NIH有自己的國家醫學圖書館，負責每月編輯出版壹次Index Medicus，匯總世界著名醫學期刊上發表的論文，還提供Index Medicus的電子版，也稱為MEDLINE，是世界上最著名的醫學目錄數據庫。NIH校外附屬實驗機構有:
馬裏蘭州Poolesville的NIH動物中心和巴爾的摩的國家老齡研究所老年學研究中心。國家藥物濫用研究所的成癮研究中心，國家過敏和傳染病研究所在蒙大拿州漢密爾頓的落基山實驗室，以及其他幾個較小的研究基地。NIH還設有院長辦公室，負責NIH政策和計劃的執行和管理，協調27個研究所和研究中心的研究項目和活動，是NIH的靈魂。OD有近50個管理辦公室，包括艾滋病研究辦公室和婦女健康研究辦公室。其中，OD的項目管理辦公室負責NIH研究項目的規劃和資助以及特殊研究領域的啟動。目前的研究項目包括:婦女保健、艾滋病研究、疾病預防、行為和社會科學研究等。NIH主任負責NIH的所有學術和管理事務。盡管NIH的研究所和研究中心有各自的職責，但院長仍然在規劃NIH的研究議程和前景方面發揮著重要作用。他是整個NIH事務的唯壹負責人，肩負著帶領研究所實現既定目標、尋求新的發展機遇，特別是協調研究所之間合作關系的重任。為此，院長定期召開各種辦公會議，與院外學術團體和專家、患者、衛生機構、國會、上級管理部門、職工代表理事會等進行交流。，從而確定NIH研究的重點領域，鼓勵研究所在這些領域開展創新工作。近年來，NIH的重點研究領域包括:基因組和基因醫學、基礎和應用基礎研究、解決低收入人群醫療保健問題的臨床研究。NIH設有執行副總裁，協助總裁處理NIH的日常事務。名稱縮寫創建日期
NCI美國國家癌癥研究所美國國家癌癥研究所1937。
科學審查中心，CSR 1946。
國立心肺血液研究所，國立心肺血液研究所，NHLBI 1948。
國家眼科研究所，國家眼科研究所，NEI 1968。
國家人類基因組研究所，NHGRI 1990。
國家藥物濫用研究所，國家藥物濫用研究所，NIDA 1974。
國家老齡研究所，NIA 1974。
國家環境健康科學研究所，
NIEHS 1966
國家酒精濫用和酒精中毒研究所，NIAAA 1970。
國家普通醫學科學研究所，NIGMS 1963。
國家過敏和傳染病研究所。
國家心理健康研究所。nimh1946，美國國家精神衛生研究所。
NIAMS國立關節炎、肌肉骨骼和皮膚病研究所，1986。
國家神經疾病和中風研究所。Ninds 1950，國家神經病學和中風研究所。
國家兒童健康和人類發展研究所，國家兒童健康和人類發展研究所，NICHD 1963。
國家護理研究所。NINR1986，國立護理醫學研究所。
國立耳聾和其他交流障礙研究所。NIDCD 1988，國立耳聾和其他交流障礙研究所。
NLM國立醫學圖書館1968屬於NIH。
國家牙科和顱面研究所。NIDCR 1948。
國家研究資源中心。ncrr1956。
約翰·福格蒂
約翰·e·福格蒂國際中心
國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所。NIDDK 1950。
國家補充和替代醫學研究中心。
替代醫學，NCCAM l993
國家生物醫學成像和生物工程研究所。
沃倫·格蘭特·馬格努森臨床醫學中心。cc1953
信息技術信息技術中心. citl964
國家少數民族健康和健康差異中心，NCMHD 1990。
此外，院長直接領導幾個部門，並負責NIH的行政管理:
校外研究室(OER)，
校內研究室(OIR)，
行政辦公室(OA)、
艾滋病研究辦公室，
行為和社會科學研究辦公室，
通信和公共聯絡處(OCPL)、社區聯絡處(OCL)、
疾病預防辦公室，
教育辦公室，
平等機會辦公室(OEO)，
財務管理辦公室(OFM)、
人力資源管理廳(OHRM)，
女性健康研究辦公室(ORWH1，
研究服務(研究服務辦公室，ORS1，
科學政策辦公室。OSP，
Leg辦公室。孤立政策和分析(OLPA)和技術轉讓辦公室(OTT)。
NIH現任院長是Elias A.Zerhouni博士，出生於1951年4月，於1968年6月-1975年6月在阿爾及爾大學醫學院學習，獲得醫學博士學位。他於2002年5月20日出任現職，是NIH歷史上的第15任院長。此前，他是約翰·霍普金斯大學醫學院的執行(執行)副校長，羅素·H·摩根的放射科和放射學協會主席，馬丁·唐納的放射學和生物醫學工程教授。他在影像研究領域取得了巨大的成就
但對CAT(計算機軸位斷層掃描)掃描和磁共振成像的發展起到了重要的推動作用，發表了157篇有影響力的論文，獲得了8項專利。自2000年以來，他壹直是美國國家科學院醫學研究所的成員，從1998到2002年，他擔任美國國家癌癥研究所董事會的科學顧問。