(1)固氮菌對土壤pH敏感，其最適pH為7.0 ~ 7.5。在酸性土壤上施用固氮菌肥時，應配合使用石灰，以提高固氮效率。過酸、過堿的肥料或有殺菌作用的農藥不宜與固氮菌肥混用，以免產生強烈的抑制作用。
(2)固氮菌對土壤水分的要求很高。當土壤含水量為最大田間持水量的25% ~ 40%時，它們開始生長，當土壤含水量為60% ~ 70%時，它們生長最好。因此，施用固氮菌肥時應註意土壤水分條件。
(3)固氮菌為嗜溫細菌，最適生長溫度為25 ~ 30℃。當低於10℃或高於40℃時，其生長會受到抑制。因此，固氮菌肥應存放在陰涼處，並保持壹定的濕度，防止暴曬。
(4)固氮菌只有在富含碳水化合物、缺乏結合態氮的環境中才能充分發揮固氮作用。當土壤碳氮比低於40 ~ 70 ∶ 1時，固氮作用迅速停止。土壤中適宜的碳氮比是固氮菌發展成為優勢菌固氮的最重要條件。因此，最好在富含有機質的土壤上施用固氮菌或配合有機肥施用。
(5)土壤施用大量氮肥後，每隔10天施壹次固氮菌肥，否則會降低固氮菌的固氮能力。而固氮菌與磷、鉀、微量元素肥料配合施用，能促進固氮菌的活性，特別是在貧瘠的土壤上。
(6)固氮菌肥適用於各類作物，尤其適用於禾本科作物和葉菜類蔬菜。固氮菌肥壹般用於拌種，混播，然後覆土，避免陽光直射。也可蘸根施或作為蔬菜苗床的底肥，或與棉花籽肥混合施用。它也可以應用於作物根部或與灌溉相結合。