在建院之初確定的“攻關戰略、跟蹤戰略、示範戰略”的指導下，在全體員工的共同努力下，蔬菜花卉分院取得了可喜的成績。從1998開始，獲得市長特別獎1；“兔豆系列”是九五重點推廣項目。“通用油豆”被列為國家“十五”重點推廣計劃。省級良種項目中標4個；18命名品種通過黑龍江省品種審定委員會審定；57個引進品種已在生產中推廣應用；獲農業部神農中國農業科學技術獎三等獎1，省政府壹、二、三等獎1，哈爾濱市科技進步壹、二等獎1，黑龍江省農業科學技術獎壹、二等獎1。支部黨支部連續幾年被市農委評為先進黨支部。哈爾濱市農業科學院水產研究分院，前身為哈爾濱市水產研究所，成立於1971，是集科研、開發、教學、服務為壹體的市級科研機構。2005年並入哈爾濱市農業科學院，主要從事水產新品種的引進和繁育、土著魚類的繁育和養殖、魚類的防疫、瀕危物種的搶救等工作。承擔國家、省、市科研項目20余項，其中10項獲國家、省、市科技進步獎。目前員工42人，其中研究員4人，高級工程師6人。設有魚類生理生態實驗室、魚類疫病實驗室、魚類營養實驗室、遺傳育種實驗室，以及兩個中心、四個基地(冷水魚研究中心、瀕危水生野生動物救護中心、太平湖大眼獅鱸魚保護基地、木蘭香磨山湖白魚保護基地、東北農業大學科研教學研究基地、哈爾濱魚類生態科普基地)。
冷水魚研究中心主要負責冷水魚和土著魚的研發，瀕危水生野生動物救助中心主要負責黑龍江和松花江流域瀕危物種的救助和再利用。* *自2002年成立以來，共救助放流70尾成年鱘魚，其中親魚2尾，魚卵50萬枚，魚苗29萬尾，幼魚10.3萬尾。為黑龍江瀕危物種保護做出了貢獻，為哈爾濱區域農業教育中心的成立奠定了基礎。農教處現有職工15人，其中副高職學生7人，碩士生3人，專兼職教師20余人。
農教科的主要任務是承擔哈爾濱農業成人中等專業學校的職業教育；承擔哈爾濱市各類農業幹部的培訓工作；承擔農民農業科技素質教育和農民工職業技能培訓；承擔哈爾濱市農村職業教育的師資培訓；開展與省內農業院校聯合培養“學歷+技能”人才工作。師資力量雄厚，教學手段先進，教學資源豐富，形成了較為成熟的教育教學管理體系。
近年來，我們舉辦了多次鄉長、農民科技“帶頭人”和農村剩余勞動力轉移培訓班，經常組織科技人員到田間地頭指導和培訓農民，為我院推廣新品種、新技術，促進農民增收、農業增效做出了應有的貢獻。同時，我院還與東北農業大學、省市電大等高校開展了多層次的學歷教育。截至目前，我院已培養中專生30000余人，專科生2000余人，本科生150余人，培養“學歷+技能”人才600余人，培養農業技術人員20000余人。是哈爾濱市農村職業教育師資培訓基地和東北農業大學、黑龍江大學、省農工職業學院、雙城畜牧獸醫學校的實訓基地，為哈爾濱市農業和農村經濟發展提供人才和智力支持。糧食經濟作物研究分院現有職工42人，其中全日制高等職業教育1人，博士生3人，碩士生7人，享受省政府特殊貼專家1人，省勞動模範1人，五四青年獎章獲得者1人。
該分公司主要從事玉米、水稻、大豆等糧食作物新品種及配套技術的研發，以及現代高新農業技術的研究與示範。
近年來，先後承擔了國家發改委“國家優質水稻生產基地建設”、“國家優質大豆生產基地建設”、農業部“哈爾濱市優質糧飼原種繁育基地建設”等項目。在“壹體化戰略、產業化戰略、標準化戰略”的指導下，各項工作取得了階段性成果。兩個玉米新品種獲得批準，三個農作物新品種獲得保護。自主研究完成了各種植物水培和基質栽培的無土栽培技術研究和示範；蝴蝶蘭、非洲菊、紫羅蘭、草莓組培快繁技術研發；蔬菜花卉工廠化育苗技術的研究、示範和開發；現代設施栽培模式的研究與示範。參評科研項目先後獲得市科技進步獎壹等獎、省科技獎壹等獎(進步類)。農村經濟研究中心現有職工10人，其中全日制高職1人，副高職3人，碩士研究生1人。
目前，中心的主要任務是結合哈爾濱市農村發展的現狀和特點，在農村發展戰略規劃、農村經濟結構調整、農民增收、農業產業化經營等領域開展廣泛而深入的研究，為政府部門決策提供依據和參考；及時準確發布農村經濟信息、國內外農業發展動態以及“三農”新思想、新思路；引進農業新技術、新產品、新成果，為農業增產、農民增收提供信息服務。
近年來，承擔了市科委、市農委、市計委等部門的重點課題研究任務，完成論文和研究報告100余篇，其中39項研究成果分別獲得國家、省、市優秀科研成果獎。哈爾濱市農業科學院畜牧研究分院成立於2005年。在市農委和院黨委的正確領導下，在科技局、財務部門和有關單位的大力支持下，經過分院全體同誌三年多的共同努力，現已形成具有壹定科研能力的畜牧科研部，並可承擔部分省市科研項目。
分公司自成立以來，以飼草育種、飼料加工、家畜品種改良為重點，申報省市科研項目十余項，批準三項。先後與東北農業大學、黑龍江省農科院、正清、乳業合作完成重點科研項目。完成市委、市農委布置的社會主義新農村建設和社會調研工作。配合有關單位組織科技下鄉、支農、支農工作。
研究員1人，享受研究員級待遇的高級牧師1人，助理牧師2人，現代化農場壹座。分會在市農委和院黨委的領導下，遵循“每天進步壹點，每天創新壹點”的口號，逐步提高科研能力，服務哈爾濱市畜牧業，為我市畜牧業發展、農村繁榮、農民增收做出貢獻。海南育種中心有2名固定工作人員，常年在海南工作。每年接待南方繁殖蔬菜和糧食經濟作物的科技人員10-15人。
海南育種中心的職責是:負責南繁基地的日常管理和基本建設；負責南帆專家公寓的建設和日常管理；負責輸送南繁科技人員；負責與當地相關部門的溝通協調，辦理相關事宜的審批手續；負責農業科學院海南辦事處的日常管理工作；負責接待來自海南的各級領導和代表團。農業機械化研究分會，前身為哈爾濱市農業機械化研究所，成立於1974。是集科研、開發、生產、推廣為壹體的市級公益性科研機構，於2010、12年並入哈爾濱市農業科學院。主要在農業機械化工程領域開發新型農業機械和工具，為農業生產提供新的農業技術和裝備；為農業可持續發展，推進農業機械化和現代化，開展發展戰略研究；為各級政府相關行政管理部門制定相關法律、法規和規章提供專業技術依據。
現有員工46人，其中高級專業技術人員16人，中級專業技術人員16人。下設農業機械化研究室、綜合技術研究室、設施農業研究室、農副產品加工研究室、信息研究室、科研管理部、綜合辦公室(含生產試驗車間)、財務部等八個專業職能部門。成立30多年來，承擔了60多項國家、省、市重點科研項目，其中30多項獲得省、市科技進步獎，獲得30多項具有自主知識產權的專利技術，培養和造就了壹支學術水平高、專業技能強的科技隊伍。近年來，農業機械化分會在聯合整地技術、水田和旱田保護性耕作技術、谷物烘幹技術、玉米收獲技術等方面的研究取得了多項突破，處於國內領先水平，也取得了良好的社會效益。