東南大學國家大學科技園為科技企業和高科技產品的孵化提供優良的軟硬件服務和支持。大學科技園高起點、高標準地規劃、建設科技園區，***計形成孵化場地總面積4.15萬平方米，已逐步形成了壹園四區即東南大學國家大學科技園（長江後街創業園、光電子孵化中心、東鼎創業園、九龍湖創業園）的發展格局。大學科技園積極促成學校優勢資源對科技園的開放，積極爭取地方政府支持並已簽署合作協議（南京市玄武區、南京高新技術開發區、江寧經濟技術開發區），積極構建投融資體系、搭建包括法律、專利、資產評估、標準化認證咨詢、企業擔保等中介服務平臺為創業企業的運作提供全方位的增值服務。
東南大學國家大學科技園已經成為東南大學高科技成果轉化、服務地方經濟的重要窗口和平臺，有力的推動了國民經濟的和區域經濟的可持續發展，促進相關學科的發展和落實高層次人才培養戰略，為實現東南大學的爭先進位和創建國內外知名高水平研究型大學奮鬥目標作出貢獻。 為推動科技成果轉化和高新技術企業孵化，加速地方經濟發展與自主創新能力的提高，依據《東南大學—蘇州市人民政府全面合作協議》，東南大學國家大學科技園與蘇州工業園區科技發展局決定在蘇州工業園區獨墅湖高教區內***建東南大學國家大學科技園（蘇州）。
東南大學國家大學科技園（蘇州）坐落於東南大學蘇州研究院內，風景秀麗，設施完備。園區緊緊依托東南大學的學科優勢、人才優勢，密切聯系蘇州工業園區的產業升級與科技創新的要求，積極打造東南大學相關領域高新技術產業化的重要出口和電子信息、集成電路、生物醫藥、新材料等高新技術及相關產業的聚集地。園區由蘇州東大科技園發展有限公司具體負責運營。 東南大學國家大學科技園南通分園設立於2006年5月，園區坐落在江蘇省南通市工農路86號，擁有總孵化面積11000平方米 ，125個孵化單元，配備了多功能報告廳、會議室、接待室、職工活動中心、餐廳等20多個單元的配套設施。園區功能及環境的人文化設計、盡心盡力的專業化物業管理，給入園企業和員工提供了壹個舒適、怡人的空間。
園區執行壹系列國家和地方優惠政策，這些政策涉及財政、稅收、科技項目、專項發展基金等各個方面，為園區內軟件企業的發展提供政策性支持。
園區緊緊依托東南大學的學科優勢、人才優勢，充分利用南通地域優勢和政策優勢，優先發展外包軟件加工和出口軟件產品，積極吸引國內外規模軟件企業，扶持中小軟件企業的發展，探索建立軟件技術、市場、品牌企業聯盟。 為促進南京江寧經濟開發區經濟發展，提高區域創新能力，推動高新技術企業孵化和高技術成果轉化，東南大學國家大學科技園與南京江寧科學園管委會決定***建東南大學國家大學科技園江寧園區。
園區壹期坐落於天元中路118－2號，地處江寧經濟開發區主城區，毗鄰南京地鐵1號線，交通便利，配套設施完備。園區由東南大學和江寧經濟技術開發區***同領導，由雙方***設管理辦公室，負責日常管理、協調和聯絡工作。 東南大學國家大學科技園河西新城園區設立於2007年2月，是在東南大學和南京建鄴區政府***同領導下，由東南大學國家大學科技園與南京新城科技園***同管理的科技園區。園區座落於南京新城科技廣場，由南京新城科技大廈與南京新城創業大廈組成，總建築面積約11萬平方米。科技廣場北臨奧體大街，南靠富春江東街，西接泰山路，東依雲龍山路，是新城科技園的標誌性區域，距南京地鐵1號線中勝站600米。
南京新城科技園是南京市實施“沿江開發戰略”、建設河西新城區的重要組成部分。園區重點發展信息技術、軟件業、微電子產業、生物技術、生物醫藥、知識型服務業、創意設計、信息服務業。
東南大學國家大學科技園河西新城園區的設立，將有力的促進東南大學的科技成果轉化，將東南大學的學科優勢、人才優勢和企業相結合，依靠南京新城科技園良好的區位優勢、產業載體、超前的規劃以及完善的公***配套、服務體系，***同推進企業自主創新能力的提高，提升企業的核心競爭力，促進區域經濟發展。 入駐東南大學國家大學科技園的科技型企業可優先獲得以下政策支持：
江蘇省科技型中小企業技術創新資金
江蘇省重大科技成果轉化專項資金
南京市科技型中小企業技術創新基金
南京市專項補貼留學人員來寧創新創業資金
南京市軟件產業創業種子專項資金