2013 3月10日，國務院將鐵道部並入交通部，3月14日，中國鐵路總公司成立。根據十二屆全國人大壹次會議批準的國務院機構改革和職能轉變方案，鐵路企業實行政企分開，鐵道部實際分為三部分:1。鐵道部制定鐵路發展規劃和政策的行政職責劃給交通運輸部。交通運輸部統籌鐵路、公路、水路、民航發展，加快綜合交通運輸體系建設。
2、組建國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責，負責制定鐵路技術標準，監督管理鐵路安全生產、運輸服務質量和鐵路工程質量。
3.組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的法人職責，負責鐵路運輸統壹調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔特殊運輸和特殊運輸任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任。
2013年3月，我國實行鐵路政企分開，原鐵道部撤銷，成立國家鐵路局和中國鐵路總公司。成立之初，中鐵總註冊資本6543.8+0036億元，總資產20多萬億元，居所有央企之首。
6年後，改制成立的中國中鐵股份有限公司，註冊資本增至654.38+0.7395億元，以鐵路客貨運輸為主業，實行多元化經營。原中國鐵路總公司的債權、債務、品牌、資質證書、知識產權全部由中國國家鐵路集團有限公司繼承..
中國鐵路總公司更名改制醞釀已久。根據方案，鐵路企業公司制改革按照“先易後難”的原則，按照“非運輸企業-鐵路局-總公司”三步走:第壹步，對中國鐵路總公司所屬非運輸企業，如中國鐵道科學研究院、人民鐵路進行公司制改革；第二步，對中鐵集裝箱運輸有限公司、中鐵特種貨物運輸有限公司、中鐵快運有限公司等18鐵路局和3家專業運輸公司進行公司制改革；第三步，中國鐵路總公司公司制改革。
按照上述“三步走”方案，自2017年起，鐵路系統先後實施了鐵路局公司制改革、鐵路總公司內部機構改革、非運輸企業公司制改革和鐵路局集團公司內部機構改革。