B-29B並沒有獲得大量的單獨訂單，通常是從貝爾的B-29生產線小批量甚至單架生產。B-29B的外觀和李梅將軍1945進攻日本時改裝拆解的B-29幾乎壹樣。只能通過尾部雷達天線和序列號來識別。
從10月到9月，貝爾制造了311 B-29B，其中大部分進入了當年馬裏亞納的315轟炸機聯隊。
戰後B-29B蘇珊·洛夫(44-84061)進行了遠程飛行的改裝。配備B-29A“安迪·甘普”發動機艙、R-3350-CA-2燃油噴射發動機和特別設計的三葉寬弦螺旋槳。“PasSusan Lover”創下多項長途飛行紀錄，包括1945 165438+10月從關島直飛華盛頓12737公裏。二戰期間，對超遠程偵察機的需求越來越大。B-17和B-24都有執行這類任務的改進型偵察機，但其航程不足以滿足在太平洋戰場作戰的要求。美國陸軍航空兵認為B-29是唯壹適合超遠程偵察的機型，壹架B-29-BW(42-6412)經過特殊攝影設備改裝。試驗成功後，從B-29和B-29A生產線中抽出118架飛機，安裝由飛兆光學設備公司和航空技術服務司令部聯合研制的攝影偵察設備。B-29和B-29A改進型偵察機統稱為F-13A(F代表照片)。所有F-13A都在大陸航空公司丹佛改裝中心進行改裝。基本上，每架飛機都在後客艙的後下部安裝了壹組六個攝像頭，包括三個K-17B，兩個K-22和壹個K-18攝像頭。相機通過後機身底部和側面的觀察窗拍照，導航員也作為攝像師，通過轟炸機機艙內壹個改進的B-3偏轉器拍照。
F-13A後來在後彈艙安裝了半永久性油箱，前彈艙可以掛載攝影閃光彈，也可以用來容納額外的膠片或相機。保留所有防禦性武器，標準乘員規模為11，包括壹名攝像機械師，負責維護和操作飛行中的攝像系統。1944 10 10月13日，第壹架F-13A“東京玫瑰”抵達塞班島，並於當日執行對東京的偵察任務。這次偵察為日後空襲日本首都提供了寶貴的圖像資料。1號的F-13A和3號照片偵察中隊部署在中國和馬裏亞納群島，直到戰爭結束。戰後，很多F-13A除了尾部機槍外，都拆除了防身武器。1948年，新成立的美國空軍將F-13A的型號改為Rb-29(改進型b-29)和Rb-29A(改進型b-29A)。朝鮮戰爭期間，部署在橫田機場的91戰略偵察中隊RB-29(以及壹部分RB-50)再次執行超遠程偵察任務。美國空軍在朝鮮戰爭中的最後壹次任務是91中隊的RB-29A對朝鮮空軍基地的偵察。二戰期間，英國人在研究空中加油技術。到1945，壹家名為空中加油有限公司的公司獲得了他們空中加油系統的專利，這標誌著該技術的初步成型。美國空軍對這項技術非常感興趣，它可以大大增加轟炸機和戰鬥機的航程。1948年從英國購買了92套空中加油/受油設備，並在波音的威奇托工廠改裝了B-29。KB-29M加油機在前後彈艙裝有可投棄油箱，軟管、卷盤、絞車和燃油泵安裝在每個容量的尾部。每個炸彈艙安裝了壹個容量為8700升的可拋油箱。油箱與機載加油系統相連，裏面的燃油可以輸送到受油機。B-29MR受油器尾部裝有受油器和軟管絞盤。
1948年3月28日，兩臺改裝的B-29加油/受油機演示了該系統的可行性。出於安全考慮，試驗中運輸的是水而不是燃料，燃料運輸試驗於5月成功進行。受到演示成功的鼓舞，美國空軍決定將92架B-29改裝成KB-29M加油機。為了這次改裝，波音在1948重新開放了關閉的威奇托2工廠。此外，74架B-29被改裝成受油機。最初的型號定為B-29L，後來改為B-29MR。鑒於軟管加油系統的缺點，波音公司開發了至今仍在廣泛使用的硬管加油系統。基本上，軟管和電纜，絞車和軟管系統卷軸已被刪除。改裝後的B-29尾炮塔改為氣泡狀觀察窗，下方安裝兩根伸縮式加油棒。換料棒下方有兩個V型翼，可以在壹定範圍內運輸換料棒。在受油器的頭部上方有壹個受油器。空中加油時，KB-29P飛桿加油機的加油員控制加油桿的長度和方位，準確插入受油器，連接完成後開始加油。不用時，加油棒收好，固定在加油機尾部的支架上。
使用飛桿系統後，受油器只需簡單改造。但空中加油時，受油機飛行員必須將飛機嚴格保持在加油機後方壹定範圍內，保證與硬管接觸。加油機腹部的壹系列指示燈將幫助加油機飛行員控制飛機。
為了改裝KB-29P，重新開放了波音蘭頓工廠的剩余部分(其余部分已改裝成C-97運輸機)，用1950-51年時間將116 B-29s改裝成KB-29P。1950年3月，第壹架KB-29P交付戰略空軍司令部。
飛桿式空中加油系統主要用於轟炸機等大型飛機的加油，但也可用於小型戰鬥機。而空中加油公司改進的軟管浮錨加油系統更適合小型飛機。在該系統中，加油軟管從加油機尾部拉出，軟管頂部裝有浮錨，與戰鬥機機頭加油探頭連接，完成加油。壹些KB-29P飛棒加油機也進行了改裝，在加油棒末端安裝了短軟管和浮錨。壹架KB-29M(45-21734)配備三套軟管——浮錨加油系統可以同時為三架戰鬥機加油。壹個系統安裝在尾部，另外兩個系統安裝在翼尖下的吊艙中。飛機型號更名為YKB-29T，是戰術空軍司令部的第壹架三點加油機。
但B-29的速度比不上新型噴氣式戰鬥機，所以只改裝了壹架，三點加油系統應用在未來的KB-50加油機上。用B-29改裝的氣象偵察機經常飛入颶風和臺風的風眼，以便收集氣象數據。壹些WB-29配備了空氣取樣裝置，以收集核試驗後的空氣樣本。