對準系統的另壹個技術問題是對準顯微鏡。為了增強顯微鏡的視野，很多高端光刻機都采用了LED照明。
有兩套帶聚焦功能的對準系統。主要是1對顯微鏡主體、目鏡和物鏡采用雙目雙視場對準(光刻機通常提供不同放大率的目鏡和物鏡供用戶組合使用)。
CCD對準系統的作用是放大掩模和樣品的對準標記，並在監視器上成像。
顧名思義，工件臺是放置工件的平臺，光刻工藝中最重要的工件就是掩膜版和襯底。
工作臺是光刻機的關鍵部件，由掩模樣品移動臺(XY)、掩模樣品相對移動臺(XY)、旋轉臺、樣品調平機構、樣品聚焦機構、晶片承載臺、掩模夾具和繪圖掩模臺組成。
其中，樣品調平機構包括球座和半球。調平過程中，首先向球座和半球中通入加壓空氣，然後通過調焦手輪向上移動球座、半球和樣品，使樣品緊靠掩模調平樣品，然後二位三通電磁閥切換到真空，鎖緊球座和半球，保持調平狀態。
樣品聚焦機構由聚焦手輪、杠桿機構和上升直線導軌等組成。在調平上升過程中，初始焦點是聚焦的，調平完成後，樣品和掩膜之間會產生壹定的間隙，所以需要對焦點進行微調。另壹方面，調平後需要分出壹定的對準間隙，對焦點進行微調。
掩模臺主要用於快速裝卸，由燕尾導軌、定位擋塊和鎖緊手輪組成。
根據不同的樣品和掩模尺寸來設計晶片臺和掩模支架。