1，效果不明顯
原因壹:使用的菌種質量低劣。
解決方法:買優質菌株，不要聽廠家忽悠，專治細菌。因為微生物肥料產品需要在農業部註冊才能生產銷售，所以建議購買有微生物肥料註冊標誌的菌種產品，比如豐農稭稈反應堆菌種。部分產品在短時間內取得了較好的效果，但由於使用的菌種未經農業部微生物肥料登記司檢測，存在產品質量不穩定、使用不安全等原因，建議謹慎購買和使用。
原因二:碳氮比沒有調整。
解決方法:每畝用15公斤尿素或200公斤豆粕左右調整C/N比。具體操作方法如下:播種後，在稭稈上均勻撒上尿素或豆粕。也可以將菌種和豆粉混合後塗抹。不要混合尿素和菌種。
原因三:鉆孔不足或堵孔。
解決方法:增加打孔密度。壹般可按以下操作進行:種植期間，在距作物幼苗根部5厘米處及前後左右各鉆壹個洞；生長期可按25 ~ 30 cm的正方形均勻打孔；結果期打孔20 cm見方。壹般茄子類作物壹季可鉆四次，葉類蔬菜可鉆兩次。
2.白蟲子出拳後爬了出來。
原因:玉米稭稈裏有玉米螟，稭稈收割後，玉米螟在稭稈裏睡覺。稭稈反應器澆水打孔，溫度升高，玉米螟打破休眠，爬出洞來。
解決方法:只噴殺蟲劑，不噴殺菌劑。
3、植株顏色偏黃，莖細，葉薄。
原因:由於稭稈反應器建造時沒有添加尿素調節C/N比，微生物和植物在稭稈分解過程中爭奪氮素，導致氮素缺乏，損失青綠作物。
解決辦法:施氮肥。
4.植物下部的葉子變黃了。
原因:沖施氮肥方便，沖肥直接倒在坑裏。由於氣孔內有幾種微生物，溫度高，導致氮肥分解成氨溢出，導致下部葉片熏蒸。
解決方法:首先排風，降低室內氨濃度；其次，要用水降低肥料的濃度；第三，葉面噴施1%食醋溶液能有效減輕危害。
5、病情比使用前嚴重。
原因:未使用特殊菌株或使用不足或劣質菌株。因為稭稈本身攜帶病菌，如果菌種使用不當，稭稈攜帶的病菌會在棚內傳播，產生新的病害。
解決方法:使用農業部註冊的稭稈反應堆菌種產品；使用相應的殺菌劑進行葉面噴施，避免灌根。