1998年沈榮顯院士受國家艾滋病預防與控制中心的邀請***同進行以馬傳貧開展艾滋病和馬傳貧病毒疫苗基礎的比較性研究。經過三年多***同研究順利完成了馬傳貧強弱毒全基因序列測序；構建成功了馬傳貧驢胎皮膚弱毒疫苗的感染性分子克隆；不同代次毒株的序列測定和遺傳變異分析；進行了疫苗免疫動物機體內病毒復制及相關細胞免疫與體液免疫研究。申請國內國際專利三項。上述分子生物學研究基本上闡明了馬傳貧弱毒疫苗致弱與免疫保護機理。在此基礎上，又以馬傳貧疫苗為基礎開展新型艾滋病疫苗的研究。現受美國AIDS國際培訓和研究項目中心邀請赴美***同開發艾滋病疫苗的合作研究。
從1948年以來，沈榮顯同誌在中國獸醫傳染病的防制研究中經歷了兩個階段，即從用異種動物培育馴化弱毒疫苗發展到用細胞培養物培育馴化弱毒苗。沈榮顯等堅持病原微生物在機體內由漸進性量變發展到質變的理論，大力主張使用活苗，並先後培育出了牛瘟、羊痘、豬瘟等上述疫苗，由於這些疫苗研制及成功的應用，推動了中國預防獸醫學和免疫學研究的進步。當時及以後的獸醫上所研制成功的疫苗，基本上都是采取了這條技術路線。到了60年代，特別是從羅馬尼亞進修回國後，他將疫苗研制由原來的動物水平提高到細胞水平，主張用細胞培養物代替動物培育馴化弱毒，從而首次解決了全世界至今尚未解決的馬傳貧免疫問題，震動了獸醫界和醫學界，鼓舞了人們研制艾滋病疫苗的信心和勇氣，為慢病毒的防制研究疫苗具有裏程碑意義。
2001年在中國工程院與中國科協聯合舉行的推選“20世紀中國工程科技偉大成就”中，在全面推選的基礎上由評選委員會評選出了“20世紀中國工程科技最偉大成就”，在畜禽水產養殖技術的疾病防治方面評選出四大重要家畜疫病疫苗，其中有三項：1）牛瘟山羊化兔化弱毒和牛瘟綿羊化兔化弱毒疫苗，2）豬瘟兔化弱毒疫苗，3）馬傳貧驢白細胞弱毒疫苗，這三項工作都是在他參與主持下完成的。尤其是他主持研究成功的馬傳貧弱毒疫苗“在學術上突破了慢病毒不能免疫的理論，做出了開拓性貢獻”。使得中國成為世界上唯壹取得對馬傳貧流行的成功控制的國家，也使中國馬傳貧活毒疫苗及免疫學研究水平壹直保持國際領先地位。
2002年底，黑龍江省科學技術獎勵大會在哈爾濱召開。沈榮顯院士成為黑龍江歷史上第壹位“最高科學技術獎”獲得者，被重獎50萬元人民幣。
1998年初，海外各大媒體刊登了這樣壹則新聞：“中國專家從十分相似的馬烈性傳染病入手，使艾滋病疫苗的研究面臨突破。”沈老牽動了世界的目光。他與牛、馬、羊、豬、雞結下了不解之緣，和同伴們壹起成功研制牛瘟疫苗，消滅了中國大地上的牛瘟，1948年東北解放後，沈榮顯自願來到設在哈爾濱的東北農業部家畜防疫所（中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所的前身）工作。自此，沈榮顯與牛、馬、羊、豬、雞結下了不解之緣。
沈榮顯壹到防疫所，就參加了牛瘟疫苗的課題組。當時，東北農村牛瘟肆虐，大批耕牛接連死亡。靠著幾支註射器、手工乳缽器和簡單的顯微鏡，沈榮顯和同伴壹起向牛瘟宣戰。疫苗相繼研制成功，到1953年，這場席卷東北、華北的牛瘟終於被消滅了。同年3月，沈榮顯受農業部派遣，帶著新研制的疫苗，登上了青藏高原，向牦牛牛瘟宣戰。到1956年，蒙古牛、朝鮮牛、牦牛的牛瘟病被徹底制服了。至此，中國大地消滅了牛瘟。他和同伴們成功研制了馬傳染性貧血病疫苗，十年間***為國家挽回65億元的經濟損失，馬傳染性貧血病是壹種烈性傳染病，有極高的致死率，壹直是困擾世界養馬業最嚴重的傳染病。國外有學者曾預言，其慢病毒病無法免疫。
沈榮顯知難而上。他和同伴們壹道，靠集體的智慧和千百次實踐，率先在國際上成功研制出了馬傳染性貧血病驢白細胞弱毒疫苗。這是慢病毒疫苗研究史上的壹座豐碑。至此，慢病毒病不能免疫的理論不攻自破。
迄今為止，這壹疫苗仍然是世界上預防馬傳染性貧血病的最有效疫苗。據農業部統計，該疫苗的應用在10年間***為國家挽回65億元的經濟損失。
1983年，國際馬傳染性貧血病學術會議在哈爾濱市召開。同年，美國獸醫協會邀請沈榮顯出席了本應只有美國人參加的在紐約召開的第120屆獸醫年會。國外學者驚嘆：“中國的馬傳染性貧血病疫苗將會挽救成千上萬匹馬的生命。”
馬傳染性貧血病疫苗的研制成功，給艾滋病預防帶來希望。他說：“我最大的心願是，推動人類攻克艾滋病的科研進程……”
艾滋病病毒在1984年被發現後，科學家就開始艾滋病疫苗的研究。現在，越來越多的病毒學家認為，先尋找壹個已經成功的同類病毒疫苗———馬傳染性貧血病疫苗，深入研究其免疫保護機制等，然後再將其原理應用於指導艾滋病疫苗的研究，是壹條更全面、更科學和更穩妥的路線。
馬傳染性貧血病疫苗蘊含著關於慢病毒——艾滋病病毒免疫保護機制的重要信息，在國際上備受關註。這些重要信息已經通過疫苗株分子克隆在動物上得到驗證。馬傳染性貧血病疫苗的研制成功，使艾滋病疫苗等的研究成為可能。美國《紐約時報》曾以大篇幅報道：“中國馬傳染性貧血病疫苗的研制成功，給艾滋病預防帶來希望。”
1997年初，在沈榮顯院士的推動下，哈獸研所與美國、荷蘭等三國四方達成了壹項國際合作研究協議，這壹舉措不僅為艾滋病減毒疫苗提供了動物模型，而且為促進馬傳染性貧血病減毒疫苗推向世界創造了條件。1999年初，哈獸研所與中國預防醫學科學院艾滋病參比研究室，在馬傳染性貧血病毒分子生物學的合作研究方面取得突破性進展。