水生動物種質資源實驗室由李思發教授創建，是我國最早的水生動物種質資源實驗室。主要從事水產動物種質資源和種苗工程研究，即借助形態學、養殖生物學、細胞遺傳學、生化遺傳學、分子遺傳學和數量遺傳學的理論、方法和技術手段，在種群、個體、細胞和分子水平上研究我國水產動物的種質特性，建立水產動物種質的鑒定標準和技術方法，在種質研究的基礎上進行種質創新和保護。20世紀80年代，研究室牽頭開展了“長江、珠江、黑龍江鰱、鱅魚、草魚種質資源研究”，開創了我國水產動物種質資源研究的先河。此後，種質資源的研究對象也從“四大家魚”擴展到了中華鱉、鯿魚、羅非魚、彩鯉、河蟹、青蝦、三角帆蚌、縊蟶等。在種質創新方面，培育了團頭魴“浦江1”、“新吉福”羅非魚、“樂康貽貝”等新品種。同時，水產動物種質資源研究室還在規劃我國水產種苗工程和水產原種體系建設，積極服務於我國水產原種場的規劃、建設和種質檢驗。
遺傳育種與生物技術教研室的前身是文革前動物生理生化教研室下設的組織胚胎教研室。當時教研組師資力量雄厚，有、鄭德沖、蔡維元、樓運東、張、張克儉、蔣等。目前，我院教研室主要承擔我院生物技術本科的專業建設和教學工作，從事水生生物遺傳育種和生物技術的科研工作。本科教學包括組織胚胎學、遺傳學、細胞生物學、發育生物學、基因工程、生物工程、水生動物育種等。
自1980以來，該部門先後主持了國家科技攻關、科技支撐計劃、863計劃、國家自然科學基金、部市級科研項目和國際合作項目等。，並具有深厚的研究基礎和廣泛的國際聯系。在國內外期刊上發表論文400余篇，主編專著14部，專利9項，制定國家標準23項。獲得國家科技進步獎1項，上海市科技進步獎2項，二等獎1項，三等獎1項，部級科技進步獎3項，三等獎1項，其他省市自治區5項。