2008年4月23日，國務院國資委下發《關於中煤國際工程設計研究總院與煤炭科學研究總院重組的通知》（國資改革[2008]400號），總院與中煤國際工程設計研究總院重組，將組建新的母公司，公司名稱為中國煤炭科工集團有限公司。新公司將按照突出主業、專業化分工協作的原則，對所屬有關企業進行業務整合與資產重組。
2008年6月5日，國務院國資委在江蘇大廈召開中國煤炭科工集團有限公司幹部大會，總院與中煤國際工程設計研究總院中層以上領導幹部參加了此次會議。國資委企業領導人員管理二局姜誌剛局長宣布了中國煤炭科工集團領導班子成員組成：成立中國煤炭科工集團有限公司董事會，任命劉伯安為董事長，田會為副董事長，王金華為董事，提名王金華為總經理（法定代表人）人選，敬守廷、王虹、湯保國、劉建軍、範寶營為副總經理人選，蔣占華為總會計師人選；田會同誌任黨委書記，王金華同誌任黨委副書記，王壹玫同誌（女）任黨委副書記、紀委書記，劉伯安、寧宇、鄭友毅、吳德政同誌任黨委常委。
2008年7月5日，總院新壹屆領導班子成立，任命寧宇為煤科總院院長，趙學社、李俊良、康立軍、申寶宏、孫慶彬為煤科總院副院長，任命李華為煤科總院黨委書記，李俊良為煤科總院紀委書記。
2008年8月4日-5日，煤科總院機關職能部門負責人及部門員工公開競聘，實現雙向選擇。
2008年9月1～3日，“第三屆榆林國際煤炭暨能源產業博覽會、榆林市國家能源化工基地建設成就展”在陜西省榆林市召開，同期還舉辦了“煤炭科技發展論壇”，來自榆林市有關部門及各生產礦井近萬人次參加了活動。
9月26-27日，煤科總院2008年經濟工作會議在京召開。這次會議的主要任務是：以“十七大”精神為指導，貫徹落實國資委關於重組中國煤炭科工集團的精神，回顧總結今年1～8月份的工作，分析總院當前面臨的形勢和任務，重點研討總院改革發展的重大問題，同時安排部署下階段重點工作。
2008年10月10日，舉行總院第二屆青年科技論文演講比賽。
10月10日，總院根據《煤炭科學研究總院科技成果獎勵辦法》的規定，對第四屆（2008年度）煤炭科學研究總院科技成果獎獲獎成果完成單位和完成人員進行表彰獎勵。
10月24日，煤科總院、天地科技“企業廉潔文化建設現場會”在常州院舉行。中國煤炭科工集團黨委副書記、紀委書記王壹玫，煤科總院副院長、紀委書記李俊良，天地科技黨委副書記、紀委書記黃樂亭出席會議並講話。各有關單位50多位代表參加了會議。
2011年1月28日，由北京煤化工研究分院原新技術研究開發部（煤粉鍋爐事業部）和水煤漿技術部組建成立節能工程技術研究分院。
節能分院主要業務範圍包括煤粉高效清潔燃燒技術研究和水煤漿技術開發及服務，提供節能裝備的集成和專利技術服務。其中研究開發的高效煤粉鍋爐系統是國家科技支撐計劃、“863”計劃資助下，自主開發成功並擁有全部知識產權的高科技產品，是集團節能環保板塊的重要組成部分；水煤漿方面主要承擔國家重點項目研究，協助政府規劃水煤漿發展及推廣應用和制定水煤漿國家標準，承接水煤漿廠建設項目、水煤漿鍋爐燃燒項目和添加劑廠的可研、設計和總承包工程，以及水煤漿質量檢測和評價項目、制漿煤種的成漿性和燃燒特性評價項目。