南京工程學院的碩士點為：電氣工程和機械工程的專碩2個。
南京工程學院建有省級重點建設學科5個，省級優秀學科梯隊4個。 省級重點建設學科（5個）：機械設計制造及其自動化、熱能工程、檢測技術與自動化裝置、電力工程及其自動化、軟件工程。
南京工程學院建有省級重點建設實驗室2個，首批江蘇高校“2011計劃”協同創新中心1個，省級工程、技術中心5個。省級重點建設實驗室（2個）：先進數控技術江蘇省高校重點建設實驗室 、江蘇省先進結構材料與應用技術重點實驗室
首批江蘇高校“2011計劃”協同創新中心（1個）：南京工程學院“配電網智能技術與裝備協同創新中心”。省級工程、技術中心（5個）：江蘇省軌道車輛現代化裝備工程研究中心、江蘇電力仿真技術中心、現代制造技術工程研究中心、先進數控技術實驗室、模具工程研究中心。
師資力量：
截至2019年12月，學校現有教職員工1800多人，其中專任教師1637人，具有高級職務的教師占比48.9%。其中正高217人，博士學位教師706人。
學校在職教師中有享受國務院政府特殊津貼專家5人，江蘇省特聘教授1人，江蘇省有突出貢獻的中青年專家6人，南京市有突出貢獻的中青年專家1人、江蘇省教學名師4人，江蘇省“333工程”、“青藍工程”、“六大人才高峰”等116人次。
獲批省高校科技創新團隊2個、“青藍工程”科技創新團隊2個、省高校優秀教學團隊1個、“青藍工程”優秀教學團隊1個、省高校哲學社會科學優秀創新團隊1個。
省級高等學校優秀教學團隊（1個）：自動化專業教學團隊。