長期以來，學院堅持走科研與教學相結合的道路。教師在教學的同時積極參與科研活動，通過科研促進教學質量的提高。
目前，學院擁有福州大學生物工程研究所、醫藥生物技術研究所、食品生物化學實驗室、應用生態學實驗室和生物腐植酸實驗室等科研機構。學科帶頭人為饒平凡教授、葉院長、郭教授，有壹批具有科研教學實力和主動性的學術骨幹，其中副教授12(、、、、、石、、、王少雲、劉樹濤、李浩、周建武等。)40歲以下，其中學校聘請負責教授。
學院科研團隊在酶工程、醫藥生物技術、食品生物化學、水產生態養殖等領域的蛋白質方面形成了團隊，在國內外具有壹定的影響力:
1.蛋白質與酶工程方向:對工業、農業和人類健康有重要意義的功能蛋白質的分離、純化和表征(上遊)，基因克隆、重組和表達菌株的構建(中遊)，大規模制備和生產(下遊)。該方向是當今生物學的重點——以功能基因組學和蛋白質組學為代表的系統生物學的重要組成部分，將為21世紀真正實現生物技術的世紀奠定基礎。
在國內同類學科中，該方向在蛋白質的分離純化與表征、規模化制備與生產方面優勢明顯。但與蛋白質方面的頂尖研究機構相比，基礎理論的研究有待加強。
2.醫藥生物技術方向:該研究方向的特點是研究關鍵生化產品和生化過程的內在動力學和宏觀過程動力學，分離純化相關生化產品，實現工程放大和過程優化。該研究方向包括:微生物反應過程的優化、新型生物反應器的開發以及相關新型生化產物的分離純化。
(1)微生物過程的特性及優化研究
該方向主要從事微生物反應內在動力學和過程動力學的研究，開展生物反應過程的優化和相關反應器的優化設計與控制，實現目標生化反應過程的高效運行。
(2)新型環境生物反應器的研究。
針對高濃度有機廢水和低濃度生活廢水的厭氧生物降解過程，重點研究了厭氧生物反應器的特性，從工程角度和微生物角度探討了生物反應器的優化控制措施，開發了實用的相關廢水生物處理技術。
(3)新型生化分離技術
生化分離工程在生物技術中起著重要的作用。該方向主要根據生化反應產物的特性，研究生化分離的新技術和新工藝。重點介紹了膜分離、色譜分離、離子交換分離和超臨界流體萃取。
(4)在該研究方向上，洪教授領導的藥物基因組學研究重點是藥用微生物的篩選、菌種改良、微生物藥物基因組學、抗性基因克隆、抗生素生物合成基因簇克隆、基因敲除、基因封閉、基因置換、細胞工程育種、次生代謝產物代謝網絡調控及發酵工藝優化、抗生素的分離提取純化、抗生素產業化。其中，妥布黴素產生菌通過品質改良和優化已實現產業化，技術指標達到國內領先水平。具有不同遺傳性狀的西索米星高產菌株小單孢菌(micromonospora eneuvensis)的基因簇克隆取得突破，申請了專利，並獲得省科技進步三等獎，填補了我國在該研究領域的空白。其他研究的品種有卡那黴素、慶大黴素、妥布黴素、小諾黴素、西索黴素、核糖黴素、金黴素、土黴素、四環素、利福黴素、紅黴素、環孢素A、頭孢菌素、克拉維酸、萬古黴素、環孢素A等。其大部分生產技術指標已高於工業化水平。
3.食品生物化學方向:以堅實的生物化學科學為基礎，開展對傳統食品的研究。具體來說，目前的研究方向有1。食品分析方法研究2。蛋白質傳統食品研究。發酵傳統食品的研究。引入最新的分析方法是突破傳統食品研究的前提。本學科發展的利用色譜和毛細管電泳分析食品成分和功能的新方法，有效地揭示了傳統食品的成分和機理，體現了研究工作的深入和手段上的優勢。在模仿和跟蹤國際現成食品科技的大趨勢下，本學科堅持開展對中國傳統食品的研究，認為這是打造中國食品工業核心競爭力的神聖職責，是本學科自立於國際食品科技之林的基礎。
本方向研究了黃酒、福州肉燕、豆腐、中華果的涼性的生化基礎，為人們在分子水平上認識這些重要的傳統食品提供了新的視角，為相關食品的產業化和國際化奠定了基礎。這些努力得到了國內外食品行業的支持，出現了全新的產學合作局面，正進入碩果累累的收獲季節。
該方向的另壹個顯著特點是擁有學術界少有的成功創業經驗，產業化能力強，在與食品行業的交流上有天然優勢，實現了與國內乃至國際食品企業的高層次技術合作與交流。目前已與聖農集團、蠟筆小新、福瑪吉團等福建省三大食品企業建立了R&D機構。雀巢、達能、愛芬、日本味千等公司的合作研究已經開始。該課題正成為推動我省食品工業發展的技術動力源。
該學科的突出弱點在於，在尋求政府資源以支持該學科開展的前瞻性研究方面缺乏溝通技巧。
4.應用生態學方向:
(1)開發全新的海洋魚類內陸養殖技術，在南美白對蝦和石斑魚養殖中獲得成功，目前正在內地推廣。該技術不僅可以避免海域多變惡劣氣候帶來的潛在風險，還可以充分利用土地資源，人為改善生態條件，縮短生長周期，降低生產成本。
(2)淡水魚生態養殖新技術在甲魚和羅非魚養殖中獲得成功，甲魚養殖已推廣到福建、浙江、廣東、江西、海南等省，取得了較大的經濟效益和社會效益。袁崇貴副教授，學術帶頭人，被農民稱為龜博士。
(二)科技服務業
1.科技首先服務於本科和研究生教育。我院利用重點學科和科研機構的軟硬件條件，積極為本科生教學服務。近年來，我院本科生開展的科研團隊、SRTP科研培訓、科研創新活動在全校名列前茅，在全國科協組織的全國大學生創業大賽、科技創新中獲獎30余次。
現以新校區實驗室建設為契機，建設教育部生物實驗中心、教育部直屬高校特色優勢實驗室——生物醫學工程技術實驗中心和福建省醫學生物工程技術創新平臺。這些實驗和創新平臺不僅使學生掌握了新技術，還激發了學生的科學探索和創新精神。
2.科技為地方建設服務。近年來，我院在科技發展方面取得了可喜的成績。橫向基金連續三年翻番。2006年人均經費近65438+萬元，連續兩年位居全校第二，是科技應用推廣先進單位。劉樹濤等老師先後獲得科技推廣先進個人。