據學校官網2014年9月信息顯示，學校有教育部工程技術研發中心1個、省高校重點實驗室3個，省級科研中心（所）6個，校級研究所（室）69個。
教育部工程技術研究中心（1個）：耐磨材料與表面技術教育部工程技術研究中心
黑龍江省高校重點實驗室（3個）：生物醫學材料黑龍江省高校重點實驗室、兒童神經康復黑龍江省高校重點實驗室、生物藥制劑黑龍江省高校重點實驗室
其他省級科研機構（6個）：耐磨材料工程技術黑龍江省高校校企***建研發中心、黑龍江省小兒神經疾病研究所、黑龍江省藥學研究所、口腔醫學研究所、醫學遺傳學研究所、低溫研究室
校級科研機構列表 倫理研究所 赫哲族歷史文化研究所 區域經濟研究所 外國語言文化研究所 馬克思主義理論與實踐研究所 教育與心理研究所 學科交叉與創新研究中心 應用數學研究所 光電子材料研究所 資源與環境科學研究所 思想政治教育研究所 史傳文學研究所 文藝學研究所 應用語言研究所 課程與教學論研究所 體育科學研究所 生物醫學材料研究所 應用鑄造研究所 工程技術研究所 農機研究所 電加工與機電控制技術研究所 液壓技術研究所 機電工程技術研究所 安全監測與智能控制研究所 中藥分子藥理研究所 內分泌研究所 預防醫學研究所 藥物檢測和毒理研究所 寄生蟲病研究所 神經內分泌調節藥物研究所 藥用植物資源與生藥鑒定研究所 應用微生物研究所 經濟植物研究所 應用昆蟲研究所 成人與繼續教育研究所 呼吸疾病研究所 神經科學研究所 科技、經濟與社會發展研究所 軟件工程研究所 科技情報咨詢研究所 圖書資訊與檔案研究所 除雪設備與技術研究所 實驗動物研究所 中國現當代文學研究室 外國文學研究室 日本語語言文化研究室 俄語語言文化研究室 英語語言文化研究室 信號處理與應用研究室 人工智能與控制理論研究室 血管淋巴研究室 病理研究室 免疫研究室 微生態研究室 電生理研究室 社會醫學研究室 分子診斷研究室 心血管疾病研究室 骨顯微外科研究室 計劃生育研究室 消化道疾病研究室 比較教育研究室 學前教育研究室 司法鑒定研究室 ●科研項目
2010~2013年，學校獲得各級各類項目1174項，其中國家級項目32項，包括973計劃項目子課題1項、863計劃項目（合作）5項、國家基金23項、國家社科基金1項、國家科技支撐項目（合作）2項；省部級課題71項，包括科技部“科技人員服務企業項目”3項、教育部項目4項、衛生部衛生行業科研專項1項、省自然基金55項、省科技攻關計劃項目6項、省社科基金項目10項。廳局級項目261項；市級項目334項；橫向合作項目26項，同時逐年增加學校的科研經費投入，科研經費總量顯著增長。 獲獎成果 國家科學技術進步二等獎：“喜樹堿衍生物高效提取工藝”（史權、2005年）
黑龍江省藝術科學優秀科研成果獎匯總表（部分） 序號作者成果名稱評獎時間獲獎等級所屬單位1邢容赫哲族猛惡情感蘊涵初探2011壹等獎音樂學院2馬秋平中國當代畫家典藏.馬秋平2012壹等獎美術學院3張思凱淺談現代纖維藝術2012壹等獎美術學院4邢鐵紅赫哲族民間音樂“嫁令闊”在歌曲創作中的應用2010二等獎音樂學院5王銳赫哲族魚皮文化藝術研究2010二等獎美術學院6劉向陽如何把握二胡作品的演奏風格2011二等獎音樂學院7張玉春赫哲族和侗族民歌傳承現狀2011二等獎音樂學院8付蕾關於鋼琴踏板技巧的規範作用2011二等獎音樂學院9李莉聲樂學生的舞臺實踐與表演2011二等獎音樂學院10蘇雲龍解構傳統的當代院體花鳥畫2011二等獎美術學院11宋麗榮談姚舜熙工筆花鳥畫構圖上體現的平面構成因素2011二等獎美術學院12徐冬先明清以來中西文化撞擊下的藝術交融研究2011二等獎社科部13王曉丹唐寅人物畫論略2011二等獎美術學院14楚金波希臘神話研究2011二等獎人文學院15楊弘關於解析幾何創始人笛卡兒的研究報告2011二等獎理學院16高春燕先秦戰爭文體敘事初探2011二等獎人文學院17高立麗汪立三鋼琴音樂作品研究2012二等獎音樂學院18任建華東北秧歌體育文化的傳承與發展研究2012二等獎體育學院19劉軍小品文本中喜劇性構成方式2012二等獎人文學院20趙起構成藝術在包裝設計中的應用2012二等獎美術學院21鄒佳呈伊壁鳩魯正義觀解讀2012二等獎科技處22韓再峰欲望的掙紮道德的堅守2013二等獎人文學院23郝偉智中國風格鋼琴音樂2013二等獎音樂學院24李春霞論紅樓夢中疾病描寫的作用2013二等獎人文學院25潘翠雲民間文學藝術版權保護法理探析2013二等獎科技處●學術論文
2010~2013年，學校***發表學術論文5877篇，被SCI、EI、SSCI、ISTP、CSSCI等收錄428篇，出版各類專著474部，獲得國家專利授權58項。***獲得各級科技成果獎勵合計253項，其中黑龍江省政府科技進步獎8項，黑龍江省社會科學優秀科研成果獎6項，廳局級成果獎勵32項、市政府成果獎勵217項。 學術期刊 《黑龍江醫藥科學》（CN23-1421/R）是由黑龍江省教育廳主管，佳木斯大學主辦的面向國內外公開發行的綜合性醫藥學術理論刊物（雙月刊）。雜誌前身為《佳木斯醫學院學報》，創刊於1972年，經原國家科委批準，自1998年6月更名。《黑龍江醫藥科學》現以反映教學、科研、醫療工作中的最新成果、新技術、新經驗為主要辦刊宗旨。交流學術理論，傳遞科技信息，促進醫藥事業的發展，本刊設有調查與實驗研究、技術與方法、臨床研究、病例報告、醫學護理、綜述討論等欄目。曾獲中國學術期刊（光盤版）技術規範即執行優秀期刊；被中國知識基礎工程（CNKI）、中國期刊全文數據庫（CJFD）列為統計源期刊，先後加入中國學術期刊（光盤版）、萬方數字系統（China Info）數字化期刊群、中國科技期刊數據庫（全文版）、中文生物醫學期刊文獻數據庫、中國生物學文獻數據中心、上海生命科學信息中心科學圖書館數據庫、中國人民解放軍醫學圖書館數據庫。現被中文科技資料目錄醫藥衛生分冊、中國藥學雜誌文摘、中國醫學文摘等國內重要的二次檢索刊物收錄，並被《中國核心期刊（遴選）數據庫》收錄。
《佳木斯大學社會科學學報》主要欄目有哲學政法、經濟管理、語言文學、歷史文化、教育理論研究、學科教學研究、信息傳播等。特色欄目“三江區域歷史文化研究”曾獲得“全國優秀社會科學學報優秀欄目”獎。獲“首屆全國優秀社會科學學報”獎，並在第二屆（2003年）、第三屆（2006年）、第四屆（2010年）連續獲得此項殊榮。主編薄剛被評為“全國社會科學學報優秀主編”。2008年，主編薄剛被中國高校社會科學學報學會授予“全國高校社會科學學報事業突出貢獻獎”。
《佳木斯大學學報（自然科學版）》（CN23-1434/T）是由黑龍江省教育廳主管，佳木斯大學主辦的綜合性科技期刊，主要反映佳木斯大學的科研成果及學術動態，同時刊登國內外高校、科研機構的優秀學術成果。優勢欄目涵蓋材料科學、藥學、化學、農機工程、機械工程、電氣工程、電子計算機、生命科學等領域。為美國《化學文摘》（CA）收錄刊源，《烏利希國際期刊指南（Ulrich's Periodicals Directory）》收錄刊源；同時是全國報刊索引刊源、中國無機分析化學文摘刊源、《中國核心期刊（遴選）數據庫》收錄期刊、《中國學術期刊（光盤版）數據庫》收錄期刊、《中文科技期刊數據庫（全文版）》收錄期刊。2000年被評為全省優秀科技期刊，在首屆全國《CAJ-CD規範》執行評優活動中獲《CAJ-CD規範》執行優秀獎，2005年在黑龍江省第8屆期刊優秀文章編輯獎評選中榮獲壹等獎。 館藏資源 截止2012年末，圖書館藏書373萬冊（其中，紙質文獻236萬冊，電子文獻137萬冊），網絡數據庫13個，全文電子期刊2.4萬余種。