慢性呼衰病人呼吸道、肺部感染未控制者，由於多量分泌物阻塞氣道使病情加重，加上病人咳嗽無力，從鼻或口腔吸痰不能達到徹底清除分泌物目的，這時要使用纖支鏡直視下把氣道分泌物抽吸幹凈。
各種原因引起呼吸衰竭的病人，氣管插管人工通氣後，由於濕化不夠，氣道幹燥，氣道分泌物粘稠，引流不暢阻塞氣道，使氣道阻力加大，人工通氣效果不好，這時要定期用纖支鏡吸痰，加強氣道濕化管理等。
肺部手術後病人由於滲血、出血與氣道內分泌物集聚阻塞患側或健側氣道，可造成肺不張，如不及時清除氣道分泌物，可使病情加重，直接威脅病者生命，這時要立即用纖支鏡清除氣道分泌物，進行抗感染治療並加強氣道管理。 BAL治療呼吸衰竭 在國內已有多家醫院用BAL對呼吸衰竭進行治療，在常規方法治療不能奏效時采用此法治療，病情可得到改善。灌洗用的液體通常用滅菌消毒的生理鹽水加入對氣道無刺激的抗生素或皮質激素，每次30～50ml，註入後再以13．3～26．6kPa壓力抽吸，重復數次，左右側交替灌洗、抽吸，然後註入抗生素。多數醫院通過此BAL治療後患者PaCO2下降，神誌清醒。
BAL治療肺部感染性疾患 嚴重肺部感染如支氣管擴張癥、肺化膿癥、肺炎等由於支氣管粘膜充血、腫脹及膿性分泌物增加，引流支氣管被阻塞，全身用藥局部難以達到有效藥物濃度，感染往往難以控制，用BAL治療使傳統方法難以治療的患者經治療後大多數病例獲得滿意效果，嚴重感染者慎用。在抗生素方面，根據細菌培養的藥敏檢查報告，選用青黴素、先鋒V、西力欣、復達欣及妥布黴素等，此外加入適量地塞米松。BAL治療頻度，每周予以2～3次為宜。
BAL治療肺結核 國內有學者對痰中找到結核菌確診的各型活動肺結核，對其中初治病例和復治病例進行全身抗癆治療局部BAL治療（每周1次，***4次），1個月後，X線顯著吸收為60%以上，比口服化療藥治療3個月、6個月的療效要好，而痰菌陰轉率達到了口服化療藥治療的效果，其中復治病例的病竈吸收顯效率明顯高於文獻中口服半年化療藥物的復治病例組。
BAL治療支氣管哮喘 有人對哮喘持續狀態1個月以上者，以大量肝素行BAL治療，有效率達90%以上，有人用生理鹽水進行BAL治療，取得壹定效果。但不少學者認為哮喘持續狀態患者由於粘液栓和大範圍通氣不足易引起嚴重的低氧血癥，此種粘液栓可通過鹽水經支氣管吸出。有人認為此法有壹定危險性，對治療的病人要有條件地進行選擇，通常在監護病房內，由訓練有素的醫生進行操作。
BAL治療肺不張 肺不張多發生在右中葉及左舌葉，也有發生在其它肺葉。對於右中葉炎性引起肺不張，時間在2個月以內者用BAL方法治療多可奏效（包括兒童）。時間超過2個月以上者僅部分有效。抽吸之後向局部註入抗生素（如丁胺卡那黴素0.2g或西力欣0．75g。右中葉因炎性肺不張者，時間在2個月之內者，每周進行BAL治療2～3次，6～8次多可治愈。
BAL治療塵肺 通過BAL中的全肺灌洗（WLL）來對塵肺急性期進行治療，國內已有數家醫院在進行此項治療研究，有很好的成功經驗。
BAL治療肺泡蛋白沈著癥早在1963年Ramirez首次給肺泡蛋白沈著癥患者用大量液體進行WLL，這是在全麻下進行，灌入液體量大，至今為止尚未制定出統壹標準。經WLL治療後能改善患者癥狀。
BAL治療吸入放射性微粒及其它疾病 應用BAL中的WLL進行清除肺內放射性物質，在進行狗和狒的研究中，確定了WLL的清除效果。 治療鼻咽癌
對鼻咽癌（NPC）放射治療後復發的病人，采用經纖支鏡直視下，對鼻咽頂部復發病竈用纖支鏡註射針向NPC病竈內註入5－Fu，每周註射2～3次，***註射6次，2個月後鼻咽頂部的癌性病竈完全消失。如果新病人，用此法加上放射治療，效果較好。
治療中央型肺癌
對於不能手術的病者，經纖支鏡直視下，向腫瘤組織中註射5－Fu，每周2～3次並加用放射治療，可使腫瘤縮小，使氣道阻塞改善，可改善通氣功能。
治療肺泡細胞癌
對於肺泡細胞癌患者，特別是雙肺罹患此癥者，除施用全身化療外，局部使用大劑量5－Fu或DDP（順鉑）灌註治療，尤其當患者全身情況差，不能耐受全身化療者可用此方法治療。常規纖支鏡檢查，如氣道內有多量分泌物時，可抽吸，必要時用類似BAL方法灌洗抽吸後，向壹側肺各葉支氣管註入抗癌藥物，每周2～3次（兩肺輪流註藥），每次註入藥物劑量約為全身化療每次用量的1～2倍，註藥後應用止嘔劑及鎮靜劑。 常用於神誌不清患者，全身及較大面積燒傷病人，許多內、外科危重病人，不能進食而需胃腸道補給營養者，常規方法置放胃管失敗者而采用此法可奏效。筆者創此法從1986年以來***對50余例病人應用，全部獲成功。