2005年3月29日，綜合病房樓將投入使用，開放床位增至500張。同時，還將為患者建設集購物、餐飲、娛樂於壹體的綜合服務樓，並在廣場建設開放式花園。
2007年以來，醫院改造了ICU和血液透析室，新安裝了門診和病房樓；
2011醫院於2月投資新建了集消毒、供應、辦公為壹體的供應中心大樓，投資1.5萬余元購置了全套消毒滅菌設備，投資1.7萬余元按照山東省衛生廳消毒供應中心驗收標準進行專業裝修，達到了山東省衛生廳驗收標準，成為山東省二級醫院消毒供應中心樣板工程。
2013年，9000平方米的綜合醫技樓(高10層，負8層)和新建3500平方米的門診樓(四層)及後勤服務樓已投入使用；同時，臨床服務樓正在緊鑼密鼓的建設中；此外，醫院更新安裝了HIS信息管理系統、PACS影像系統、LIS檢查系統，並開發了系統間的數據接口，使資源得到充分享受，醫院管理實現信息化、數字化。
截止2013年底，醫院現總建築面積6.4萬平方米。
2013年，醫院開始新建40000平方米的綜合門診病房樓，床位擴充至1000-1200。醫院先後開展了冠狀動脈造影+支架植入、心臟臨時起搏器搶救心臟驟停、內鏡下電凝止血治療上消化道出血、纖維支氣管鏡下胸膜活檢等手術。2005年4月，ICU成功救治1例有機磷農藥中毒患者，呼吸機輔助35天，省、市、縣電視臺聯合報道。2009年5月，ICU成功救治1例藥酒中毒致3次心臟驟停患者，被qtv、山東衛視等媒體報道。2013年5月，醫院啟動重大突發事件應急救援預案，應對201年5月重大車禍，急診醫學科和醫院各部門圓滿完成突發車禍的救援任務。
冠狀動脈造影、數字減影血管造影、醫院開展的治療新生兒重度高膽紅素血癥的換血療法、各種腫瘤的介入治療、巨大顱內腫瘤、顱底及腦幹腫瘤的切除、全髖關節及膝關節置換術、椎體成形術、膝關節鏡下各種膝關節疾病的微創治療、臭氧消融治療椎間盤突出癥、胸腔鏡微創肺葉切除術、腹腔鏡胰十二指腸切除術、肝癌及肝門膽管癌的根治術、經尿道前列腺增生切除術、 宮頸癌根治術、舌癌聯合根治術、小切口晶狀體囊外摘除及人工晶狀體植入術在菏澤市領先，部分達到省級水平； 病理切片質量獲全市競賽壹等獎；檢驗科生化乙肝、細菌鑒定、血凝、HIV抗體檢測、血常規、尿常規五項達到省標準，檢驗科五大檢驗指標獲得省單項合格；影像科診斷符合率和A片率大大超過二院標準。藥劑科成為菏澤市藥品質量標準化管理首家達標單位，成為全市藥品質量標準化管理觀摩單位。
醫院大力實施“人才興院、科技強院”戰略，通過壹系列措施支持和鼓勵科研。2012醫院在全運會集團會議中心籌備了菏澤市第十七屆骨科學術會議，充分體現了我市骨科良好的發展勢頭和整體素質。2011年，該院獲得菏澤市科技進步二等獎1項，三等獎2項，菏澤市職工創新壹等獎1項，菏澤市專利技術三等獎1項，實用新型專利6項。在省級以上專業期刊上發表論文35篇，其中中文級論文5篇。參編圖書40部，其中主編10，副主編26部。①在醫學院校承擔臨床教學和實習工作；
(2)承擔巨野、運城、成武三縣“全科醫生”培訓和鄉鎮衛生院技術骨幹臨床專業培訓；
(3)承擔省級科研項目。①開展健康教育；
(2)承擔預防保健任務，主要是傳染病的防治和慢性病的醫療和隨訪。