合理的、有效的制度安排是實現科技成果轉化的重要保障。目前，國內學者從科技成果轉化的風險投資機制創新、知識產權制度創新、體制創新等方面提出了自己的看法。
（壹）風險投資機制創新
趙達薇（2004）借鑒發達國家發展經驗，提出只有加快發展風險投資體系，才能彌補科技成果轉化階段企業、高校和科研機構籌資能力、國家財政支持、私人資金投入和銀行貸款之間的空白。因此，需要建立壹套完整健全的投資機制來保證風險投資資金充足。張興隆（2000）進壹步認為風險投資體系的建立能夠激活資本運作市場，疏通融資渠道，使風險與權益有機結合，變過去那種單純的融資形式為投資、監管、參政議政有機融合的機制。這樣壹來，對重大科技成果的轉化工作，論證更充分，評估更客觀，結論更準確。項目各方壹旦達成***識，成果的轉化就得到了根本的保證。
張璞、張學東（2001）認為風險資本是適應高新技術高風險、高收益的特點而成長起來的融資工具，通過風險投資機制的建立可以解決我國科技成果轉化資金不足的問題。建議從以下幾方面著手建立風險投資機制：以風險投資基金為主要形式，充分發揮民間力量，使風險投資來源社會化，鼓勵銀行、保險公司、企業集團向風險投資公司參股，活躍風險投資資本市場。提高項目評估、會計審計、法律咨詢和產權界定等機構的服務質量和信譽，發揮他們在風險投資活動過程中的作用。除證券市場和產權交易市場以外，我國還應建立壹個全國性集中管理、統壹監管、規範運作的第二板塊市場用以風險投資基金的投資，為風險資本提供多層次的上市與退出投資渠道。政府應加強對風險投資的宏觀調控和引導，通過特別法形式，為風險資本運作提供特別的法律依據。政府還應運用稅收杠桿和優惠信貸等手段，引導社會資金進入風險投資領域，為風險投資營造壹個良好的政策環境。胡薇薇（2006）對此持相同的意見，但在此基礎上，提出建立壹套切實可行的針對高新技術產品的科學評估體系，評估非上市高新技術企業的風險和收益，以減少風險投資企業的盲目性。
鄒東俊（2002）則從促進高校科技成果轉化的角度指出，高校應與風險投資公司建立起風險***擔、利益***享的夥伴關系。這樣，在合作過程中，雙方可以揚長避短，優勢互補。高校在成果產業化過程中，可以充分利用公司在融資、人才、信息等方面的優勢。
（二）構建合理的知識產權制度
鑒於知識產權在制度變遷中的重要地位，對於知識產權的研究較豐富，各位專家學者從不同的角度給出了對策建議。
曹欽潤、蔣美仕（2004）認為知識產權制度障礙的本質是人為的社會體制或制度與科技發展內在客觀規律之間沖突的具體體現，可以綜合運用《財政法》、《產權法》及其他相關政策配合引導和開拓市場，通過市場自動合理配置科技研發資源和推動研發過程的良性運行，促進資本與技術、科技與經濟的結合，從而實現官、產、學、研、商的壹體化。
楊萍、張源（2010）指出科技成果的轉化需要建立在科技成果產權邊界清晰的基礎上，科技成果的產權邊界清晰將有助於科技成功產權所有者獲得合理的回報，增加科技項目研發的投入，也更有助於風險資金的進入。在科技成果的產權界限明晰以後可以通過科技成果的產權登記程序，完成科技成果的產權信息公布，這必然有助於科技成果信息平臺的形成，使科技成果信息平臺成為有源之水。
李序南（2004）認為我國在專利知識產權保護方面主要存在兩大問題：壹是缺乏專利知識產權保護意識和對專利戰略知識的了解和研究；二是沒有建立良好的科技成果轉化運行機制和形成較強的科技成果轉化能力。專利知識產權制度創新的關鍵，就是要提高整體的專利知識產權保護意識和對專利戰略的運用能力以及建立以市場為核心的企業自主技術創新體系。具體來說，就是加強專利戰略管理的組織建設專業人員的配備和培養，以促進企業專利運作機制的形成和完善；有選擇性地形成壹批具有自主知識產權的高新技術產業，並改造壹批傳統產業；對高技術研究成果的評價要從以發表論文數量與水平為主轉變為以獲得發明專利為主；將使用權和收益權更多地讓利給承包單位和發明人，以利益機制調動專利發明人和實施人的積極性；建立支持海外專利申請的政府基金制度，使我國民族工業在國際市場上得到保護，通過采取壹系列稅收減免制度和專利產品的政府采購制度，帶動企業開展自主知識產權創新的活力；建立產學研合作和企業合作***享機制，實現創新資源要素的優化配置與使用；通過產權流動組合機制，推動資本、技術、人才等創新資源要素的優化配置，促進多渠道、多投資主體參與技術創新合作和科技投入動力機制的形成；加強專利信息發布和交流制度建設，促進專利信息資源的有效利用和專利流通。
郭洪波（2005）通過對比國內外科技成果轉化的法律制度，發現相對於經濟發達國家而言，中國知識產權法律制度在激勵科技創新與成果轉化方面還有完善空間。建議從下列幾個方面完善：完善知識成果產權歸屬制度，對《專利法》、《著作權法》中“職務成果”與“非職務成果”做出明確、具體的界定，並增加可操作性，以解決科研單位與科技人員在知識產權方面的權益平衡機制。降低申請和授權發明專利的期限，切實改變申請專利人的時間成本過高的問題。建立健全知識產權股權化的法律制度，對知識產權投資的定義、種類、作價方式、出資比例、出資方的權利義務等做出規定，以激勵科技知識成果的迅速轉化。在科技成果轉化法律制度中增設懲罰性損害賠償規定，為科技創新主體及權利人提供更充分的司法保障。
趙達薇（2004）從分配的角度討論產學研聯合中的知識產權保護，指出在產學研聯合的實踐中，多以技術轉讓的壹次支付方式為主，這種分配方式難以體現風險***擔、利益***享的原則，不利於產學研聯合的良性發展，建議逐步建立起產學研合作創新利益與風險***擔的責任制度，實現分層次、分階段分解風險責任，使收益的大小取決於投資的多寡、項目進展主動權的控制等因素。
冷俊峰、李明生（2008）從知識產權發明者的角度出發，指出大學、科研院所和企業要建立專利等知識產權管理制度，對科研成果要多方籌集經費，積極申請專利，形成專利創造、保護、應用體系。考慮到專利等知識產權對科技人員具有高度的依賴性，可以根據《合同法》和《專利法》的規定，約定單位與科研人員個人知識產權的權屬比例，進行有效的產權分割，通過明晰產權，為專利成果的有效轉化打下基礎，還可以防止科技人員對分配方式的不滿意所造成的成果流失。
錢鋒（2011）則從專利權質押融資的角度建議政府建立專業權威的技術評估機構以防止不同機構對專利權價值評估的結果差距較大。盡快制定專利權質押貸款政策及其相關的評估、流轉、擔保、貼息等政策，構建相應的運作平臺、操作規程和專家庫並設立專利權質押貸款風險補償基金，對銀行發放的專利權質押貸款進行風險補償。
郭百濤等（2003）則指出了專利文獻的重要性，強調專利文獻是集技術信息、法律信息、經濟信息於壹體的信息載體，蘊藏著巨大的戰略信息資源，充分利用這些信息，可為國家的科教興國和技術創新工程提供戰略決策依據，促進科技成果信息流通，加速了科技成果的轉化和推廣應用。
（三）科技成果轉化體制創新
制度會形成壹種外在的壓力，促使相關各方開展科技成果轉化，對於創新科技成果轉化體制，主要有下列觀點：
伍湘（2002）認為我國科研和生產兩分離的現狀使高技術成果難以迅速轉化為生產力，應實行政研分開，鼓勵科研院所以合理的方式進入企業，或按企業化方式運作，以縮短科學、技術、生產彼此之間的距離，促進潛在生產力迅速向現實生產力轉化。張璞、張學東（2001）也指出目前科研院所所屬的企業存在股本結構過於單壹、企業體制運作不夠規範、企業資產界定不清等問題。建議按現代企業制度要求把科研院所向企業轉制，少數大型科研院所可組建成控股公司，行使國有資產經營與產權管理。對於中小型科研院所，可轉制成科技型企業，或直接進入大企業集團，或轉變成面向企業面向市場進行技術轉讓、技術服務和咨詢、技術培訓的知識密集型企業，或成為中介服務機構，實行企業化管理。
梅昌超（2003）認為我國的科技體制改革相對滯後，忽視科研成果市場開發前景的評價體系導致科研與市場脫節。建議建立適應市場經濟的科技體制；改革科研經費撥款制度，對大多數應用研究和技術開發機構，減少政府撥款，實行技術合同制，迫使其科研工作更多地面向市場；發展技術市場，推動技術成果的商品化；改變科研機構與企業相脫離，研發、中試和成果的產業化相分離的現狀，推動科研機構和科技人員的分流與重組，鼓勵科研機構轉制或進入企業；國家直接評價體系範圍縮小，主要用於“直接控制項目”，鼓勵理論型研究；建立市場評價體系，用於“市場主導型項目”，主要以成果轉化收益和社會評價形式出現；激發科技成果轉化的積極性，把科技成果的經濟效益作為研究機構的科研立項、經費投入和評估的重要指標。
譚華等人（2010）認為科技成果轉化的先決條件是科技成果本身是優質的，為提高科技成果的質量，應對那些技術先進、應用性強、有明顯經濟效益並能自創條件盡快完成研究任務的選題在立項、申報予以傾斜；在項目研究進程中，進行定期的檢查和督促；在成果鑒定時，嚴格按程序執行成果鑒定，保證鑒定質量。除此以外，要正確確定科研投資的比例並逐步形成制度化，既要加強應用研究和科技開發，促進成果轉化，又要保證基礎研究工作的科研後勁。要徹底改革科技立項、科研選題、課題組織、成果評審及職稱評定的壹系列管理制度。科技項目立項選題，要立足和面向市場，壹切以市場競爭力、市場效益、自主創新和自主知識產權為出發點和落腳點。科技成果的評審，要拋棄完全由“專家評審”的弊端，建立起“專家評審”與“市場評審”，“用戶評審”和“管理評審”相結合的新機制，真正實現科技成果評價、管理與生產應用和市場經營的內在結合。
（四）其他相關研究
除了以上提到的各種制度創新外，很多學者還從其他角度給出了制度變遷的建議。
王水平、蔣寒（2005）等學者指出，當前我國的技術市場發育仍不夠完善，科技服務中介機構成長不力，經紀技術從業人員綜合素質較低，使得技術市場的交易規模及成交率受到嚴重制約，要改變這種現狀，應該進壹步完善對技術市場的宏觀管理，建立公平、公正、公開的市場競爭秩序，並促進技術市場在規模、結構、水平和管理上的發展。推動技術市場與信息、勞務、金融、產權等市場對接，構造全國性統壹、開放的市場體系，並通過政策、資金上的支持，重新配置，合理利用高校的科技資源，不斷完善技術市場，建立市場領域和公***領域的社會化服務體系。
楊萍、張源（2010）從信息平臺的角度指出，科技成果信息平臺的缺失會導致政府在制定政策的時候無法適時地根據供求制定引導性的政策，從而致使科技成果轉化的“官產學研”壹體化鏈條無法建立的惡性循環。通過交易市場的建立，企業可以采取多種方式尋求資金、技術成果，應用多種組合，始終在科技成果產權流轉與整合中保證獲得最大收益。