國家敦煌藝術研究院成立，開始管理和保護敦煌石窟文物。65438年至0949年，國家敦煌藝術研究院更名為敦煌文物研究所，並成立保護室(組)，開始了莫高窟的搶救、修復和保護工作。
1984
敦煌文物研究所擴建為敦煌研究院，保護室擴建為敦煌研究院。她是中國最早從事石窟文物保護的專門機構。50年來，已發展成為以石窟文物保護、壁畫、雕像修復、工程加固研究為主的科研實體。保護所下設環境研究室、分析研究室、修復技術室、檔案信息資料室、圖像處理研究室、文物保護技術服務中心；還擁有敦煌研究院保護研究所和美國蓋蒂研究所(GCI)、日本東京國立文化財產研究所、與日本大阪大學合作項目研究室等機構。形成了由博士、碩士、學士、化學、物理、工程地質、計算機、林業、建築、測繪、攝影、氣象等學科組成的保護技術和修復技術隊伍，擁有高、中、初級職稱近50人。它還擁有壹批先進的分析和環境監測儀器和設備，如X射線衍射，X射線熒光，傅裏葉紅外，偏光顯微鏡和自動環境監測儀。現任主任是王旭東博士。
幾十年來，完成了敦煌三個石窟的加固工程，以及壁畫和彩塑的修復加固。同時，幫助完成或正在完成新疆、青海、甘肅、河南、寧夏、西藏、浙江等省的壁畫、彩塑修復、土遺址加固工程等數十項重大文物保護維修項目。目前，科技部、國家文物局等部門下達的保護科研項目有40多個。其中獲得國家和省級獎勵12項，國家發明專利1項。與國內部分高校和科研院所合作，先後完成了甘肅省科委科技攻關項目“敦煌壁畫計算機存儲與管理系統研究”、國家科委九五國家科技攻關項目“瀕危珍貴文物信息計算機存儲與復制系統”、國家863項目“曙光電源工作站在文物保護中的應用”和國家自然科學基金等高科技項目。上述項目的研究和實施，將為我國利用計算機技術存儲文物開辟壹個新的領域。
20世紀80年代末。
啟動國際合作保護敦煌莫高窟項目，先後與東京國立文化財產研究所、美國蓋蒂保護研究所(GCI)、東京藝術大學、大阪大學、美國梅隆基金會、美國西北大學等國外機構合作，研究敦煌石窟的保護與保存。65438-0993年，我院與GCI、中國文物研究所成功舉辦了“古絲綢之路遺址保護國際學術會議”。由聯合國教科文組織資助、國家文物局委托舉辦的“中國石窟文物保護研究培訓班”。2000年，受國家文物局委托，舉辦了“地球遺址保護培訓班”。敦煌研究院保護研究所將立足敦煌，面向全國石窟、壁畫、土遺址，放眼世界，繼續加強與國內外的合作與交流，抓住西部大開發難得的發展機遇，為保護人類文化遺產做出新的貢獻。