各省、自治區、直轄市農業行政主管部門可根據需要，確定相應的農作物種質資源管理單位。第五條 農作物種質資源工作屬於公益性事業，國家及地方政府有關部門應當采取措施，保障農作物種質資源工作的穩定和經費來源。第六條 國家對在農作物種質資源收集、整理、鑒定、登記、保存、交流、引進、利用和管理過程中成績顯著的單位和個人，給予表彰和獎勵。第二章 農作物種質資源收集第七條 國家有計劃地組織農作物種質資源普查、重點考察和收集工作。因工程建設、環境變化等情況可能造成農作物種質資源滅絕的，應當及時組織搶救收集。第八條 禁止采集或采伐列入國家重點保護野生植物名錄的野生種、野生近緣種、瀕危稀有種和保護區、保護地、種質圃內的農作物種質資源。
因科研等特殊情況需要采集或采伐列入國家重點保護野生植物名錄的野生種、野生近緣種、瀕危稀有種種質資源的，應當按照國務院及農業部有關野生植物管理的規定，辦理審批手續；需要采集或采伐保護區、保護地、種質圃內種質資源的，應當經建立該保護區、保護地、種質圃的農業行政主管部門批準。第九條 農作物種質資源的采集數量應當以不影響原始居群的遺傳完整性及其正常生長為標準。第十條 未經批準，境外人員不得在中國境內采集農作物種質資源。中外科學家聯合考察我國農作物種質資源的，應當提前6個月報經農業部批準。
采集的農作物種質資源需要帶出境外的，應當按照本辦法的規定辦理對外提供農作物種質資源審批手續。第十壹條 收集種質資源應當建立原始檔案，詳細記載材料名稱、基本特征特性、采集地點和時間、采集數量、采集人等。第十二條 收集的所有農作物種質資源及其原始檔案應當送交國家種質庫登記保存。第十三條 申請品種審定的單位和個人，應當將適量繁殖材料（包括雜交親本繁殖材料）交國家種質庫登記保存。第十四條 單位和個人持有國家尚未登記保存的種質資源的，有義務送交國家種質庫保存。
當事人可以將種質資源送交當地農業行政主管部門或農業科研機構，地方農業行政主管部門或農業科研機構應當及時將收到的種質資源送交國家種質庫保存。第三章 農作物種質資源鑒定、登記和保存第十五條 對收集的所有農作物種質資源應當進行植物學類別和主要農藝性狀鑒定。
農作物種質資源的鑒定實行國家統壹標準制度，具體標準由農業部根據國家農作物種質資源委員會的建議制定和公布。
農作物種質資源的登記實行統壹編號制度，任何單位和個人不得更改國家統壹編號和名稱。第十六條 農作物種質資源保存實行原生境保存和非原生境保存相結合的制度。
原生境保存包括建立農作物種質資源保護區和保護地，非原生境保存包括建立各種類型的種質庫、種質圃及試管苗庫。第十七條 農業部在農業植物多樣性中心、重要農作物野生種及野生近緣植物原生地以及其他農業野生資源富集區，建立農作物種質資源保護區或保護地。第十八條 農業部建立國家農作物種質庫，包括長期種質庫及其復份庫、中期種質庫、種質圃及試管苗庫。
長期種質庫負責全國農作物種質資源的長期保存；復份庫負責長期種質庫貯存種質的備份保存；中期種質庫負責種質的中期保存、特性鑒定、繁殖和分發；種質圃及試管苗庫負責無性繁殖作物及多年生作物種質的保存、特性鑒定、繁殖和分發。
國家和地方有關部門應當采取措施，保障國家種質庫的正常運轉和種質資源安全。