然而，疫苗瓶中的這種“真空”狀態對於維持疫苗的活性有明顯的不利之處。原因是疫苗瓶內外始終存在壹個大氣壓左右的壓力差，會導致膠塞與瓶頸的連接處出現很小的縫隙，極端情況下還可能導致疫苗瓶本身的膠塞出現很小的裂縫。壹旦出現這種情況，外界空氣會被迅速吸入疫苗瓶內，凍幹疫苗餅會像海綿壹樣接納空氣中容易損傷疫苗的有害成分，對疫苗效價產生負面影響。比如空氣中的氧分子會通過氧化“殺死”疫苗病毒；空氣中的水分子會增加疫苗餅中水解蛋白酶的活性，降解疫苗中的保護劑或直接“殺死”疫苗病毒；空氣中的黴菌孢子進入疫苗瓶，汙染疫苗。
為了避免上述情況，法國CEVA SANTE ANIMALE公司在生產活禽疫苗的過程中，在凍幹過程的後期，向疫苗瓶中充入了壹定量的氮氣，即其市售凍幹家禽疫苗的瓶子並未處於“真空”狀態。疫苗瓶中充入的氮氣為無菌幹燥的惰性氣體，有利於保持疫苗餅的幹燥(正常疫苗餅的水分殘留不應超過4%)；並且疫苗保護劑和病毒本身不會被氧化，有利於保持病毒的有效滴度；氮氣不會破壞疫苗瓶中的“無菌”狀態。