南洋公學 1896年，刑部左侍郎李端棻上奏《推廣學校》壹折，建議自京師以及各省府州縣皆設學堂。
1896年3月，由清代著名翻譯、近代小學教學方法改良的先行者鐘天緯開辦的三等公學開學。盛宣懷將上海電報局總辦經元善捐出的高昌廟經正書院舊屋暫借給鐘用作該校校舍。鐘天緯於當日發布啟示，先開蒙館三塾，將來待經費許可，再開設六塾，將學有成效者，送南北洋大學堂。9月得到盛宣懷批準，由電報總局撥助常年經費洋1000元辦學。盛宣懷在上海乘船去江寧府向兩江總督劉坤壹稟明，擬在上海捐購基地籌款開辦新式學堂——南洋公學及銀行、鐵路、紡織等事宜。
10月，盛宣懷向清朝政府正式上奏《條陳自強大計折》，附奏《請設學堂片》，稟明兩江總督劉坤壹，擬在上海捐地開辦南洋公學，經費由輪電兩局捐輸，聘請何嗣焜出任總理。12月得到光緒準允。至此，標誌南洋公學正式創立。因學堂地處南洋（當時稱江、浙、閩、廣等地為南洋），參考西方學堂經費“半由商民所捐，半由官助者為公學”，故定名為南洋公學。
1897年3月6日，借上海徐家匯民房壹所作校址，“南洋公學”正式開學；4月，委任何嗣焜為南洋公學總理（即校長）。
初建時以培養高端法政人才為辦學目標，先設師範院、外院、中院、上院四院，繼設鐵路班、特班、政治班、譯書院、東文學堂等，體制完備，規劃宏遠，創開了我國近代教育的新風氣。
1905年，學校改隸商部，改校名為商部上海高等實業學堂，始以培養高級工程技術與管理人才為目標。1906年秋，學校工科之始——鐵路工程班成立。
1907年改隸郵傳部，易校名為郵傳部上海高等實業學堂；10月，學校設立的第壹個工程專科，即學制3年的鐵路專科正式成立。1908年夏，增設電機專科，為中國高等學校最早設立之電機系科。
1909年，航海專科成立，且於1911年改為商船學校。
1910年，建立電機實驗室。同年秋，定“勤、儉、敬、信”四字為校訓。
1911年，在辛亥革命的高潮聲中，唐文治宣布學校改名為南洋大學堂，監督改稱校長。此時期學校經費困難，唐文治提出自己減薪壹半，師生同心，以維持教學。唐文治還著《人格》壹書作為國文教材。此時期孫中山蒞校演講，全校師生***同致力於興建中國實業。 交通部上海工業專門學校 1912年秋，學校歸交通部直轄，改校名為“交通部上海工業專門學校” ；學校雖幾度更名，但堅持培養交通實業專才的宗旨不變。
1918年3月，學校又增設鐵路管理科。
1919年7月，侯紹裘成立南洋義務學校。 交通大學 1920年12月14日，交通總長葉恭綽以“交通要政極需專材”為由，提交國務會議議決，將北京郵電學校、北京鐵路管理學校、唐山工業專門學校及上海工業專門學校合並，改稱“交通大學”。
1922年4月8日，葉恭綽校長電示“今日為交通大學成立紀念日，放假壹天”。
1922年由於政局變動，葉恭綽出走；7月21日，交通大學正式分為兩校，改名交通部南洋大學和交通部唐山大學。此後校長多次變換，直到1924年底淩鴻勛再次任校長，學校才有了進壹步的發展。此時期仍設置電機、機械和鐵路管理三科，而土木科已調歸唐山學校。學校在此期間又新建成體育館和調養室，並創辦了中國高校最早的工業研究所。 交通部第壹交通大學 1927年，北伐勝利，北洋政府垮臺，南京政府成立。國民政府交通部接管南洋大學。學校改組為第壹交通大學，設立校務委員會。並第壹次招收女生，實行男女同校。附中、附小脫離學校，另組私立南洋模範中小學。
1928年2月，國民政府任命蔡元培為1927年9月7日改名為“第壹交通大學”的校長。 國立交通大學上海本部 1928年10月，南京國民政府改組，增設鐵道部。學校移歸鐵道部管轄，將設在上海、唐山、北平三處的交通大學各學院合並，統稱鐵道部交通大學，分上海本部、北平鐵道管理學院和唐山土木工程學院。校長由鐵道部部長孫科兼任，副校長由黎照寰兼任。不久，黎又被任命為專職校長。這樣就把“部（鐵道部）、路（鐵路）、校（交大）聯成壹貫”，形成“部校合作”體系和“建教合作精神”，“校中師生均得安心教讀，勤求學業，蔚成良善校風”。
這壹時期學校經費充裕，校舍建設和系科建設都得到較快發展，校園面積也擴大到近500畝。期間，先後成立了科學學院、管理學院、土木工程學院、機械工程學院、電機工程學院和中國文學系、外國文學系，由此形成了以工為重點，理為基礎，兼重管理的教學體系。這壹時期學校發展迅速，特色明顯，成績顯著，影響深遠，廣大校友稱之為新中國成立前學校發展歷史上的“黃金時期”。
1937年8月1日，學校劃歸教育部。八·壹三事變爆發後學校遷至上海法租界繼續辦學。 國立交通大學重慶總部 日軍侵占上海租界後，交通大學總部從上海轉移到重慶九龍坡。此時期，交大開展院系建設。重慶商船專科學校並入交大組建造船等新專業，創辦電訊研究所。學校規模擴大，教學設施、條例逐步完善。 國立交通大學 1945年10月，抗戰勝利後，重慶交大總校師生分批復員上海。
1946年，國民黨挑起內戰，滬校與渝校會合，增設電信管理、電信技術兩專修科。 廣大師生投入到反對內戰的鬥爭之中。在通貨膨脹、經濟困難與白色恐怖之中，學校仍堅持改進教學，並增設電信管理、電信技術兩專修科。
1949年5月27日，中國人民解放軍解放上海，並於同年6月15日接管交通大學。交通大學部分校友遷至臺灣後“復校”，這就是後來位於新竹的“國立交通大學”。 交通大學 上海解放後，交大師生員工以極大的熱情投入到教學以及中華人民***和國的建設事業之中。學校在華東教育部領導下，明確交大是理、工、管理類大學，其任務是為新中國培養建設人才。1952年全國進行大規模院系調整，交大由10個系、1個專修科調整為機械、電機、造船3大類、7個系；開辦工農速中和工農調幹生班、開展學習蘇聯經驗的教學改革，走按專業培養專門人才的道路。
1953年恢復招收研究生。
1955年，交通大學遷往西安。
1956年7月1日，上海造船學院在交大現址成立。
1957年6月，國務院、高教部批準交大分設西安、上海兩部分。 上海交通大學 1959年7月31日，國務院批準交通大學上海部分、西安部分分別獨立為兩所學校。 1959年，經國務院批準，交通大學上海部分正式定名為上海交通大學。
1961年2月6日，中央決定上海交大劃歸國防科委直接領導，同時受教育部及上海市委領導。
1970年2月15日，學校劃歸第六機械部領導。
1982年9月17日，教育部、中國船舶工業總公司下達通知：國務院已正式批準，將中國船舶工業總公司所屬上海交通大學移交給教育部領導，實行教育部與上海市雙重領導以教育部領導為主。
1984年，鄧小平同誌親切接見了上海交通大學學校領導和師生代表。
1984年6月10日，上海交大列為國務院批準的第壹批國家重點發展的高等院校。
1996年，學校被列入211工程重點建設。
1999年7月，進入985工程；同年9月1日，學校隆重舉行慶祝上海農學院並入上海交通大學暨上海交通大學農學院成立大會。
2005年，上海第二醫科大學並入。 截至2014年1月1日，上海交通大學有1個國家實驗室（籌），8個國家重點（級）實驗室，5個國家工程研究中心，3個國家工程實驗室，2個國家級研發中心，1個國防重點學科實驗室，16個教育部重點實驗室，4個衛生部重點實驗室，1個農業部重點實驗室，30個上海市重點實驗室，5個教育部工程研究中心，6個上海市工程技術研究中心，1個國家社科基金決策咨詢點，2個文化部文化產業研究基地，8個上海市理論創新基地、智庫和經濟社會發展研究工作室，3個世界衛生組織合作中心，1個國家技術轉移中心和1個國家大學科技園。 科研機構 國家實驗室 船舶與海洋工程國家實驗室（籌） 國家重點實驗室 微米/納米加工技術國家級重點實驗室
海洋工程國家重點實驗室
機械系統與振動國家重點實驗室
金屬基復合材料國家重點實驗室
區域光纖通信網與新型光通信系統國家重點實驗室
癌基因及相關基因國家重點實驗室
醫學基因組學國家重點實驗室 國家工程實驗室 信息內容分析技術國家工程實驗室
汽車電子控制技術國家工程實驗室 教育部重點實驗室 人工結構及量子調控教育部重點實驗室
遺傳發育與精神神經疾病教育部重點實驗室
“智能計算與智能系統”教育部-微軟重點實驗室（籌）
系統控制與信息處理教育部重點實驗室（籌）
微生物代謝教育部重點實驗室
系統生物醫學教育部重點實驗室
細胞分化與雕亡教育部重點實驗室
電力傳輸與功率變換控制教育部重點實驗室
功能基因組學和人類疾病相關基因研究教育部重點實驗室
薄膜與微細技術國家教育部重點實驗室
動力機械與工程教育部重點實驗室 衛生部重點實驗室 衛生部醫學胚胎分子生物學重點實驗室
衛生部內分泌代謝病重點實驗室
衛生部內科消化重點實驗室
衛生部人類基因組研究重點實驗室 農業部重點實驗室農業部都市農業（南方）重點開放實驗室（籌） 上海市重點實驗室上海市胃腫瘤重點實驗室
上海市骨科內植物重點實驗室
上海市糖尿病重點實驗室
上海市激光制造與材料改性重點實驗室
上海市胰腺疾病重點實驗室
上海市網絡化制造與企業信息化重點實驗室
上海市數字媒體處理與傳輸重點實驗室
上海市內分泌腫瘤重點實驗室
上海市環境與兒童健康重點實驗室
上海市發育生物學重點實驗室
上海市電氣絕緣與熱老化重點實驗室
上海市數字化汽車車身工程重點實驗室
上海市口腔醫學重點實驗室
上海市信息安全綜合管理技術研究重點實驗室（聯合格爾）
上海市血管生物學重點實驗室
上海市眼底病重點實驗室
上海市組織工程研究重點實驗室
上海市中西醫結合防治骨與關節病損重點實驗室
上海市生殖醫學重點實驗室
上海市人類基因組研究重點實驗室
上海市獸醫生物技術重點實驗室
上海市胚胎與生殖工程重點實驗室 其它實驗室 物理實驗室中心、分析測試中心、工程訓練中心、工程力學實驗中心、電工及電子實驗中心、制冷及低溫工程研究所、水下工程實驗室、渦輪機實驗室、內燃機實驗室、動力裝置試驗室、熱工及熱力工程試驗室、制冷工程試驗室、核動力工程試驗室、圖像工程試驗室、大規模集成電路研究中心試驗室、工業電氣自動化試驗室 、自動控制理論試驗室、通信試驗室、信號處理和微波技術試驗室、無線電技術試驗室、微電子電路與系統試驗室、計算機科學技術實驗室、慣性技術與測試系統實驗室、檢測技術及儀器實驗室、精密儀器試驗室、電力系統及其自動化實驗室、能源工程系實驗中心、電機實驗室、高電壓技術實驗室、應用電子技術實驗室、上海交大—羅克韋爾自動化實驗室、電工及電子技術實驗中心、金屬材料實驗室、金屬材料強度實驗室。 交大創造了中國近現代發展史上的諸多“第壹”：中國最早的內燃機、最早的電機、最早的中文打字機等；新中國第壹艘萬噸輪、第壹艘核潛艇、第壹艘氣墊船、第壹艘水翼艇、自主設計的第壹代戰鬥機、第壹枚運載火箭、第壹顆人造衛星、第壹例心臟二尖瓣分離術、第壹例成功移植同種原位肝手術、第壹例成功搶救大面積燒傷病人手術，第壹個大學翻譯出版機構，數量第壹的地方文獻，國內第壹位歐洲科學院人文社科院士等，都凝聚著交大師生和校友的心血智慧。
2013年，上海交通大學獲頒國家三大科技獎二等獎3項、省部級科技進步獎45項、省部級人文社科獎11項，獲發明專利授權746項 。 重大成果 2003年，交大在世界上首次實現了“數字高清晰度電視單載波移動接收”，取得了數字電視地面廣播信號高碼率移動接收的技術突破。 2010年，王振義院士因在血液病研究方面的卓越貢獻而榮獲國家最高科學技術獎。
上海交通大學擁有“數字高清晰度電視系統關鍵技術與設備”、“巨型重載操作裝備的基礎科學問題”、“中、大規模集成電路計算機輔助解剖分析系統”、“3500米深海觀測和取樣型ROV系統”、“無纜水下機器人”、“深潛救生艇”、“潛艇噪聲振動控制設計及其應用”、“阻燃鎂合金及其應用關鍵技術研究”、“轎車車身制造質量控制”、“納微尺度流體流動與傳熱傳質的基礎研究”、“原位復合自生增強Ti基復合材料、Mg－Li基復合材料研究”、“二代高溫超導帶材制備技術研究”、“超支化聚合物的可控制備及自組裝”、“全氟離子膜關鍵技術研究”、“A-I型短指癥致病基因的研究”、“DNA大分子上的壹種新的硫修飾”、“青蒿素高效人工合成”、“組織工程學重要基礎科學問題研究”、“2型糖尿病病理生理變化的分子機理研究”、“白血病、紅細胞和血小板等血液系統相關疾病研究”、“成年哺乳動物雌性生殖幹細胞的發現及其生物學特性研究”、“急性單核細胞白血病和甲狀腺功能亢進醫學基因組學研究獲突破”等壹批重大研究成果。
主持研究的“揭示兩種天然產物靶向特異蛋白治療白血病的機制”，以及參與研究的“大亞灣中微子實驗發現新的中微子振蕩模式”***同入選2012年度“中國科學十大進展”。 學術論文 2013年，學校國家自然科學基金項目數和經費數連續四年全國第壹。SCI收錄論文數等指標連續多年名列國內高校前茅，2012年度SCI收錄論文數4147篇，繼續保持全國高校第二；2003-2012年SCI收錄論文累積被引23655篇、171550次，繼續保持全國高校第三；“表現不俗”論文1041篇，居全國高校第三；在各學科期刊影響因子前十分之壹的期刊發文達到409篇，居全國高校第四；作為第壹作者發表國際合著論文753篇，居全國高校第三；4篇論文入選“2012年中國百篇最具影響國際學術論文”，居全國高校第三；國內科技論文數7650篇，國內被引34028次，繼續保持全國高校第壹。2012年SSCI和A&HCI收錄論文231篇，位列全國高校第三。 學術期刊 上海交大主辦有30余種中外文學術期刊，其中《Nano-Micro Letters》雜誌為sci收錄期刊 ，《上海交大學報》（自然科學版）及（英文版）、《實驗室研究與探索》、《工業工程與管理》四刊於2010年被國際公認的六大權威科技期刊檢索數據庫的英國INSPEC國際檢索系統收錄。
上海交大《系統管理學報》與《上海交通大學學報（哲學社會科學版）》兩種期刊入選CSSCI（2012-2013）來源期刊。 期刊壹覽Nano-Micro Letters JOURNAL OF MANAGEMENT ANALYTICS《歐洲評論》 《中國文化產業評論》 系統管理學報上海管理科學馬克思主義美學研究交大法學國際高等教育中國金融評論中國海洋法學評論中國都市化進程報告當代外語研究 Journal of Shanghai Jiaotong University上海交通大學學報（中文版）上海交通大學學報（農業科學版）《上海交通大學學報》（哲學社會科學版）機械設計與研究 工業工程與管理 模具技術傳動技術實驗室研究與探索微米/納米科學與技術微型電腦應用科技英語學習海洋工程振動與沖擊噪聲與振動控制鑄造工程·造型材料 系統工程理論方法應用 Communications on Pure and Applied Analysis力學季刊 教育傳播與技術學校體育科研腫瘤 館藏資源 截至2013年底，上海交通大學圖書館館藏紙質文獻334萬冊，期刊5000余種，電子期刊5.47萬種，電子圖書252.23萬種，學位論文249.65萬種，電子數據庫384個，此外，多媒體資源館藏總量達14.1TB。支持通過網絡24×7的館藏目錄、電子文獻、館際互借、參考咨詢、文獻征訂、新書刊報道等服務。
上海交通大學圖書館是國際圖聯(IFLA)成員館，並與國內主要圖書館、信息中心和美、英、港澳臺等國家和地區圖書館建立了廣泛的合作關系，在交通、材料、機電、能源、信息、管理及農業等學科領域形成館藏文獻特色，同時緊跟學校學科發展政策，加大力度進行人文社科類館藏資源的建設，努力成為學校的學習資源中心和信息***享中心。上海交通大學圖書館承擔中國高等教育文獻保障系統(CALIS)華東南地區中心、上海市高等學校圖書情報工作委員會秘書處、上海教育網絡圖書館管理中心、上海中心圖書館交大分館等職責，同時，是具有國家教育部和上海市科委雙重資質的科技查新工作站，還是全國首個設在圖書館的“圖書館、情報與檔案管理”壹級學科碩士學位授予點。