(1)香菇大規模栽培安排在生產日程中，菌種量大，需要的菌種要在生產桶(袋)前培養，菌齡60 ~ 90天。菌齡過短或過長，接種後定植存活率較慢，不利於提高菌管(袋)產量。特別是越夏菌株存活率低，容易感染雜菌，要淘汰。菌種生產的具體日期要根據氣瓶的生產進度來確定。(2)菌種用量菌種用量主要由栽培規模和接種密度決定，按每袋4-6孔計，每公斤可接種70-80袋菌種。菇農應根據栽培計劃提前向信譽好的菌種廠訂購菌種，並提出主要品種名稱、菌種數量和質量要求。暫時不宜到處買，否則容易失敗。
菌種的生產必須遵守國家有關法律法規。有條件的單位或個人可參照以下方法進行蘑菇菌種生產。從事食用菌品種選育和菌種生產、經營、使用、管理的，應當符合《食用菌管理辦法》和《食用菌生產技術規程》(NY/T 528)的要求。香菇菌種生產的工藝流程和技術要點請參考相關資料，本書不做詳細介紹。
香菇菌種生產和使用中應註意的幾個問題:(1)組織分離獲得純菌絲體培養物①選擇種菇。作為組織分離或孢子分離的種菇，需從抗逆性強的高產群體中選擇出菇早、菇形圓、柄短、肉厚、大小適中、無病蟲害、5-6分鐘內成熟(菇內膜部分破裂)的種菇作為種菇。由於第壹、二批蘑菇更能體現早熟，此時菇棒營養豐富，生產出的蘑菇健壯，利用其進行孢子分離或組織分離，很容易獲得具有該品種(菌株)特征的純菌絲體培養物(菌株)。因此，建議從第壹批和第二批蘑菇中選擇種子蘑菇。這壹原理適用於多種食用菌，如香菇、蘑菇、草菇、平菇、白靈菇、杏鮑菇、平菇、金針菇等。②組織分離。按上述標準挑選種菇，采收後裝入無菌紙袋(塑料袋不允許)。在無菌條件下，首先用酒精棉球對蘑菇表面進行消毒，然後握住菌柄將蘑菇撕成兩半。取手術刀進行火焰滅菌冷卻後，在菇蓋與菇柄交界處挑取壹小塊菇肉(米粒大小)，移植到PDA的斜坡上(事先準備好，滅菌備用)，即可轉入培養觀察階段。③文化觀察。在25℃條件下，3 ~ 5天後，可見白色蓬松的菌絲在組織分離物表面生長，並在培養基上呈星形生長。培養期間，每隔1 ~ 2天要檢查1次，隨時排除黴菌或細菌汙染的培養物。經過10 ~ 15天的培養，經過1次試管培養，可獲得香菇母種。進行了栽培試驗，確認其能正常出菇後，方可用於菌種生產和栽培。筆者發現，很多菌種生產者和個體菇農自己分離香菇菌種，根本不進行栽培試驗，直接用香菇的組織分離物進行栽培。生產實踐表明，這是非常危險的，損失往往是意想不到的。(2)菌種生產和利用食用菌生產菌種之間有嚴格的技術路線，只能循序漸進。香菇菌種生產中，通過子實體組織分離、孢子分離或菇木底物菌絲體分離獲得的純菌絲體培養物及其轉移菌株通常稱為母種，也稱為壹級菌種。由母種移植擴大而成的菌絲體純培養物，稱為原種(有時稱為母種)，也稱為二級種。原種主要用於生產栽培種，也可直接用作栽培種。由原始種子移植和擴大的菌絲體純培養物稱為栽培種子，或生產種子，也稱為三級種子。栽培種直接用於栽培。
菌種質量的檢驗:蘑菇菌種質量的檢驗可參照國家標準GB 19170-2003。按以下步驟檢查原種和栽培種菌種的質量:(1)查看制種記錄，看是否名副其實，以免驕躁。(2)計算菌株的產量。只有汙染率低的菌株才能作為繁殖和播種的菌株。制作菌種時經常出現汙染雜菌的現象。培養期間，原種雜質汙染率≤5%，或栽培種雜質汙染率≤10%屬正常，可按計劃使用去雜質菌株。如果原種的汙染率> 10%，栽培種的汙染率> 20%，說明汙染率過高。雖然仔細檢查後在剩余的菌株中沒有發現雜菌，但很難確定它們確實是不含雜菌的純培養物(菌株)。生產實踐表明，當原種汙染率過高時，剩余的無雜菌菌株應改種使用，可直接作為栽培種用於生產。
如果原種汙染率超過15%，栽培種汙染率超過25%，則不適合作為菌種生產，可直接用於栽培蘑菇或耳；或者全部丟棄，滅菌後取出培養料進行食用菌替代栽培。(3)考察菌株的培養時間。在適當的培養條件下，該菌株可在培養約25天後被完全食用。如果培養時間過長，超過45天飼料還沒有完全吃完，說明菌種已經老化，不適合生產。(4)再生試驗為了避免購買或使用衰弱、退化或老化的菌種，在購買或使用前應進行再生試驗，以檢查菌種是否健壯。具體方法如下:在菌種中間取壹片黃豆或蠶豆大小的菌種，移植到培養皿中，先在培養皿中鋪壹張濾紙或幾層衛生紙，加少許涼開水濕潤紙張，室溫(25℃)培養3 ~ 5天。如果菌種塊發芽正常，菌絲生長旺盛整齊，說明該菌種健壯，質量好。如果培養5 ~ 7天仍無變化，說明該菌株生長弱，再生能力差，不宜利用。
在培養或儲運過程中，不得使用容器破損或被老鼠和害蟲光顧過的菌種。(5)檢查菌株的成熟度。在生產中，可以通過培養成熟菌種來提高接種成活率。判斷菌種是否成熟或老化，壹般可以從三個方面觀察分析:
①觀察菌種是否呈塊狀。無論是鋸末還是木頭，菌絲壹部分進入培養基，壹部分伸到空氣中，稱為氣生菌絲。健康菌株的氣生菌絲很旺盛，拉伸到壹定程度時，相互連接，把培養基包裹成塊，變成相當堅韌的塊，這是好菌株的標誌。
②觀察菌種表面是否正常。香菇培養時間過長後，表皮逐漸變厚變褐，類似於菇蓋表面的顏色。當這種顏色出現在菌種表面時，說明菌種已經老化。老化菌株再生能力弱，容易感染雜菌。如果發現雜菌汙染，會及時消除。木塊菌的老化現象是由於菌絲體對木材的過度腐敗，軟木組織被軟化，從而容易被壓碎。與未成熟菌株壹樣，這類老化菌株接種後菌絲不易伸入木材內，定殖成活率低，不適合利用。
③觀察培養基變色是否均勻。香菇是壹種白腐木腐真菌，菌絲體利用後木材腐爛成淡黃色白色。培養基變色是否均勻可用於判斷菌株是否成熟。檢查木屑菌種時，可以隨機取出幾個瓶子，從每個瓶子的中間取出壹片，觀察木屑變色是否均勻，變色程度，菌絲是否只蔓延到外層，是否有局部無菌斑，然後通過樣品判斷整批菌種的成熟度。如果不成熟，就要繼續培養。通過以上鑒定，合格的菌株標記使用。如果近期不接種，壹定要將菌種轉移到冷庫或存放在其他幹凈、陰涼(15℃以下)、幹燥、通風良好的地方，避免與農藥、化肥等堆放，以免影響菌絲活力。
菌種制作和使用過程中應註意的其他問題:(1)食用菌菌種不宜多次轉移。食用菌菌株是純菌絲體培養物。生產中，母種不能直接用於播種，必須將母種擴大培養成原種、栽培種或液體菌種，才能在生產中廣泛應用。從科研機構購買的母種大多經過2 ~ 3次轉種，在基層菌種廠轉管1次比較安全。如果菌種廠換管太多，往往會出現菌絲生長緩慢的現象，或者出菇延遲或少，或者出菇小質量差，甚至出現收菇不出的現象。以上都稱為應變退化現象。因此，不宜多次換管。
壹個公認的事實是，重復的試管轉移會導致應變退化。如果追究原因，目前還沒有定論。但壹致的觀點是高溫突變和病毒寄生導致毒株退化。當然，反復轉管並不是菌株降解的唯壹原因，生產中雙核菌絲的去核或孢子萌發的雙核菌絲與單核菌絲雜交，產生所謂的布勒現象，也是菌株降解的原因之壹。(2)優良菌種的標準各種食用菌菌種都有專門的、相同的質量標準。這些相同的質量標準主要是純粹和強大。
①壹是菌株遺傳種質優良。生產實踐證明，利用它可以達到優質高效的培養目標。這類菌株就是遺傳種質優良的香菇菌株，也就是所謂的主栽品種。
②第二種是純菌株。除銀耳種外，其他栽培的食用菌均為菌絲體純培養物，不允許使用雜菌或純培養物以外的其他菌種。例如，蘑菇菌株856只能是菌株856的菌絲體的純培養物。壹是不得混合毛黴、根黴、曲黴、木黴等任何黴菌、細菌或病毒；二是平菇、金針菇等其他食用菌的菌絲體不宜混用；第三，不允許混合香菇菌種856以外的任何壹種香菇菌種，如武香1、135-1、939等。
③三是強毒株。菌株外觀正常，生長旺盛，接種(移植)後再生能力強，稱為強壯。菌株強壯，接種後能盡快正常生長繁殖。如果菌種不強，接種後不能發芽，即使長時間培養沒有被汙染，也必然影響正常出菇。