1、轉子的材質不均 ( 包括密度不均和膨脹系數的不均 ) ；
2、 渦輪轉子的各組成零件在制造中的加工誤差，如同軸度、轉子端面的平行度、轉子體的不對稱性等等；
3、轉子的裝配質量。如渦輪轉子上下葉輪因裝配不當產生偏差；渦輪轉子在電動機軸上裝得不正；或裝配時壓緊力不足，高速運轉後產生松動等。
以上諸因素會造成渦輪轉子的質量分布不均，形成壹定的質量偏心，當轉子轉動時產生不平衡的離心力，從而使分子泵產生有害的振動和噪音。
二、由於渦輪分子泵的轉速很高，因此防止產生***振也是壹個重要問題。在分子泵的設計中應正確地選用工作轉速和合理地設計電動機的主軸。
三、主軸的支承條件，如軸承的精度、安裝方式、潤滑條件等對分子泵的振動也將產生較大的影響。
為了減少分子泵整機工作時的振動，在泵的設計制造中應采取以下措施：
1、在工藝條件允許的情況下，盡可能提高零部件的加工精度。
2、對電動機主軸及渦輪轉子等旋轉零部件進行嚴格的動平衡試驗。
3、為了防止產生***振，確保泵安全運轉，泵設計時，應使主軸的工作轉速 n 在其各階臨界轉速之外。在軸的初步設計時，應對其臨界轉速進行驗算，至少使其與工作轉速相差 20 %左右，否則應改變軸的尺寸或剛性來達到上述要求。
4、對主軸軸承的外側設置橡膠減振環。橡膠減振環除了具有減振、隔音效果外，還有利於越過***振區，衰減高頻振動和噪音的作用。
5、為減少分子泵的振動向外傳遞以及減少外界振動對分子泵的影響，在分子泵的四個支柱下裝有四個橡膠墊以起到隔振作用。