自然科學與工程&醫學研究 復旦大學誕生了中國第壹臺質子靜電加速器、第壹臺電子模擬計算機和第壹個ALGOL-60編譯器，第壹臺X.25分組交換機，第壹套因特網監控裝備、第壹批真正意義上的數字電子計算機。在人類基因組學、基礎醫學與臨床醫學等領域都取得了重要的科技進展。醫學科研的經費和項目數，已從兩校合並初期的25%左右，增長到全校總量的壹半。
1.科研經費&項目
2010年度，學校理工科、醫科***獲得各類項目1393項，到款總經費108186萬元。其中縱向項目1045項，到款經費93660萬元；橫向項目348項，到款經費14526萬元。獲得“973”計劃項目2項，國家重大科學研究計劃項目2項。國家科技支撐計劃項目2項，獲國家科技重大專項課題6項。
***申請國家自然科學基金1745項，獲資助項目482項，獲資助經費17465．9萬元。其中獲得國家自然科學基金面上項目254項，青年科學基金159項，重點項目10項，重大研究計劃重點項目2項，國家傑出青年科學基金項目4項。
獲得教育部博士點基金博導類項目資助20項，新教師類項目資助37項，資助經費為253．2萬元。教育部“新世紀優秀人才支持計劃”19項，教育部留學回國人員科研啟動基金39項，經費128．5萬元。獲得霍英東教育基金資助立項3項。獲得財政部、教育部“中央高校基本科研業務費專項資金”4357萬元。
2.論文發表
2010年度，學校理工科、醫科申請中國專利671項，數量較2009年增長近30%。授權專利數量164項，全校累計有效專利（維持中）841項。已完成計算機軟件著作權登記17項，為歷年最高。全校2009年發表SCI論文1958篇，比上壹年增長12．98%。根據中國科學技術信息研究所歷年發布的中國科技論文統計結果，學校2004—2008年***發表SCI論文7269篇。其中有2419篇論文在2009年被引用，***被引用9106次，平均被引次數1．25次，位列全國高校第壹。被引用達10次以上的論文有26篇，也居全國高校之首。被引用論文占發表論文總數的33%，位居全國第二。
生命科學學院、生物醫學研究院的研究成果被《自然》於2010 年2 月以連續兩篇研究論文的方式發表，生命科學學院的研究論文在《新英格蘭醫學雜誌》上發表。
3.科技獲獎
2014年度，該校醫科***有2個項目榮獲國家科學技術獎勵，其中國家科學技術進步獎二等獎1項，國家科學技術進步獎二等獎（科普類）1項。
2013年度，該校醫科***有1個項目榮獲國家科學技術進步獎二等獎。另外周良輔院士榮獲2013年度“何梁何利基金科學與技術進步獎”。該校理工科獲國家技術發明獎1項。
2012年度，該校***獲國家科學技術獎7項，其中科技進步獎壹等獎1項，科技進步獎二等獎2項，技術發明獎二等獎2項，自然科學獎二等獎2項。
2011年度，該校***獲國家科學技術獎4項，其中自然科學獎二等獎3項，技術發明獎二等獎1項。
2010年度，該校***獲國家科學技術獎4項，其中科技進步獎二等獎3項，自然科學獎二等獎1項。 人文與社會科學研究 從2003年到2007年，該校文科研究和發展費用累計達到2.6億元，承擔國家社科基金146項、教育部課題194項、上海市哲學社會科學236項。出版各類著作2200部，發表論文1.5萬篇，研究報告2300篇，***獲得省部級以上科研成果獎勵222項。
復旦大學獲獲第五屆中國高校人文社會科學研究優秀成果獎各類獎32項、獲上海市第十壹屆哲學社會科學優秀成果獎各類獎79項、獲上海市第十屆鄧小平理論研究和宣傳優秀成果各類獎17項、獲上海市第十二屆哲學社會科學優秀成果各類獎80項。 館藏資源 復旦大學圖書館前身為戊午閱覽室，1922年正式建館。由文科館、理科館、醫科館、張江館、江灣館（李兆基圖書館）、古籍部（國家古籍重點保護單位）組成。
截至2014年底，圖書館館藏紙本文獻資源約500余萬冊，其中線裝古籍約40萬冊（包括善本6萬冊），民國時期圖書10萬冊。訂購中西文紙質期刊6124種，訂購中外文數據庫271個，電子圖書233.93萬種，中西文全文電子期刊6.52萬種，特色館藏包括古籍、民國時期文獻、外文圖書、復旦人著作以及各類專題贈書。
其中復旦醫科圖書館藏書刊40余萬冊，重點收藏基礎醫學、臨床醫學、藥學、預防醫學、法醫學、護理學等領域的中英文書刊。擁有中國生物醫學文獻數據庫(CBM)、中國學術期刊網絡出版總庫、中文科技期刊數據庫、萬方數據知識服務平臺、Web of Knowledge、EMBase、Proquest、OVID醫學全文數據庫、EBSCO的Academic Search Elite、Elsevier 的ScienceDirect、Kluwer等200多種數據庫。 學術期刊 《復旦學報（社會科學版）》：主要刊載文、史、哲、經、法等學科論文。創刊於1935年6月，1978年復刊，並為此組成了直接由校黨委領導的文科學報編輯部。
《復旦學報》（自然科學版）（中、英文混版）：創刊於1935年6月30日，主要刊登數學、化學、生命科學、技術科學、信息科學、管理科學、醫學科學等基礎研究和應用研究方面的學術論文、研究快報、研究簡報等。
《復旦學報（醫學版）》：其前身是《上海醫科大學學報》，創刊於1956年6月。主要刊登基礎醫學、臨床醫學、藥學、預防醫學等領域的以原創性研究為主的論文。
《數學年刊》：2008年，該刊出版《數學年刊A輯》（中文版）6期，《數學年刊B輯》（英文版）6期，以及A輯中譯英版C輯（英文版）4期（Chinese Journal of Contemporary Mathematics 《中國當代數學》，由美國阿倫頓出版公司在美國出版發行）。
《復旦教育論壇》：已入選中文社會科學引文索引（CSSCI）來源期刊，並且入編《中文核心期刊要目總覽》之教育類的核心期刊，《中國學術期刊評價研究報告:RCCSE權威、核心期刊排行榜與指南》核心期刊。
《新聞大學》：為全國新聞核心期刊，中國社科期刊學術論文統計數據庫核心期刊，中國人文社會科學論文與引文數據庫首批來源期刊，並被許多名牌大學在學術評審時內定為權威刊物。
《當代修辭學》：為語言學中文核心期刊、CSSCI來源期刊，“中國人文社會科學綜合評價AMI”核心期刊。
《世界經濟文匯》：屬於CSSCI來源期刊，經CSSCI社會科學評價中心2008年的評審，雜誌的綜合學術影響力在CSSCI來源期刊（2008-2009）72種經濟學刊物中名列第十，是排名前十的雜誌中唯壹壹份來自北京之外的經濟學學術雜誌。
《研究與發展管理》：是國家自然科學基金委員會管理科學部認定的中國管理科學類重要期刊之壹。
《中國感染與化療雜誌》：獲得2007年度“中國百種傑出學術期刊”稱號。經過中國精品科技期刊遴選指標體系綜合評價，被評選為2008年度中國精品科技期刊。
《中國眼耳鼻喉科雜誌》：是中國科技核心期刊（中國科技論文統計源期刊）、復旦大學核心期刊，被萬方數據、中國知網及重慶維普數據庫全文收錄。
《微生物與感染》：2008年，***發表述評3篇，論著25篇（其中由國家自然科學基金資助的論著5篇，國家“973”和“863”計劃資助的論著5篇，其他項目資助的論著3篇），綜述21篇，其他文章34篇。
《中國循證兒科雜誌》：全年***發7期(包括增刊1期)。刊發論著42篇，專家對談錄7篇，講座2篇，綜述10篇，病例討論2篇，病案報告7篇。
《中國臨床神經科學》：2000年起為中國科技論文統計源期刊、中國學術期刊綜合評價數據庫等5家期刊數據庫收入並評為中國科技核心期刊。
《中國醫學計算機成像雜誌》：為中國科技期刊、中國學術期刊（核心期刊）。
《中華手外科雜誌》：已加入中國科學引文數據庫（CSCD）、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國期刊全文數據庫、中國數字化期刊全文數據庫、中文科技期刊數據庫。
《中國臨床醫學》：為中國科技核心期刊，中國科技論文統計源期刊，中國科學引文數據庫來源期刊。被中國期刊全文數據（CJFD）、萬方數據庫數字化期刊全文收錄；被國家圖書館、中國版本圖書館、上海圖書館等全文收錄。
《中國癌癥雜誌》：被“中國期刊網”、《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄；入選 “中國學術期刊綜合評價數據來源期刊”；加入“萬方數據庫―數字化期刊群”全文上網，被《中國核心期刊（遴選）數據庫》收錄；被北大圖書館《中文核心期刊》收錄為中文核心期刊。