有以下幾點不同：
壹、概念不同
1、不征稅
指不屬於增值稅的征稅範圍的項目。
2、免稅
屬於原本需要征稅的而根據稅法相關規定，給予某些項目取得收入免予繳納增值稅的稅收優惠。
3、零稅率
增值稅稅率的壹種，主要適用於納稅人出口貨物和跨境應稅行為。零稅率在計算繳納增值稅時，銷項稅額按照0%的稅率計算，進稅額允許抵扣。
二、適用時間不同
1、不征稅
沒有硬性的適用時間段規定，《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的下列收入為“不征稅收入”：財政撥款；依法收取並納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金；國務院規定的其他不征稅收入。
2、免稅
納稅人發生應稅行為適用免稅、減稅規定的，可以放棄免稅、減稅，按規定繳納增值稅。放棄免稅、減稅後，36個月內不得再申請免稅、減稅。
3、零稅率
納稅人銷售適用增值稅零稅率的服務或無形資產的，可以放棄適用增值稅零稅率，選擇免稅或按規定繳納增值稅。放棄適用增值稅零稅率後，36個月內不得再申請適用增值稅零稅率。
三、開具發票的權限不同
1、不征稅
不征稅除特殊情形外，不能開具增值稅發票。《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十壹條規定，不征增值稅項目本身並不屬於增值稅的征稅範圍，所以納稅人發生不征增值稅項目，取得收入時不能開具增值稅發票。
2、免稅
可以開具增值稅普通發票。根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》（中華人民***和國國務院令第538號）第二十壹條、《營業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號文附件1）第五十三條，增值稅納稅人銷售免稅貨物，不得開具增值稅專用發票，只能開具增值稅普通發票。
3、零稅率
可以開具增值稅普通發票。根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》（中華人民***和國國務院令第538號）第二十壹條、《營業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號文附件1）第五十三條，增值稅納稅人銷售免稅貨物，不得開具增值稅專用發票，只能開具增值稅普通發票。
擴展資料：
1、不征稅收入可以開發票的特殊情形
融資性售後回租業務中承租方出售資產的行為雖然屬於不征增值稅項目，但很多地區規定，融資性售後回租服務中的承租方收取有形動產價款本金，可以開具普通發票，作為出租方據以差額扣除的合法有效憑證，承租方開具發票不征收增值稅。
2、征增值稅項目是指免稅收入是納稅人應稅收入的重要組成部分，只是國家為了實現某些經濟和社會目標，在特定時期或對特定項目取得的經濟利益給予的稅收優惠照顧，而在壹定時期又有可能恢復征稅的收入範圍。
3、由於規定稅率為零，納稅人不需要納稅。真正體現零稅率理論上定義的，是增值稅對出口產品實行零稅率，即納稅人出口產品不僅可以不納本環節增值額的應納稅額，而且可以退還以前各環節增值額已納稅額。並且只有壹般納稅人企業才能充分享受零稅率的福利。
參考資料：
百度百科-零稅率參考資料：
百度百科－免稅參考資料：
百度百科－不征稅收入