二、生物浮床法。利用吸附藻類的植物和其他生物來控制水中的營養物質，抑制藻類過度生長，從而建立生態平衡系統。在人工浮床上，水面上人工種植美人蕉、水葫蘆、墨旱蓮等水生植物，既能吸收水體中的氮、磷等汙染因子，又能抑制藍藻的生長。
第三，機械捕魚法。這是最原始最傳統的方法，就是用人力把藻類壹起撈出來，無錫水源口就采用這種方法。為了提高速度，有人還發明了自動金屬薄膜過濾器。在動力船緩慢行駛的過程中，藍藻全部被金屬膜打撈上來，打撈速度是人工操作的幾千倍。在打撈過程中，增加了絮凝、沈澱、氣浮、推流、集藻功能。優點是完全打撈，缺點是仍難以控制大面積藍藻。
第四，化學方法。就是用化學藥物殺滅，壹般用硫酸銅。硫酸銅也常用於早期海洋赤潮治理，效果良好。然而，銅離子對生物幼體的變態是致畸的，並引起餌料藻的嚴重脫落。同時，硫酸銅有毒，能破壞水體的正常生態系統，化學除藻要慎重。
第五，微生物菌除藻。對活性汙泥中的有益菌種進行篩選分離，經噴霧幹燥後得到高密度的菌粉，再通過工業化大生產附著在專利填料上，形成高效處理系統。上海有人實驗表明，河道整治前水體呈深黑色，水體富營養化嚴重，無水生動植物生長。經過12天的治理，下長浦河治理段水質明顯改善，水體清澈無味。
第六，強磁滅藻，即利用強磁場滅藻。結果發現，在磁場強度為3700高斯的高強度磁水處理器的作用下，水中的藻類數量從50萬個/毫升下降到5萬個/毫升，藍藻基本被消滅。水體溶解氧和透明度分別由2.40毫克/升和40厘米提高到7.20毫克/升和75厘米，水質明顯改善。這種方法的缺點是成本高，不能處理大範圍的藍藻。
第七，工程疏浚法。也就是引入淡水，比如長江水，用大量的水把藍藻和發臭的湖水沖進海洋。特點是可以大面積控制藍藻，缺點是沒有從根本上控制，只是把汙染轉移到了其他地方。不適合大規模推廣。