截至2014年9月，該校設有醫藥科學研究所（藥物研究與開發研究室、藥理研究室、藥物化學研究室）、分子生物學實驗中心、多基因病研究中心、藥學實驗中心、科技成果轉化中心（微生態工程技術研究中心、藥物研發中心）、超微病理實驗中心、生物功能材料研究室、生物大分子研究室、腫瘤分子生物學研究室、醫學分子信息與調控研究室等各類科研機構27個，擁有省高校重點實驗室 。
省高校重點實驗室：天然藥物抗腫瘤研究與開發實驗室
省技術研發推廣中心：微生態工程技術實驗室 2008年至2011年，該校***獲得各級各類項目463項，其中國家自然科學基金項目11項，省部級項目28項，省教育廳資助項目92項，省衛生廳、中醫藥管理局、市科技局、社科聯資助項目328項，***獲得資助經費714.14萬元，學院配套資金773.9萬元。完成各類科技項目355項，成果登記355項，年成果登記數連續三年位列全省高校前三名。獲得各級各類科技成果獎勵173項，其中省科技進步二等獎3項、三等獎3項，省高校科學技術獎、省衛生廳、市科技局科技進步獎等廳局級獎勵167項。獲得專利13項。被SCI、EI收錄的學術論文88篇。2006年至2010年，該校***發表學術論文2167篇 。
***獲得省級教育科研立項47項，結題18項。榮獲省高等教育教學成果獎、省規劃辦教育科研成果獎、省高等教育學會科研成果獎58項。教師主編、參編教育部和衛生部本專科規劃教材55部。作為總主編單位牽頭編寫了中國首套5年制本科精神醫學專業衛生部規劃教材，結束了中國精神醫學專業沒有國家統編教材的歷史。榮獲黑龍江省規劃辦“十壹五”教育科研先進集體稱號 。 神經疾病與精神衛生
《神經疾病與精神衛生》雜誌於2000年由中華人民***和國科技部、新聞出版署批準為國內外公開發行的神經、精神科及精神（心理）衛生領域科技類學術性期刊，國內統壹刊號：CN23-1479/R，國際標準刊號：ISSN1009-6574，2001年正式創刊。2002年由季刊改為雙月刊，頁碼由64頁增為82頁。2004年進入中國科技論文統計源期刊（擴展版）。2006年為中國科技論文統計源期刊。2005年獲黑龍江省委宣傳部、黑龍江省新聞出版局頒發的精品工程提名獎。
中華現代護理雜誌
《中華現代護理雜誌》（CN11-5682/R）於2008年1月18日正式由國家新聞出版總署批準創刊。由中國科學技術協會主管、中華醫學會主辦、齊齊哈爾醫學院承辦、中華現代護理雜誌社出版，是護理學科領域綜合性學術期刊。
2008年《中華現代護理雜誌》正式加入中華醫學會。已被國家科技部批準為中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊），並被中國學術期刊綜合評價數據庫（AJCED）、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國期刊全文數據庫（CNKI）收錄。
《中華現代護理雜誌》為旬刊，每月6、16、26日出版。主要欄目有述評、論壇、專題報道、論著、講座、綜述、研究薈萃、管理·教育、技術·方法、國內外學術動態、繼續教育園地、讀者·作者·編者、會議紀要等。
齊齊哈爾醫學院學報
《齊齊哈爾醫學院學報》為公開發行的綜合性學術類期刊，刊號為：CN23-1278/R、ISSN1002-1256。內容包括基礎醫學、臨床病理（例）討論、新技術新方法介紹、短篇報道、文獻綜述、專題講座、文摘等。
《齊齊哈爾醫學院學報》創刊於1979年，1999年由於季刊改為雙月刊，2001年更為月刊。