自1856英國W.H.Perkins合成第壹種人造染料苯胺紫以來，人造染料以其色澤鮮艷、穩定性強、易復配、價格低廉等獨特優勢迅速取代了天然色素。隨著我國化學合成色素及其生產技術的引進，食品行業也開始使用合成色素代替天然色素生產相應的產品。20世紀初，隨著毒理學和生物學研究的深入，發現過去允許使用的各種合成食用色素大多對人體有不同程度的危害，特別是具有致癌、致畸、致突變後果，引起高度重視，具有壹定毒性的合成色素大多被淘汰。
據有關資料顯示，我國大大提高了食用天然色素資源的開發、生產技術、工藝和裝備水平，使天然食用色素的品種、產量和質量都有了長足的進步。我國科研人員還在積極研發茶色素、美人蕉花色素、茄子皮色素、紅苷藍色素、番茄紅素、枸杞紅色素、板栗殼棕色素、牽牛花色素、花生皮色素、山楂紅色素、血紅素、雞冠花紅色素、灰毛樹莓紅色素等。
天然食用色素的功能性越來越被人們所認識。如類胡蘿蔔素類天然色素在人體內可轉化為維生素A，具有保持上皮細胞健康、維持正常視力、提高免疫力等多種生理功能。紅曲米粉作為天然著色劑，含有降低血壓的洛伐他汀。黃酮類天然色素具有軟化血管、增強血管彈性的作用，紅曲降血脂產品已進入國內外市場。超臨界萃取精制辣椒紅色素、葉綠素和天然β-胡蘿蔔素的微膠囊化正在深入。如正在研發的品種有:五味子紅色素、紫蘇色素、火棘色素、蘿蔔色素、山楂色素、葵花紅色素、黑加侖色素、茶葉色素、柿子皮色素、龍葵色素等。，而且很多都表現出了良好的勢頭。如浙江烏飯樹葉的藍色黑色素含量高達18.7%，易溶於水，耐光耐熱性能好。雲南西雙版納的花青素是壹種水溶性紅色素，可染性很強。甜櫧殼棕色素含量很高，在pH 8 ~ 11之間棕色無明顯變化，著色強烈且穩定。海南島的仙人掌果實含有大量的紫紅色素，屬於甜菜類化合物，具有很大的開發利用價值。漿果中紅色素含量最高(鮮果中花青素含量為0.525%)。商陸漿果中甜菜苷的含量比甜菜高75%，該植物塊根為中藥。
天然食用色素的研發還存在兩大問題:壹是缺乏具有商業使用價值的色素資源；二是天然食用色素本身的穩定性。這導致了天然食用色素價格昂貴，也在很大程度上限制了其在應用中的推廣。
天然食用色素最大的特點就是安全性高，市場巨大，國內從事研發的單位也越來越多。關於天然食用色素的新資源、新品種、新生產技術，每年都有幾十篇報道和專利。特別是在尋找新的色素資源方面，已經取得了壹些成果，發現了壹些好的苗頭，比如從海洋生物中提取天然色素。
在解決天然食用色素穩定性差的問題上，人們也進行了各種探索，取得了壹些進展，如將甜菜紅與茶色素結合，大大提高了其穩定性；類胡蘿蔔素是油溶性色素，耐熱性強，耐光性差。當它們與VC、VE或天然抗氧化劑結合時，它們的耐光性可以大大增強。明礬、酒石酸鈉、磷酸等。當與蒽醌天然色素壹起使用時，用作穩定劑以防止變色。葉綠素通過用銅代替鎂，然後制成鈉鹽或鉀鹽，成為非常穩定的綠色色素；微膠囊技術用於提高天然色素的穩定性，生物技術也可用於改變天然食用色素的色調，擴大其應用範圍。如梔子系列色素的研發表明，梔子黃色素是壹種亮黃色，具有水溶性。因為其成分中含有有氣味的苷元，所以與伯氨基物質反應生成色素中間體。當pH、溫度和氧氣條件改變時，它可以獲得青色、藍色和紅色色調。從而得到梔子藍、梔子綠、梔子紅等新的色素，還可以調配成其他顏色，擴大了天然食用色素的應用範圍，為天然食用色素的應用開辟了更廣闊的前景。
發展前景隨著“回歸自然”的號召和天然食用色素某些生理活性的逐漸發現，天然食用色素將越來越受到人們的重視和喜愛，尤其是功能性天然色素，因其天然來源、安全性和某些生理功能而成為天然食用色素的發展趨勢。
在開發功能性天然色素的同時，還應加強天然色素的實用化研究。生產的天然色素多為原料，不適合直接添加到食品中進行著色，天然食用色素的應用應註意以下幾個方面:
(1)需要著色的食物系統的性質；
(2)如果食品體系是兩相或多相體系(如水油兩相)，要搞清楚哪壹相需要著色；
(三)食品生產中使用的加工方法；
(四)使用的食品包裝；
(五)包裝食品的儲存條件；
(6)天然色素的性質。
這就需要復合天然色素的研究和生產。通過復配，新的復配產品在顏色、劑型、穩定性、pH值、對某種食品應用的適用性等方面都能達到新的高度，最終完全滿足某種食品的使用需求，從而使天然色素的應用更加方便和廣泛。