20065438年10月1日前，中國證券登記結算由上海證券交易所設立的上海證券集中登記結算公司、深圳證券交易所設立的深圳證券登記結算公司及其各自的地方證券登記結算公司完成。上海證券登記結算公司和深圳證券登記結算公司建立了全國證券賬戶登記存管系統，為投資者提供相關的證券登記存管服務。本公司實行中央結算系統下的會員法人結算制度，證券交易所各會員單位以法人名義在本公司開立結算賬戶，統壹辦理各下屬機構在上海、深圳證券交易所進行的證券交易的清算結算業務。登記結算公司根據業務需要，壹般設立登記部、存管部、份額結算部、資金結算部、國際結算部等主要業務部門。上海證券登記結算公司和深圳證券登記結算公司也建立了較為完善的風險管理體系，設立了結算風險保證金(包括結算交割準備金和結算風險基金)，以公司現有資產為證券交易的集中清算和結算提供連續性和安全性保障。
2001年3月30日，中國證券登記結算有限責任公司成立，原上海證券交易所、深圳證券交易所所屬證券登記結算公司改組為中國證券登記結算有限責任公司上海分公司、深圳分公司，標誌著我國建立集中統壹的證券登記結算系統的組織框架基本形成。建立集中統壹的證券登記結算系統意義重大；
壹是方便投資者開立證券賬戶，減少資金占用，從根本上改變分散登記結算體系中存在的市場分割狀態，消除證券公司重復開戶、結算資金重置等問題，從而降低資金占用和交易成本。
二是新系統整合了兩個交易所原有的登記結算業務，有利於制定統壹的登記結算業務規則和流程，建立中央登記結算系統有利於提高市場結算效率。
第三，新制度有助於從制度上防範和控制市場風險。
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