1944年國立敦煌藝術研究所成立，開始了對敦煌石窟文物的管理和守護工作。1949年國立敦煌藝術研究所改名為敦煌文物研究所，並設置保護室（組），開始了對莫高窟的搶救修復和保護。1984年敦煌文物研究所擴大為敦煌研究院，保護室隨之擴大為敦煌研究院保護研究所。她是我國最早從事石窟文物保護的專門機構。50多年來，已發展成為壹個主要從事石窟文物保護研究，壁畫、塑像修復及工程加固為壹體的科研實體。保護所下設環境研究室、分析研究室、修復技術室、檔案信息資料室、圖像處理研究室，文物保護技術服務中心；並設有敦煌研究院保護所與美國蓋蒂保護所（GCI）、與日本東京國立文化財研究所、與日本大阪大學合作項目研究實驗室等機構。研究所已形成壹支由博士、碩士、學士及化學、物理、工程地質、計算機、林學、建築、測繪、攝影、氣象等多種學科，近50人的高、中、初級專業職稱組成的保護科技及修復技術隊伍。並具有X衍射、X熒光、付立葉紅外、偏光顯微鏡、全自動環境監測儀等壹批先進的分析及環境監測儀器設備。現所長由王旭東博士擔任。
幾十年來完成了敦煌三座石窟的加固工程，及壁畫、彩塑的修復、加固。同時協助完成或正在完成新疆、青海、甘肅、河南、寧夏、西藏、浙江等省的壁畫、彩塑修復及土遺址加固工程等數十項省內外重大文物保護維修項目。現已完成和正在進行的由國家科學技術部、國家文物局等部門下達的保護科研項目約40多項。其中獲國家及省部級獎12項，國家發明專利1項。研究所來與國內壹些高校、科研院所合作，先後完成了甘肅省科委重點科技攻關項目“敦煌壁畫的計算機貯存與管理系統的研究”、國家科委“九五”國家重點攻關科技項目“瀕危珍貴文物信息的計算機存貯與再現系統”、國家863項目“曙光天演Power工作站在文物保護中的應用”、 國家自然科學基金委“多媒體與智能技術集成及藝術復原”等高科技項目。以上項目的研究並付諸實施將為我國采用計算機技術存貯文物開辟壹個新的領域。
自20世紀80年代末開始國際合作保護敦煌莫高窟項目，先後與日本東京國立文化財研究所、美國蓋蒂保護研究所（GCI）、日本東京藝術大學、日本大阪大學、美國梅隆基金會及美國西北大學等外國機構合作，進行敦煌石窟文物保護、保存等方面的研究。1993年我院同美國GCI、中國文物研究所成功的舉辦了“絲綢之路古遺址保護國際學術會議”。受聯合國教科文委員會資助和國家文物局的委托，舉辦了“中國石窟文物保護研究培訓班”。 2000年又受國家文物局的委托，舉辦了“土遺址保護培訓班”。
敦煌研究院保護研究所將立足敦煌，面向全國石窟及壁畫、土遺址，放眼世界，繼續加強同國內外的合作與交流，抓住西部大開發這個難得的發展機遇，為保護人類文化遺產做出自己新的貢獻。 美術研究所源於1944年成立的國立敦煌藝術研究所。經1950年的敦煌文物研究所美術研究室，1984年為敦煌研究院美術研究所。
美術研究所目前有專業人員20人，其中繪畫16人、雕塑2、裱裝2人，另有行政1人。
美術研究所主要從事敦煌壁畫臨摹、復制，敦煌藝術的理論研究，藝術創作活動。是目前國內具有壹定規模和水平的壁畫臨摹、復制、研究的專業性機構。
經過幾代人辛勤艱苦的勞動，美術研究所現擁有壁畫臨本2000余幅，彩塑50余身，復制原大洞窟11個，研究論文30余篇。除對敦煌莫高窟、榆林窟、西千佛洞的壁畫臨摹外，還應邀臨摹、復制了陜西章懷太子墓、懿德太子墓、新疆克孜爾壁畫、拜城壁畫、嘉峪關、敦煌魏晉墓畫像磚等。
為弘揚中華民族優秀的文化遺產，敦煌壁畫臨本和彩塑臨品，自1943年至2000年底在國內外展示了敦煌藝術展覽20余次，使更多的人了解到古代勞動人民所創造的燦爛輝煌的敦煌藝術。
美術研究所為敦煌火車站、蘭州火車站創作了大型的室內外壁畫。為香港誌蓮凈苑創作了佛教壁畫。在繼承傳統藝術精華走向新壁畫創作的道路上，留下了探索的足印。 敦煌研究院敦煌文獻研究所，成立於1980年，原為敦煌文物研究所遺書研究室，1984年擴建為敦煌研究院遺書研究所，1995年改今名。為敦煌研究院專門從事敦煌文獻的整理和研究的職能部門，主要從事敦煌莫高窟藏經洞出土的各類文獻的整理和研究工作，內容包括敦煌佛教文獻、敦煌社會經濟文獻、敦煌歷史地理文獻、敦煌科技史文獻、敦煌文學文獻、敦煌道教及其它宗教文獻、藏經洞藝術品等的整理和研究。近根據敦煌學發展的需要及自身的研究條件，敦煌文獻研究所的研究人員主要集中從事敦煌文獻與敦煌石窟的結合研究、敦煌文獻與敦煌史地的結合研究等。
敦煌研究院編輯部
敦煌研究院編輯部的主要職能是編輯出版、發行《敦煌研究》和策劃、組稿、編輯敦煌學的文集、圖冊。該部主編的《敦煌研究》，從1983年創刊以來，從不定期到季刊、雙月刊，20年來，連續出版70多期，配合大型國際學術討論會，又出版增刊5期。該刊在敦煌學界、我國期刊界已有良好的影響，海內外壹些國家圖書館、大學、科研單位、文物部門列為永藏期刊，壹些專家學者的案頭必備之刊，亦被列入中國社科核心期刊。《敦煌研究》先後榮獲甘肅省優秀社科期刊獎、壹級名牌期刊獎和國家優秀社科期刊獎，進入第壹、二屆全國百種重點社科期刊和中國期刊方陣“雙高”期刊。
該部20多年來組織編輯出版了《1983年全國敦煌學討論會文集》（4卷）、《1987年國際敦煌石窟討論會文集》（2卷）、《1990年敦煌學國際研討會文集》（4卷）、《1994年敦煌學國際學術討論會文集》（4卷）、《2000年敦煌學國際學術討論會文集》（4卷）、《敦煌研究文集》（5卷）、《敦煌石窟藝術》（30卷）等。其中不少獲省級、國家級出版獎。編輯部以展示學術成果、弘揚敦煌藝術為己任。 敦煌研究院攝錄部的主要職能是為敦煌石窟的保護、研究、弘揚工作提供圖片、錄相等信息資料。該部門現保存有自20世紀50年代起所拍攝的各類石窟文物攝影資料近40,000張；自20世紀80年代起所拍攝的各類錄相資料近100盤。
長期以來，該部門承擔了大量國內外有關敦煌石窟藝術出版物的圖片攝影工作，如《中國美術全集·敦煌壁畫卷》、《中國美術全集·雕塑卷》、《中國石窟·敦煌莫高窟》（5卷）、《中國石窟·安西榆林窟》、《中國壁畫大全·敦煌》（10卷）、《中國石窟雕塑大全·敦煌卷》、《敦煌石窟藝術》（22卷）、《敦煌石窟藝術全集》（28卷）、《中國敦煌》、《敦煌經典五十窟》、《敦煌石窟鑒賞叢書》等；該部門還攝制了《莫高窟藝術》錄相專題片和《敦煌莫高窟藝術》VCD光盤；除了拍攝石窟文物之外，該部門還拍攝了大量有關絲綢之路名勝古跡、自然風光的攝影作品並結集出版。 敦煌研究院陳列中心全稱為“敦煌石窟文物保護研究陳列中心”,是我國唯壹的石窟類文物保藏陳列機構，占地面積兩萬多平方米,建築面積五千多平方米,由日本政府無償援建,於1992年2月開工,1994年4月落成,同年8月21日正式開館。
該中心內設錄像演播廳和三個展區，敦煌石窟藝術的精華和發展歷程的概況在此得以展現。第壹展區是8個原大復制洞窟，它們是敦煌莫高窟十六國時期的第275窟、西魏第249窟和第285窟、隋代第419窟、初唐第220窟、盛唐第217窟、元代第3窟和安西榆林窟中唐第25窟，均屬各時期的傑出代表窟，展現了自十六國至元代壹千年間敦煌石窟藝術的風采。第二展區是敦煌石窟文物陳列，展出敦煌石窟出土的文物精品。第三展區位於中心展廳二樓，為機動展區，可以舉辦各種展覽和專題文物陳列，正式展出的是“西藏銅雕藝術展”，展示藏傳佛教金剛造像精品，有很高的文物價值和觀賞價值。
陳列中心下設有文物收藏管理、陳列展示、講解服務、設備管理等部門，管理陳列中心日常運營和對外開放，承辦各種展覽和敦煌研究院對外展覽活動。為人們全面深入地了解敦煌石窟和敦煌佛教藝術，提供了有力的幫助和支持。 敦煌藏經洞陳列館是敦煌研究院陳列中心所轄的專題陳列館，位於敦煌莫高窟南區北端三清宮內，與聞名中外的“藏經洞（第17窟）”毗鄰。三清宮俗稱下寺。清光緒二十六年（1900年）五月，湖北麻城人王圓箓道士於該寺側發現藏經洞，後以私售藏經洞文物和募化所得，於清光緒三十四年（1908年）重修前三清宮，寓居於此。該寺為藏經洞文物發現、被盜之重要見證，歲月既久，失於修葺。敦煌研究院於藏經洞發現百年之際，修復重建此寺，辟為“敦煌藏經洞陳列館”，展示藏經洞精美文物及發現、流散之史實，以昭示後人。
藏經洞陳列館內辟王圓箓道士舊居，藏經洞開鑿、封閉、發現、流散、被盜史實陳列和敦煌研究院收藏的藏經洞出土文獻、佛經等文物真品陳列，以及臨摹的現收藏於英國博物館和法國吉美博物館的絹畫和紙畫精品陳列等。是敦煌莫高窟壹處重要的旅遊接待場所。 敦煌研究院接待部，主要承擔莫高窟石窟藝術的講解和宣傳工作。講解員均受過系統的專業培訓和嚴格的考核。講解語種有中、英、日、法、德、韓、俄七種。外語講解員均在正規外語院校進行過系統的進修學習，能用較流暢的語言進行講解。
為了在確保文物安全的前提下作好旅遊接待工作，該部的接待方式是：
壹、所有遊客均在該部講解員的帶領下進行參觀。
二、旅行團隊在購票後直接到該部聯系講解員。
三、內賓散客到入口處集中，每25人左右為壹組，派壹名講解員帶領參觀。
四、外賓散客在旅遊旺季（六～十月）每天定時安排外語講解（上午9：00，下午2：30），其他月份隨到隨安排。
五、“五壹”國際勞動節、“十壹”國慶節和農歷四月初八（浴佛節），實行對內賓守洞講解，外賓帶領參觀講解的方式。 敦煌研究院保衛處成立於1989年8月，主要擔負著敦煌研究院所轄莫高窟、榆林窟、西千佛洞三處石窟及館藏文物的安全保衛和轄區的治安管理工作任務。落實“防盜、防火、防破壞、防災害事故”的各項安全防範措施。嚴密各項治安管理，加強社會治安綜合治理。防範和打擊各類違法犯罪活動，確保文物安全和社會治安的穩定，為敦煌研究院各項事業的順利開展保駕護航。
自1989年以來，敦煌研究院保衛處連年被酒泉地區、敦煌市評為“社會治安綜合治理”先進單位；1994年以來獲得酒泉地區公安保衛系統“壹級達標”單位；連年被敦煌市公安局評為公安保衛系統先進集體；1996年榮獲“全國文博系統安全保衛工作”先進集體；2000年獲得酒泉地區“無毒社區”稱號；2001年被敦煌市評為“消防工作先進單位”。 敦煌研究院黨委辦公室是院黨委下屬的綜合辦事機構。主要職責是對黨的路線、方針、政策和全院貫徹執行情況做好調查研究，向黨委提出貫徹意見，並組織實施；掌握全院黨員、幹部和群眾的思想動態，並進行綜合分析研究，有目的、有計劃地安排黨員、幹部和群眾開展學習；檢查督促各黨支部貫徹執行黨委決議和開展組織生活，積極做好黨員發展工作；按照《黨政領導幹部選拔任用工作條例》，做好幹部的培訓、考察、任用工作；搞好黨內監督，配合院紀檢組，加強黨風廉政建設，做好黨員幹部的來信來訪工作；搞好我院愛國主義教育基地建設；搞好***青團、婦女、統戰、保密、社會治安綜合治理等工作；搞好黨內文件的收發、傳閱、處理、歸檔工作。