質譜儀檢測器具有以下特征:
1)與紫外、激光誘導熒光、電化學檢測器相比，是壹種通用檢測器。
2)由於質譜的選擇性和特異性，彌補了樣品遷移時間變化的不足；
3)質譜的靈敏度優於紫外分光光度法；
4)質譜在檢測峰的同時可以給出分子量和結構信息；
5)壹些質譜技術可以給出多電荷離子，這對於分析糖等大分子是有用的。
將蛋白質與CE結合起來更有利。
許多模式的CE，如CZE、MEKC、CITP、CGE、ACE和CEC，都可以與質譜檢測器成功連接，其中CZE-MS仍然是應用最廣泛的。MEKC-MS很少使用，因為加入表面活性劑形成的膠束會抑制樣品離子的信號。ESI是MS連接CE最常用的電離模式，可以直接將樣品分子從液相轉移到氣相，也可以測定分子量較大的樣品。與CE相連的質譜儀主要有三元四極桿(QQQ)質譜儀、離子阱(TTT)質譜儀、傅裏葉變換離子回旋振蕩器(FT-ICQ)質譜儀和飛行時間(TOF)質譜儀等。常用的是前兩種。CE-MS常用的接口有三種:無袖接口、液接接口和同軸套筒流體接口。後兩個接口都將補充液引入毛細管的流出部分，以維持穩定的電噴霧流動。CE-MS中使用的緩沖液最好是揮發性的、低濃度的，這樣可以獲得更好的離子電流響應。在與質譜聯用的CE中，常使用有機溶劑含量高的緩沖溶液(如甲醇、乙酸乙酯)或非水毛細管電泳，有利於離子噴霧過程，可提高檢測靈敏度。天然植物藥的成分和藥物及其代謝產物往往結構相似，CE-MS在分離鑒定方面顯示出優勢。Henion等用同軸套筒流體接口全掃描質譜分離了8種人工合成的異纈氨酸生物堿，並從光皮樹樹皮中分離了8種成分，鑒定了其中6種。Unge等人使用相同的界面從生物胺中分離生物堿。此外，離子噴霧(ISP)和大氣壓化學電離(APCI)也在CE-MS中得到應用