以直接去血，得到最幹凈的血液。第二個方案是後期切的時候去血。
細胞樣本
對於常規實驗，建議接收大於5*1E6~1E7細胞的樣本量(有些實驗會要求更少的樣本量，後面會詳細討論)。取細胞後，先用PBS清洗細胞表面，因為培養基中大部分含有血清，所以這部分血清需要先清洗~
如果是做分泌蛋白的研究，首先要用PBS洗幾次樣品，然後在條件培養基(無血清培養基)中培養。根據細胞情況，大約12小時後，我們可以通過離心提取分泌蛋白，去除細胞碎片，取上清液。
血清樣本
1)血漿樣本:可通過常用的EDTA抗凝管采集，采集的血漿會懸浮，離心去除血細胞。
2)血清樣本:目前大部分研究都是針對血清樣本，成分更簡單，不含凝集素和大量血細胞，針對性更強。采集血清樣本時，直接將血清吸入試管中，讓其在室溫下凝固。上清液的黃色部分是血清樣本。
2、研磨或超聲波粉碎樣品，為了減少人工操作引入的修飾，通常要準備大量的冰，在冰上操作。同時需要加入蛋白酶抑制劑，防止操作過程中蛋白質被樣品中的蛋白酶降解。
3.完全焊接蛋白質。如果蛋白質沒有完全溶解，可以提取的蛋白質就很少，研究目的就達不到。
4、完全解旋蛋白質，通常情況下，蛋白質處於球狀穩定狀態，解旋蛋白質是將球狀蛋白質中的二硫鍵打開，使其形成鏈狀結構，從而進行下壹步的酶消化。
5.蛋白質的酶促水解通常，蛋白質被各種酶酶促水解。
6、去除雜質，要知道質譜是壹種非常靈敏的儀器，它檢測的是多肽的質荷比。所有的鹽以及所有離子化的雜質都會幹擾肽段的檢測。因此，我們會要求蛋白質樣品在進入質譜之前非常幹凈。在蛋白質水平和肽水平上去除雜質。
更詳細的，下次再聊~