1.版權保護內容不被復制，而專利保護方法不被竊取。
2.作品完成後才能保護版權，申請審查後才能保護專利。
軟件受版權保護，但只有創造性、新穎性和實用性的軟件技術才能申請專利。
4.高新技術企業的認定和相關政府項目的軟件著作權也是認定的，可以緊急辦理。相對於專利的長周期性，版權在這方面有壹定的優勢。
簡單來說，軟件創作完成後就可以獲得軟件著作權，也就是常說的軟拷貝登記，起到類似公證的作用。
軟件專利則不同。首先，專利必須先向專利局申請，然後才能獲得。其次，軟件專利申請描述了軟件的思想。從上面可以看出，版權可以使妳采取保護措施，防止他人盜版妳的軟件。但是，對於妳的競爭對手來說，他們也是和妳壹樣的軟件開發者。他們可以研究妳的軟件，理解妳的想法，在不侵犯妳版權的情況下，按照妳的想法編寫出同樣效果的軟件。這個時候，妳的軟件中最核心的東西，也就是軟件的思想，是無法受到版權保護的。
而軟件專利則是以技術方案的形式申請的，這就是妳的軟件流程圖的內容。授權之後，保護的是軟件的思想。如果別人采納了這種想法，就可能構成侵權。所以軟件專利的保護比軟件著作權的保護強很多，可以保護軟件最核心的東西。
此外，兩者采用的法律依據也不同。
軟件著作權保護的基礎是著作權法和計算機軟件保護條例，軟件專利保護的基礎是專利法。當然，這並不意味著軟件專利保護強，但它也有自己的缺點。申請專利時，專利的技術信息需要公開，專利權的維護也需要繳納年費。專利申請審查周期為2-3年，而軟件市場周期較短。