李文均教授長期圍繞微生物資源與生態學方向，主要從事放線菌的系統分類、資源利用與生態學研究，創新性成果包括：（1）建立了針對多種特殊生境放線菌的分離方法，對我國西部地區放線菌資源進行系統分離並保存了5萬余株放線菌；（2）先後發現、建立並生效發表了細菌、放線菌新目4個，新科10個，新屬30余個，新種300余個，顯著提高了我國在該領域的國際地位；（3）與科研院所、企業廣泛合作，資源***享，推動了特殊生境放線菌資源的活性篩選和次生代謝產物、酶學等研究；（4）對原核微生物莽草酸通路起源和分子進化、極端環境微生物生態適應性機制進行了深入研究並取得積極進展
先後承擔了包括國家科技部“973”子課題，973前期，國家科技部國際合作重點項目，國家自然科學基金等在內的20余項國家級或省級課題的研究，現在研主持1項科技部國際合作專項，1項國家自然科學基金面上項目，1 項省重點項目及部分橫向合作課題。已在國內外刊物上發表學術論文450余篇（其中SCI源刊論文350余篇），專著3部，受邀撰寫新版伯傑氏系統細菌學手冊（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）6章，新版原核微生物（The Prokaryotes）2章，申請專利19件。另外，他還先後榮獲雲南省自然科學壹等獎（2次，分別排名第壹和第三）、教育部自然科學二等獎（排名第壹）、雲南省自然科學三等獎（排名第三）、雲南省青年科技獎、雲南大學伍達觀優秀教師獎、雲南省十大傑出青年提名獎、“雲南省青年五四獎章” 提名獎、雲南省突出貢獻專業技術人才等20余項獎勵 。