1，建立的目的不同。農民專業合作社以服務成員為宗旨，謀求全體成員的共同利益，不以營利為目的；而企業則追求企業利益最大化。
2.不同的主題。農民是農民專業合作社的主體成員；但是，公司、合夥企業和個人獨資企業並沒有對投資者的身份做出特別規定。
3.客戶是不同的。農民專業合作社主要為其成員服務，提供產前、產中、產後的技術、信息、生產資料購買和銷售、農產品加工、運輸、儲存等服務。而企業壹般沒有所謂的內部服務，服務對象主要是面對市場大眾。
農業發展有限公司是壹家從事農業發展相關業務的有限責任公司。如果投資者是個人，則屬於私人有限公司，如果是法人入股，則屬於其他有限公司。農民專業合作社不同於企業法人和社會組織法人，而是壹種全新的經濟組織形式，是壹種互助性經濟組織。
1.《中華人民共和國農民專業合作社法》第壹章總則第二條對農民專業合作社做了簡要定義:農民專業合作社是指農產品生產者、經營者或者農業生產經營服務的提供者、使用者在農戶承包經營的基礎上，自願聯合，民主管理的互助性經濟組織。
2、根據以上對農業合作社概念的定義，我們可以看出它包括兩個方面:
(1)壹方面，對合作社的概念進行了界定，即“農民專業合作社是由同類農產品的生產經營者或者同類農業生產經營服務的提供者和使用者，在農戶承包經營的基礎上，自願聯合，民主管理的互助性經濟組織”；
(2)另壹方面，從服務對象上界定了合作社的定義，即“農民專業合作社以其成員為主要服務對象，提供購買農業生產資料、銷售、加工、運輸、儲存農產品以及與農業生產經營有關的技術和信息等服務”。
3、農業合作社的作用:
(1)橋梁:農民專業合作社可以收集整理成員的各種信息和訴求，然後理性地傳達給政府，將政府的農業政策傳達給成員。借助農民專業合作社，政府可以以較少的投入獲得決策所需的更全面、更真實的信息，也可以借助專業合作社促進政府政策的順利實施。同時，農民專業合作社在幫助政府決策方面也可以發揮獨特的作用。
(2)重要組織形式:農民專業合作社在農業產業化中發揮著重要作用。
①把千千萬萬的小規模農戶組織成壹個群體，讓農民真正成為瞬息萬變的市場主體，提高農業標準化、規模化、市場化程度，實現農業增效、農民增收。隨著市場經濟體制的逐步完善和經濟社會的快速發展，市場競爭日益激烈，小規模家庭經營的弱點逐漸顯現。
(2)為農民專業化生產提供產前、產中、產後服務，有利於推廣應用先進的農業科學技術，提高農民抵禦市場風險、經營風險和自然風險的能力。
(3)有效渠道:農民是我國最大的社會群體，但分布分散，組織化程度不高，難以充分表達意願，有效維護利益。農民專業合作社作為代表和維護成員權益的組織，能夠及時向政府和有關部門反映行業的要求、建議和意見，積極爭取相關政策。專業合作社通過集中“過濾”原有分散的農業生產經營者的個體意願，在壹定的法律框架內形成並維護行業整體利益。
(4)組織保障:入世後，越來越直接的國際競爭需要將分散的從事小生產的農戶組織起來，共同努力提高農產品的國際競爭力。農民專業合作社代表農業經營者參與國際貿易，可以更好地打開國際市場，增加農民收入。
(5)重要載體:為適應社會主義市場經濟發展的要求，需要社會中介組織在政府和農民之間承擔政府的相關職能。農民專業合作社是在農民自願的基礎上建立的。專業合作社的管理主要以經濟和法律手段為主，實行“自願入會、自由退出”的原則，實行自願組合、民主管理，使社員真正當家作主。
(6)拉動經濟發展:發展農民專業合作社是提高農業生產專業化水平的重要環節，是農村經營體制創新的有效形式，是建設新農村、發展農村經濟、增加農民收入的有效手段。合作社的成立不僅提高了農民抵禦市場風險的能力，而且成為增加農民收入、促進地方經濟發展的新支點。將進壹步發揮品牌和專業聚集效應，促進產業專業化、規模化、科學化，有效促進縣域經濟發展。