《塞爾達傳說：時之笛》既獲得大量評論的贊賞，銷量亦十分可觀。由發售日起到1998年底的僅僅39天裏，本作就已賣出250萬套，足以成為當年的電視遊戲銷量冠軍；發行至今全球***賣出760萬套。 《塞爾達傳說：時之笛》的任天堂64版本推出時，就已獲得眾多遊戲雜誌和網站的滿分榮譽，例如《Fami通》、Edge、Electronic Gaming Monthly、GameSpot 及IGN 等（詳見下表）。評論對遊戲的各方面都有十分正面的評價，尤其贊賞其難易度設計、遊戲系統和音響效果等。遊戲網站GameSpot壹位評論家說《塞爾達傳說：時之笛》是“壹款不能不稱為‘完美無瑕’的遊戲”，而網站IGN則形容此作為“互動娛樂的新基準”，能夠“塑造出往後的動作角色扮演遊戲類遊戲的模式”。此後，《塞爾達傳說：時之笛》也多次被遊戲雜誌和網站列為“最佳”或“最有影響力”的遊戲之壹，例如Electronic Gaming Monthly、IGN、Nintendo Power 及Edge 等。GameTrailers的編輯在2007年2月刊出的“歷來最佳和最差的十款遊戲”中，將《塞爾達傳說：時之笛》列入歷來十佳遊戲之壹。他們說遊戲中多項堪稱“業界標準”的設計，令此作品猶如壹所“會走路的專利局”（"walking patent office"）。
遊戲畫面方面，評論贊賞《塞爾達傳說：時之笛》畫面的深度和細致度，但同時認為本作在畫面方面仍未完全發揮任天堂64的機能。Game Revolution評論認為人物面部是“3D人物設計最困難的挑戰”，但本作中的人物表情動作卻制作得“出奇優雅”。IGN認為《塞爾達傳說：時之笛》在畫面上比《超級馬力歐64》更優勝、比例感更強，也對出色的視距（draw distance）和巨大的頭目角色表示贊許。但IGN同時也認為本作雖然用色和環境細致度比同年推出的另壹任天堂64作品《Banjo-Kazooie》優勝，其他畫面質素卻比不上後者。諸如幀率和紋理展現效果等方面，《塞爾達傳說：時之笛》都較《Banjo-Kazooie》遜色。其中海拉爾城下町市集的畫面，更被IGN形容為“模糊不清”。
遊戲普遍被評為內容豐富，設有很多分支任務消磨玩家時間。IGN說玩家會對遊戲環境的細節和在設計過程中所投入的意念之多感到驚訝。Electronic Gaming Monthly欣賞任天堂能夠將以往《塞爾達傳說》系列中以2D表現的元素“毫無瑕疵地以3D重新演譯”。操控方面，環境相關使用者界面亦被視為遊戲最強的元素之壹，評論者認為這個系統讓玩家以較少的按鈕作出簡單的操控，但同時也偶爾導致壹些不是玩家預期中的錯誤操控出現。雖然遊戲的鏡頭控制需要時間適應，但其方便程度被形容為使戰鬥變成“第二本能”（"second nature"）。另壹方面，部分評論認為遊戲過分著重於各自隔絕的神殿或洞穴關卡，遊戲網站Thunderbolt Games的編輯就形容《塞爾達傳說：時之笛》是個“磨人心誌又冗贅”、“沈悶地漫行於土牢” 的遊戲。
《塞爾達傳說：時之笛》的聲效亦多獲贊許，IGN就將遊戲中近藤浩治的作品與著名美國極簡主義作曲家菲臘·格拉斯（Philip Glass）相提並論。評論認為遊戲應用立體聲和大量運用氛圍聲效，令玩家易於投入遊戲世界之中。部分評論者投訴遊戲使用了陳舊過時的音頻，但也有相反意見認為這是“復古”之舉，值得欣賞。Game Revolution形容本作的聲效“於任天堂來說算得上好，但以更高層次來說並不算太好”，並認為卡帶界面使得遊戲不得不用上“質素平庸甚至差劣的MIDI制式音樂”。
獎項方面，《塞爾達傳說：時之笛》於1998年在日本媒體藝術節的互動藝術部門中獲得大獎，又在第二屆年度互動成就獎中獲得“年度最佳遊戲”、“互動設計卓越成就獎”、“軟件工程卓越成就獎”、“年度最佳家用機遊戲”、“年度最佳家用機冒險遊戲”及“年度最佳角色扮演遊戲” 等六項殊榮。
相比之下，本作的續作就顯得失色很多。《塞爾達傳說：時之笛 裏》版本和在Wii Virtual Console中重新推出時。IGN給予原作《塞爾達傳說：時之笛》10分滿分，但只給《塞爾達傳說：時之笛 裏》9分 。RPGamer編輯Zachary Lewis在他的撰文中給予《塞爾達傳說：時之笛 裏》2分的低分（5分為滿分），他說“雖然遊戲曾經擁有優良的菜單界面、戰鬥系統、解謎元素和鮮明的地域分野設計，但不幸地，遊戲以今天的標準來說是每況愈下。由於遊戲令人氣餒的本質，使得重玩本作的機會微乎其微”。GameSpot給予Virtual Console版本8.9分（10分滿分），並認為遊戲缺乏吸引的賣點，並移除了支持控制器振動等遊戲功能。縱然如此，前GameSpot總編輯Jeff Gerstmann仍然認為“即使在推出九年後，《塞爾達傳說：時之笛》依然出奇地有趣，給玩家壹個漫長而且很多時候令人驚喜的冒險” 匯總得分匯總者得分GameRankings97.6%（31個評論） NGC：89.7%（24個評論）Metacritic99/100（22個評論） NGC：91/100（10個評論）評論得分 媒體得分AllGame Edge10（10分滿分）電子遊戲月刊10（10分滿分）Fami通40 (40分滿分)GameSpot10（10分滿分） VC：8.9（10分滿分）IGN10（10分滿分） NCG：9（10分滿分） 3DS：9.5（10分滿分）任天堂力量9.5（10分滿分）