眾所周知，無論什麽食物都必須不含病原微生物和其他有毒物質，這是最重要的。在滿足這個要求的前提下，盡量滿足人們希望的對食物的其他要求。雖然少量的非病原微生物通過口腔進入人體後不會對人體造成任何危害，但如果豆漿中有少量的非病原微生物，在適宜的溫度條件下就會大量繁殖生長，最終導致豆漿酸敗沈澱，不利於保存。如果豆漿中存在大量非致病微生物，不僅難以保存，大量雜菌還會引起胃腸道感染和疾病。從生產衛生的角度來看，豆漿中含有大量雜菌，是生產過程中嚴重汙染或長期繁殖生長的結果，是不合格產品的標誌。因此，豆漿的熱殺菌是必要的；但為了保證豆漿的風味品質，必須選擇好殺菌溫度和時間。長時間高溫殺菌會促進美拉德反應，不僅會造成豆漿的營養損失，還會造成不良的色澤和風味變質。嚴重時添加劑會失效，豆漿穩定性下降。
如何達到殺菌的目的，使豆漿符合人們的營養和風味要求，需要根據產品特點選擇殺菌方法。常用的熱滅菌方法如下:
1.低溫長時間殺菌(LTLT):低溫長時間殺菌是壹種使用已久的巴氏殺菌方法。通常豆漿加熱到60-70℃30分鐘，所以也叫保溫殺菌。這種殺菌方式可以殺死所有的致病菌，但其殺菌效果壹般不到99%，而且不容易殺死嗜熱菌和芽孢，還會殘留壹些乳酸菌。
2.高溫短時殺菌(HTST):高溫短時殺菌是壹種快速的巴氏殺菌方法，采用
80-85℃10-15秒的殺菌方法，或75-78℃15-40秒的殺菌方法，比長時間低溫的方法殺菌效果好，對豆漿成分破壞小，但不能殺死所有微生物，以去除致病菌。低溫長時間殺菌是壹個間歇過程，而高溫短時間殺菌通常在板式換熱器中進行，板式換熱器廣泛應用於熱敏性食品的生產中。這兩種方法得到的產品仍然含有微生物，儲存和處理過程需要冷藏。
以上兩種方法滅菌的豆漿，壹般稱為滅菌豆漿。有條件生產和銷售鮮奶的企業可以生產滅菌豆奶。由於生產滅菌豆漿可以簡化生產工藝和包裝材料，不需要添加穩定劑、乳化劑等添加劑，大大降低了成本，避免了高溫滅菌對豆漿品質的破壞。但豆漿是壹種營養極其豐富的食物，處於中性狀態。
它很容易生長和繁殖。豆漿中只要殘留少量的微生物，在合適的溫度下就會迅速繁殖生長。大多數情況下，豆漿中的蛋白質會先凝固，然後腐爛。合格的滅菌豆漿在常溫(20℃)下只能保存1天(24小時)，在低溫(4-8℃)下可以保存3-5天。所以滅菌豆漿必須是銷售生產，當天生產，當天賣完。出廠前壹定要存放在冷藏庫(5-10℃)，夏天要特別註意。
3.高溫殺菌法:該方法殺菌溫度為121℃，蒸汽壓力為0.14 MPa，殺菌時間為20-30分鐘(包裝豆漿)。其實在121℃4-5分鐘內就可以完成。保持滅菌殺死所有能生長的微生物，得到的產品是商業無菌的，即不含毒素、致病菌和在正常儲存和配送條件下能繁殖的微生物。因此，它的儲存、運輸和銷售都不需要冷藏。
4.UHT滅菌法:該方法的滅菌溫度為138-150℃，蒸汽壓力為
0.5 MPa，殺菌時間只需要幾秒鐘。超高溫滅菌是通過短時間的高強度加熱，使產品達到商業無菌水平。
後兩種方法是高溫壓力滅菌，也稱蒸汽滅菌，特點是殺滅所有微生物。如果與無菌包裝結合，或者包裝後與包裝壹起滅菌，就可以生產無菌豆漿。選擇保溫性好的包裝材料，可在常溫下存放3-5個月不酸敗變質。
每壹次殺菌都會產生負面影響，產品會發生變化，從而影響其營養價值和感官特性。熱處理對蛋白質的影響或多或少改變了其性質(變性過程只與蛋白質的物理狀態有關)，其營養價值變化不大。加熱對蛋白質中的氨基酸影響不大，主要是賴氨酸的損失，具體如下:巴氏殺菌1%-2%，殺菌6%-10%。
超高溫處理3%-4%；熱處理過度會導致褐變，參與褐變反應的還原糖會損失。巴氏殺菌和超高溫瞬時滅菌不會產生這種變化。但在較高的貯藏溫度下(35-40℃)，也可能發生褐變；脂肪壹般不受不同滅菌工藝的影響。
加熱的影響；礦物質基本不受滅菌熱處理影響，可溶性鈣和磷酸鹽含量可能降低；各種維生素中，維生素基本不受巴氏殺菌和超高溫處理的影響；維生素在滅菌過程中保持穩定；維生素被認為受到加熱的影響，其損失取決於熱處理的程度；巴氏殺菌和超高溫處理在維生素損失上差別不大。維生素容易受到加熱的影響，尤其是在滅菌過程中。葉酸也容易受到加熱的影響，流失的情況和維生素基本相同。生物素和煙酸都比較穩定，滅菌時受熱損失有限。
在殺菌過程中，低殺菌溫度需要較長時間，食品中熱敏性成分的損失率隨溫度和時間的增加而增加。隨著滅菌溫度的升高，滅菌所需時間迅速減少。雖然食品中熱敏性成分的損失率會隨著殺菌溫度的升高而增加，但隨著殺菌時間的縮短而降低。由於高溫殺菌所需時間較短，隨著殺菌溫度的升高，食品中熱敏性成分的損失率會趨於降低。有資料顯示，滅菌溫度為121℃時，對孢子的殺滅時間為4分鐘，部分成分的保留率為70%。但隨著溫度的升高，孢子的殺滅時間急劇減少。反而是食材留存率大幅上升。殺菌溫度為132℃時，該成分保留率為90%，殺菌溫度達到150℃時，保留率在98%以上。
高溫短時殺菌壹定真的是整個高溫階段的短時間，而不是最高溫度的短時間。所以在設備的選擇上，要能夠瞬間將豆漿的溫度提升到最高殺菌溫度，然後再降溫到直接加熱和殺菌後直接加熱兩種。
蒸汽直接加熱的方法壹般是將豆漿預熱到70℃以上，然後瞬間與高溫蒸汽混合，將豆漿溫度提高到殺菌要求。到達時間後，立即將其吸入真空罐進行閃蒸。由於蒸發吸熱，豆漿的溫度在很短的時間內(10秒)降低到85℃以下，與豆漿混合的冷凝水被蒸發，同時可以有效去除豆漿中的不良風味。這是目前為止最有效的將豆漿殺菌和脫腥結合起來的方法。
用電流直接加熱的方法是讓豆漿在通過電流的同時通過電阻管，盡量讓電流主要通過流經管內的豆漿而不是外壁，這樣可以在極短的時間內將豆漿加熱到140℃。這種專利方法克服了間接加熱管子導致管壁溫度高而產生的結垢問題，以及由此帶來的傳熱和清洗困難，熱效率極高，達到80%以上。