檢查步驟是先查口咽，次查鼻咽，再查喉咽。檢查時，被檢查者正面端坐，態度自然，張口時自然呼吸，不要用勁，以免咽部緊張充血，改變咽部原來外觀。檢查可按下列各部循序進行。
1.口唇：觀察口唇及其周圍組織的形態色澤，是否正常，有無幹燥鱗屑、皸裂、皰疹和疤痕等。
2.口腔：用壓舌板推開口唇和頰部，觀察粘膜有無充血、潰瘍、新生物、斑點，以及腮腺管口情況。再觀察牙與牙齦情況，有無牙齦炎、出血或斑線等。檢查舌部時，要看舌苔、舌質、舌體及其運動機能。觀察有無伸舌偏斜、舌苔厚薄、幹濕和顏色，舌質紅白，舌體大小，有無糜爛、裂紋、地圖樣舌或白斑，有無肉芽組織、新生物或潰瘍等。舌的形態常反映全身虛實及消化系統狀態。要病人伸舌上翹，觀察口底，註意舌系帶是否過緊，伸舌有無困難，舌下有無潰瘍、囊腫，頜下腺及舌下腺管口是否正常。最後，囑被檢查者頭稍後仰，觀察硬腭及腭拱的深窄，有無潰瘍、新生物、穿孔、塌陷或腭裂等。
3.軟腭與懸雍垂：用壓舌板輕壓舌前2/3，壓向舌根。壓舌板不易伸入過深，以免引起惡心嘔吐。觀察軟腭顏色，有無潰瘍或新生物，有無紅腫或膨脹下塌。軟腭是否裂開。懸雍垂是否缺如、分歧、過長或紅腫。囑被檢查者發“啊”音時，觀察軟腭與懸雍垂的運動，能否上提，或壹側不能上提：不能上提，示有軟腭癱瘓。患急性咽炎時，軟腭、懸雍垂明顯充血：慢性咽炎常使懸雍垂充血腫脹增長，可下垂觸及舌根。
4.扁桃體（腭扁桃體）：移壓舌板壓舌側或囑被檢查者頭稍向左右偏，觀察由軟腭兩側下延的舌腭弓和咽腭弓，有無充血，其色為鮮紅還是暗紅，有無偽膜、滲出物、潰瘍、瘢痕粘連及外形改變。
扁桃體在兩腭弓之間，壹般不超越腭弓，但其大小不能作為炎癥有無或輕重的指征。檢查時，應註意扁桃體顯露的體積、形狀，表面是否潤澤和有無斑點、角化物或滲出物，小窩是否清晰和有無瘢痕，兩側是否對稱。壹般以扁桃體顯露的體積大小分為四度(或級)，0度深埋兩腭弓內不能看見，Ⅰ度(+)顯露於兩腭弓之間， Ⅱ度(++)遮蔽咽腭弓， Ⅲ度(+++)超過咽腭弓突向咽中線。
患急性扁桃體炎時，扁桃體紅腫，表面有黃白色點狀或小片狀滲出物；慢性扁桃體炎的扁桃體表面呈暗紅色，多有瘢痕，顯不平之狀，或有黃白色斑點，小窩中可有白色小囊腫。還須用另壹壓舌板壓迫舌腭弓，查看有無膿液或豆渣(幹酪)狀物自小窩中擠出，亦可將隱藏不易看到的扁桃體擠壓突出，。又是扁桃體下極和三角皺襞不易看清，可囑被檢查者發“啊”音或深呼吸，即可看到。
5.咽後壁：檢查時，要求被檢查者正面端坐，以免頭位扭轉，使壹側頸椎橫突向前突出，誤診為病變。當被檢查者發音使軟腭提高時，有時第壹頸椎粗隆在咽後壁顯壹突起，不可視為病理改變。
正常咽後壁粘膜光滑潤澤，呈粉紅色，有時見有微細血管或少數散在的小淋巴濾泡。患急性炎癥者呈鮮紅色，慢性患者為暗紅色。如粘膜表面附有粘液或膿液，多示鼻腔和鼻竇有病變。粘膜幹燥、發亮或覆蓋膿痂，多為幹燥性或萎縮性咽炎。咽後壁淋巴濾泡過多，甚至融合成大片，則屬增生性或肥厚性咽炎。咽後壁粘膜緊張膨隆，應排除咽後膿腫或腫瘤。此外，應註意偽膜、潰瘍、瘢痕形成等。