(壹)內治法(詳見中醫療法)
(二)外治法
1．外洗法：局部紅腫疼痛時，可用苦參湯加減，煎水趁熱熏洗，
2．外敷法：肛瘺急性期可用土醫之家痔瘡膏等外敷。
冷凍、電療治肛瘺法
肛瘺很常見，主要指指肛門周圍的肉芽腫性管道，有內、外兩個口。外口位於肛周皮膚上，內口位於肛管或直腸內。大部分肛瘺是由肛管直腸周圍的膿腫引起的。其主要表現為瘺口經常流出少量膿性、血性、粘液性分泌物。冷凍電療治療肛瘺法針對肛瘺的治療並不困難，是壹些簡單的物理療法所無法達到的。
1、冷凍治療
適用於低位單純性肛瘺的治療，是利用-196攝氏度液氮使瘺道發生凝固性壞死。繼而脫落，形成新的創而而自愈。麻醉下先用刮匙從外口適當搔刮瘺管，再用探針探入，確定瘺管的方向和走行，拔出探頭，選擇相似形狀的冷凍探頭(彎曲程度不同的紫銅管，直徑2毫米左右)作接觸法冷凍，持續冷凍3分鐘，使整個管道成白色冰棒，待自然復溫後拔出探頭，外塗消炎止痛軟膏，術後坐浴、換藥。本方法操作簡便、痛苦小、不出血、無肛門失禁等並發癥。
2、電療儀治療
是根據祖國醫學掛線療法[2]的原理，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。適用於低位肛瘺的治療。麻醉下用探針搞清瘺管內外口及走行，用電療儀沿探針依次切開肛瘺管壁，暴露創面，外敷燙傷膏。本方法操作簡便、療程短，只需電療壹次即可治愈。
肛瘺的中醫療法
肛瘺內治中醫療法也可歸納為消、托、補三大法則，由於發病的原因不同，病情的變化不壹，因此，在臨床具體運用時，治法又多種多樣。歸納起來，大致有清熱涼血，清熱利濕，清熱解毒，補氣益血、瀉熱通腑、養陰潤燥、補中益氣、活血祛瘀，滋陰清熱和溫陽健脾等法則。
1、清熱涼血：適用於因血熱腸燥而引起的便血，或內痔出血和血栓外痔初起的病人。選方常用涼血地黃湯、槐角丸加減治療。
2、清熱利濕：適用於肛門直腸癰疽實證、肛竇炎和炎性外痔等病人。選方常用萆蘚滲濕湯、龍膽瀉肝湯加減治療。
3、清熱解毒：適用於肛門直腸癰疽實證和內外痔感染的病人。選方常用黃連解毒湯、仙方活命飲加減治療。
4、瀉熱通腑：適用於因熱結腸燥而引起便秘的病人。選方常用大承氣湯、脾約麻仁丸等加減治療。
5、養陰潤燥：適用於因血虛津乏而引起便秘的病人。選方常用潤腸湯、五仁湯或增液湯加減治療。
6、補氣益血：適用於氣血不足或久病氣血虛弱的病人。選方常用十全大補湯、八珍湯加減治療。
7、補中益氣：適用於小兒、年老體衰或經產婦，因氣虛下陷而引起的直腸脫垂或內痔脫出不收的病人。選方常用補中益氣湯加減治療。
8、滋陰清熱：適用於肛瘺痔瘡等陰虛有熱的病人。選方常用青蒿鱉甲湯加減治療。
9、活血祛瘀：適用於氣滯血瘀，經絡瘀阻的病人。選方常用桃紅四物湯加減治療。
10、溫陽健脾：適用於因脾弱陽虛或脾腎陽虛而引起便血的病人。選方常用黃土湯加減治療。
肛瘺患者的自我調養尤為重要，它不僅能改善局部不良環境的刺激，同時也為治療及康復提供了良好的基礎。緩解時期，註意肛門部的清潔衛生，應經常用溫鹽水坐浴泡洗肛門，亦可選用明礬水外洗，或用高錳酸鉀溶液清洗局部，至少每晚清洗壹次，既可清理局部衛生，又可改善局部的血液循環，增強對疾病的抵抗力，減輕炎癥的反應。當肛瘺的分泌物增多時，內褲要勤洗勤換，不要讓分泌物積留患部。發作期時，可手術擴大外口，引流膿液，既可緩解脹痛，又能防止膿液向其他部位蔓延。總之，采取適當的保健措施，可控制疾病的發展，並可減少患者痛苦。 肛瘺的治療原則需根據肛裂發生的機理，以及肛瘺的解剖結構制訂。
①清除內口：手術時要找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除幹凈，這是肛瘺治療的關鍵。
②處理好瘺管及支管、死腔：要把瘺管的管道、支管、死腔等清除幹凈，以免術後復發。
③保留肛管直腸環：肛瘺手術時，應明確診斷，查明內口及瘺管走向，保留肛管直腸環，以維持正常的肛門括約功能。
在具體手術操作中，壹定要仔細尋找到內口，並防止切斷肛管直腸環。
治療方案
肛瘺不能自愈。不治療會反復發作直腸肛管周圍膿腫．因此必須手術治療。治療原則是將瘺管切開，形成敞開的創面．促使愈合。手術方式很多．手術應根據內口位置的高低、瘺管與肛門括約肌的關系來選擇。手術的關鍵是盡量減少肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁．同時避免瘺的復發。
壹．瘺管切開術 是將瘺管全部切開開放．靠肉芽組織生長使傷口愈合的方法。適用於低位肛瘺，因瘺管在外括約肌深部以下。切刀開後只損傷外括約肌皮下部和淺部，不會出現術後肛門失禁。 手術在骶管麻醉或局麻下進行，患者側臥位或截石位，首先由外口註入美藍溶液，確定內口位置，再用探針從外口插入癭管內．了解瘺管的走行情況及與括約肌的關系。在探針的引導下，切開探針上的表層組織，直到內口。刮去瘺管內的肉芽組織及壞死組織，修剪皮緣，使傷口呈內小外大的v形創面，創口內填入油紗布，以保證創面由底向外生長。
肛瘺切開術的手術步驟：
手術原則是將瘺管全部切開，並將切口兩側邊緣的瘢痕組織充分切除，使引流通暢，切口逐漸愈合。本法僅適用於低位直型或彎型肛瘺。操作方法如下。
1正確探查內口 尋找內口的操作與掛線療法相同，探得內口後，將探針拉出肛門外，如瘺管彎曲或有分支，探針不能探入內口，則由外口註入1%美藍色素溶液少許，以確定內口部位，再由外口以有槽探針探查，將管道逐步切開，探查直至探到內口為止。如仔細探查仍不能找到內口，可將疑有病變的肛竇作為內口處理。
2切開瘺管並充分切除邊緣組織 切開瘺管的全部表淺組織，由外口到內口及相應的肛管括約肌纖維。瘺管切開後應檢查有無支管，如發現也應切開。瘺管全部切開後即將腐爛肉芽組織搔刮幹凈，壹般不需要將整個瘺管切除，以免創面過大。最後修剪傷口邊緣，使傷口呈底小口大的“V”字形，便於傷口深部先行愈合。
3肛管括約肌切斷 術中應仔細摸清探針位置與肛管直腸環的關系，如探針在肛管直腸環下方進入，雖全部切開瘺管及大部外括約肌及相應內括約肌，由於保存了恥骨直腸肌，不致引起肛門失禁，如探針在肛管直腸環上方進入直腸(如括約肌上肛瘺括約肌外肛瘺)，則不可做瘺管切開術，應做掛線療法或掛線分期手術。第壹期將環下方的瘺管切開或切除，環上方瘺管掛上粗絲淺，並紮緊。第二期手術俟大部分外部傷口愈合後，肛管直腸環已有粘連固定，再沿掛線處切開肛管直腸環。
瘺管切開後其後，壁肉芽組織可用刮匙刮去，壹般不必切除，以減少出血和避免損傷後壁的括約肌。切除瘺管組織應送病理檢查。
4傷口處理 術後傷口的處理往往關系到手術的成敗，關鍵在於保持傷口由基底部逐漸向表面愈合。每日更換敷料壹次，最好在排便後進行，傷口內填充敷料逐漸減少，直到肛管內創口愈合為止。每隔數日做直腸指檢可以擴張肛管，更可防止橋形粘連避免假愈合。
二．掛線療法 是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘺的方法。適用於距肛門3—5cm內，有內外口低位或高位單純性肛瘺，或作為復雜性肛瘺切開、切除的輔助治療。它的最大優點是不會造成肛門失禁。被結紮肌肉組織發生血運障礙，逐漸壞死、斷開，但因為炎癥反應引起的纖維化使切斷的肌肉與周圍組織粘連．肌肉不會收縮過多且逐漸愈合、從而可防止被切斷的肛管直腸環回縮引起的肛門失禁。掛線同時亦能引流瘺管，排除瘺道內的滲液。防止急性感染的發生。此法還具有操作簡單、出血少、換藥方便，在橡皮筋脫落前不會發生皮膚切口粘合等優點。 手術在骶管麻醉或局麻下進行，將探針自外口插入後。循瘺管走向由內口穿出，在內口處探針上縛壹消毒的橡皮筋或粗絲線．引導穿過整個瘺管，將內外口之間的皮膚切開後紮緊掛線。術後要每口坐浴及便後坐浴使局部清潔。若結紮組織較多，在3-5天後再次紮緊掛線。壹般術後10-14天被紮組織自行斷裂。 3．肛瘺切除術 切開瘺管並將瘺骨壁全部切除至健康組織，創面不於縫合；若創面較大，可部分縫合，部分敞開，填人油紗布，使創而由底向外生長至愈合。適用於低位單純性肛瘺。
SFT技術,即全電腦肛腸病診療系統於檢查、治療與壹體，采用雙極電凝電極產熱和生物電阻抗自動測量(BEIM)專利技術，由高頻電容場治療功能、高頻電刀功能、高頻電容場止血功能、高頻電凝功能組成，該技術主要應用於肛瘺、肛周膿腫的微創治療，病變部位由計算機屏幕顯示，圖像清晰，診斷準確，同時圖像可凍結、儲存、回放、放大分析、測量計算等並能進行治療前後對比，讓醫生及患者對病患部位壹目了然。治療時按照癥狀部位，就是最佳治療部位的要求，使得治療範圍小而淺，將病變組織瞬間凝固幹結不炭化，避免了因傳統手術對肛管括約肌損傷而導致的肛門失禁，以及傳統手術造成的肛痛、排尿困難、尿瀦留等不良反應及並發癥，開創了微創治療肛瘺、肛周膿腫的典範。