1.制作方法與口感
藿香正氣液：將藥物煎煮去渣取汁後制成的液體劑型，其特點是吸收快，迅速發揮藥效。不含酒精，口感較好，對腸胃無刺激，相較來說更適合老人、婦女及兒童服用。
藿香正氣水:廣藿香油、紫蘇葉油用乙醇適量溶解 ，合並另外幾種草藥的溶液，混勻，用乙醇與水適量調整乙醇含量，形成固定量的液體，靜置，濾過，灌裝，即得成品。療效最明顯，但口感較差。酒精過敏者、小兒、孕婦應慎用藿香正氣水。
2.適用病癥和作用
藿香正氣水:適用於夏季感冒、腸胃型感冒、急性胃腸炎、消化不良等疾病；惡寒發熱、胸膈滿悶、惡心嘔吐也能用。註意服藥期間，應忌食生冷食物。
藿香正氣液:具有解表化濕、理氣和中的作用，所以，壹般多用它治療因外感風寒、內傷濕滯所導致的霍亂吐瀉、發熱惡寒、頭痛身重、胸膈滿悶及脘腹疼痛等癥。建議在腸胃型感冒或中暑後出現嘔吐，泄瀉等癥狀時服用，服藥期間要忌食辛辣油膩及滋補性中藥。
註意：藿香正氣水並不具備預防和治療中暑的作用！
3.藿香正氣水≠藿香正氣液
最大的差異就是藿香正氣水含有乙醇，而藿香正氣口服液不含有乙醇。也就是說，藿香正氣水不能和頭孢壹起服用，而藿香正氣口服液可以和頭孢壹起服用。
藿香正氣水與藿香正氣液的成分相似，主要是劑型和制作過程，制作方法少有不同，藿香正氣水與藿香正氣液是藿香正氣系列藥物在不同時間的發展。兩種劑型各有其優點，都是不錯的選擇。