清華頂尖科學家付林主要有兩項罪名：貪汙和挪用公款。
起因是有人給北京市檢察院寫了封舉報信，舉報他巨額貪汙。2016年3月17日海澱區檢察院反貪局對付林采取了刑事拘留措施。2016年4月1日付林被正式批捕。2017年5月19日，海澱檢察院公訴處正式起訴付林，根據起訴書付林有兩項罪名，壹項罪名是貪汙造成科研經費損失220余萬元，另壹項罪名是挪用公款439萬元。
付林案在高校引起了極大的關註——這是壹個非常典型的科研成果轉化所引發的事故。該案的焦點在於，付林的關聯公司參與了上述重大課題的研究過程，以及後續的科研成果轉化。
清華大學建築學院副院長朱穎心教授說：“付林案引發最壞的影響是，現在老師們有科研成果也不敢轉化了，就寫寫論文吧。”
所有像付林壹樣搞科研成果轉化的教授們，幾乎都面臨著壹個“身份的嫌疑”——既是國家公職人員，又能通過科研成果轉化賺錢，壹身兼二任，很容易就有拿著國家的資源給自己用的嫌疑。付林被人舉報貪汙正是這個邏輯，前兩年影響巨大的“浙大褚健案”也是這個邏輯。“我們這裏的大學科研成果轉化的效率比美國大學差太遠了，”北京大學國家發展研究院周其仁教授接受采訪時說，這幾年國家出臺了大量鼓勵科技成果轉化的政策，但在壹些關鍵的細節上並沒有明確的說法以及制度安排。
他舉例說，美國大學裏面有壹種中介組織叫專利轉換辦公室，從業者既不是科學家也不是商人，而是幫助科學家申請專利和推動專利商業化的專家。專利帶來的商業利益，1/3歸專利轉換辦公室，他們的工作很高效，整個技術轉換的格局就不壹樣了。這類中介組織可以幫助教授們在科研成果轉化時避開直接面對市場的很多問題。
付林的妻子曲燕說，自從成立公司之後，她和付林就壹直有很重的心理負擔——不僅怕學校的人說拿著公家的資源給自己做事，也怕外面的人來找麻煩。有公司的那幾年，付林不止壹次遭到敲詐和威脅。2014年8月，付林賣掉了公司，準備徹底淡出商業江湖。但這個舉動並沒有讓他避開泥沼。
2016年3月16日，付林的日程和往常壹樣排得很滿，吃完早飯他就到了辦公室工作。
和往常不同的是，他帶上了出差的行李，準備下午去濟南。第二天他有兩件重要的事，壹是參加中國節能協會組織的技術鑒定會，二是要向濟南市委領導班子匯報工作。濟南市投資100億元的重大項目“外熱入濟”剛剛開始施工，付林是首席專家，他領導的北京清華同衡規劃設計研究院有限公司(由清華城市規劃設計研究院改制而來，以下簡稱“清華規劃院”)能源所是這個項目的規劃和技術支持方。
頭壹天下午，付林接到了清華大學紀委的電話，讓他3月16日到北京市海澱區檢察院說明情況——他又被人舉報貪汙。早上9點多，付林已帶著行李趕到了海澱區檢察院。從這個舉動來看，他似乎還在想著出差，根本沒有預料後面會發生什麽。
10點，付林的妻子曲燕接到了海澱檢察院的電話，讓她去送壹些資料。
11點，曲燕趕到檢察院交材料時，聽到隔壁房間付林正在大聲解釋，很生氣。曲燕想起兩年前曾有人揚言要“把付林送進去，判10年以上”，有些擔心。但她仍然自信，只要付林把問題解釋清楚了，很快就能回來。
這不是付林第壹次被舉報——2015年10月，清華大學紀委也收到過類似的舉報信，但清華紀委、規劃院對付林進行調查後，認為沒有問題。所以，曲燕認為以前都說清楚了，這次也能說清楚。
但她沒想到的是，付林很快被關進了看守所，他的聲音再也沒有聽到過。
在這個案件中，壹***出現了付林的3家關聯公司：環能瑞通、華清泰盟、華源泰盟。有人做了壹個這樣的假設：如果當初由外部公司取代付林的關聯公司，成為其搞研發和成果轉化的平臺，那麽付林可能不會涉入商業江湖，他也就不會面臨如上的指控。但問題恰恰是，當時並沒有公司願意支持他。
“科研成果轉化的第壹步並不是企業在求妳賣專利，常常是妳要去求企業支持，把初步產品做出來。”江億院士說，很多人都以為把專利或者想法賣掉就完成了科研成果轉化，但現實從專利到產品還有很長的路，很少有企業冒風險買單。如果得不到企業的支持，只能自己組織資源做開發，組織資源就少不了要開公司，而開公司就有壹堆麻煩事——付林就是這樣壹步壹步走入了商業江湖中。
江億院士也有類似的無奈經歷，因此特別渴望能有這樣壹個平臺，“讓我們安安心心把第壹步轉化先做出來”。但這科研成果轉化最難的第壹步，在當下大學體制、社會機制中是壹個空白地帶。
最初，曲燕很反對付林註冊環能瑞通，她的顧忌是，老師們開公司總有瓜田李下的嫌疑。
壹開始，曲燕的這種憂慮似乎是多余的。但隨著技術研發成功，尤其是技術的商業價值被市場認可時，這種“身份的嫌疑”就會越來越重，直到變成無法承受之重。在固有的觀念中，知識分子應該是安守清貧的，而付林在網絡上被壹些人稱為“清華首富”，這本身就很容易招致猜疑。
但即使沒有註冊公司，付林也早已跨入商業的河流。中國的高校體制下，很多老師事實上都是小老板。以付林為例，雖然他領導的能源所是科研機構，但也是不折不扣的公司實體——它是清華同衡規劃院的下屬機構，企業性質是全民所有制，營業執照上的負責人是付林，註冊時間2004年。但規劃院並沒有給能源所註冊資本，也不給員工發工資，事實上能源所是自負盈虧運轉，付林要像老板壹樣組織人馬做研究項目掙錢，否則就沒辦法給研究人員發工資。
清華大學建築學院副院長朱穎心教授說，這類研究所在高校很常見，主要是便於老師們承接項目，以及提供平臺留住高水平科研人才。但能源所“全民所有制”的性質，為付林後面被指控“挪用公款”打下伏筆。
回到環能瑞通。張世鋼介紹，這家公司並沒有經營活動，主要是安置課題組從事設備研發的工作人員，管理上也很粗放——最初由付林的壹個朋友代管，後來由壹位員工管理，甚至公司的公章都放在這位員工手裏。這樣松懈的管理，已經為付林出事打下了伏筆。
那麽，老師們的關聯公司到底能不能參與重大科研項目?據接近此案的人士透露，清華大學科研院負責人2017年1月在接受檢察機關問詢時明確表示，科技部、北京市和清華大學對關聯單位參加課題沒有限制，清華大學牽頭的課題，課題負責人可以把確實承擔科研任務的關聯單位加入到課題裏來，而且將課題經費撥到課題參與單位，也不需要對關聯關系進行申明。
1992年南巡講話之後，國家鼓勵科研人員創業，高校出現了壹大批學科性公司，都是掛著公有制之名的紅帽子公司。這些公司在股權上的復雜性，制造了很多故事，比如浙大褚健案。此後國家又多次出臺鼓勵科研成果轉化的政策，但老師們開公司始終籠罩在身份嫌疑的陰影中——在壹種復雜的社會心態下，做得越成功嫌疑就越大，做得不成功倒是沒人關註。
在高校科研人員創業的案件中，知識產權是壹個很容易出事的領域，拿著屬於學校的專利給自己賺錢等同於貪汙。這個指控曾經也出現在北京海澱區檢察院對付林的起訴意見書裏，環能瑞通擁有3項專利曾被估價2800萬，因此檢察院指控付林貪汙2800萬。而在最終的起訴書上，這項指控消失了。