華南理工大學木工程系最好，華南理工大學的土木工程是省部級重點學科，在廣東省內還是不錯的。整個廣東省都沒有土木工程國家重點學科，可以說華南理工大學的土木工程是省內壹流的。
評價華南理工大學的方面有師資力量、獲得的榮譽、教學專業等。具體如下：
1、師資力量：
本科生教育，截至2022年9月，有專任教師1976人，其中具有高級職稱的教師1623人，“雙師型”教師290任，另有外聘教師325人。研究生教育，截至2022年9月，有研究生導師（含兼職壹導）***計1787人，其中博士生導師（兼碩士生導師）1094人，碩士生導師693人。
導師隊伍中，中國科學院院士有4人，中國工程院院士有9人。聘期內兼職第壹研究生導致205人，屬於中國科學院院士的有3個人、屬於中國工程院院士的有9個人、屬於外籍院士的有1個人。
2、獲得的榮譽：
2017年10月30日，廣東省人民政府印發《關於頒發廣東省第七屆哲學社會科學優秀成果獎的通報》。華南理工大學***有20項成果獲獎，其中壹等獎5項，二等獎10項，三等獎5項，獲獎總數較上屆增加4項，再次創下歷史新高。
2018年10月30日，廣東金融學會公布第十屆優秀金融科研成果獎，華工9項（其中著作類壹等獎1項、二等獎1項，論文類壹等獎1項、三等獎6項）成果入選。
3、教學專業：
輕工技術與工程、建築學、食品科學與工程、化學工程與技術、環境科學與工程、材料科學與工程、機械工程、管理科學與工程等學科整體水平進入全國前10%；12個學科領域進入ESI全球排名前1%，化學、農業科學、計算機科學5個學科領域躋身全球排名前1‰。
學校以雄厚的原始科研創新能力推動壹流大學建設，建有28個國家級科研平臺、217個部省級科研平臺、廣東高校首位。發明專利申請公開量、發明專利授權量、有效發明專利擁有量穩居全國高校前列，2009年以來以第壹專利權人獲中國專利獎數量排名全國高校第壹。