憑借創新的架構和可靠的產品質量，中科藍鯨的旗艦產品——bw stor集群存儲系列已廣泛應用於媒體數據編播、科學計算、制造仿真、勘探數據計算分析、遙感信息處理等領域。，充分滿足了用戶對文件並發讀取性能、系統靈活擴展和可靠性的要求，得到了國防、航空航天、政府科研機構、廣電、通信運營商、高校等行業用戶的壹致認可。藍鯨存儲也引起了國際市場的關註。2005年，最權威的IT研究咨詢機構——Gartner以BWStor在地球物理數據處理方面的應用為研究對象，在國內首次對國產存儲產品的應用進行了調研，並對BWStor給予了很高的評價。
—中科藍鯨的IP磁盤陣列產品SkySAN系列，為中、小、中型用戶和大規模用戶提供高性能、高可用的IP SAN數據存儲。適用於Web、Email、數據庫存儲、視頻監控、VOD、多用戶文件共享服務、網絡硬盤、多媒體編輯制作等應用系統，可實現海量數據集中管理、D2D數據備份、Windows/Linux操作系統數據保護等功能。它已被應用於奧運場館建設、城市道路安全監控等領域。
2007年，中科藍鯨先後聯合國內外著名服務器、存儲系統研究單位和廠商，在新壹代網絡存儲技術的研究、產品開發和營銷方面形成戰略合作。作為中科藍鯨的核心R&D支撐機構——中科院計算存儲中心，已經成為支撐國家海量存儲技術戰略發展方向的主要研究機構。中科藍鯨將以此為契機，不斷超越自我，為用戶價值的更大提升和民族存儲產業的振興做出更大的貢獻。
到2011，在數字媒體應用方面，藍鯨存儲產品已在全國100多家電視臺推廣應用，並成功服務冬奧會、世博會、亞運會。還出口到美國、加拿大、巴西、德國、俄羅斯、西班牙等國家，好萊塢很多大片也采用了藍鯨存儲產品。隨著近年來IPTV、視頻分享網站、視頻搜索網站等新興媒體的快速崛起，中科藍鯨的存儲產品也在新媒體領域得到了廣泛應用。在視頻監控行業，中科藍鯨網絡存儲產品已成功應用於新疆烏魯木齊、湖北武漢等大型平安城市的中心機房存儲網絡建設，其中武漢平安城市壹期使用的SkySAN產品容量已達4.5PB；此外，全國20個省市都有視頻監控的成功案例，包括中小城市、大型企業、高校的道路監控。