根據三部委聯合發布的《指導意見》要求，引導基金的資金來源主要有:支持創業投資企業發展的財政專項資金、引導基金的投資收益和擔保收益、銀行存放閑置資金的利息收入或購買國債的利息收入、個人、企業和社會無償捐贈的資金。
我國政府引導基金的資金來源主要有兩種:壹是地方政府通過財政出資獨立完成，二是政府和政策性銀行共同出資。絕大多數成立的引導基金都是政府出資，只有少數早期的政府引導基金是政策性銀行出資。如蘇州工業園區創業投資引導基金、天津濱海新區創業投資引導基金、吉林省創業投資引導基金、山西省創業投資引導基金由地方政府和中國進出口銀行出資，重慶市科技創業投資引導基金。
2、引導基金的法律結構。
在引導基金設立的法律架構上，《指導意見》指出，引導基金應當以獨立法人形式設立，由相關部門委派或派出的人員組成的董事會行使決策管理職責，對外行使引導基金的權益並承擔相應的義務和責任。
除了獨立的法人機構，壹些地方引導基金是按法人制度設立的。在不同的法律結構下，引導基金的運行模式、監管模式和考核激勵制度是不同的。
獨立企業法人制度引導基金由於其機構性質，更強調“社會服務”和“惠民”的特點。其資金管理大部分委托給第三方管理機構，少數成立資金管理團隊。對管理團隊的考核類似於同級國企，相對缺乏有效的利益驅動。
公司引導基金多采用公司制。由於國有資產的保值增值義務，壹般會按照同股同權的原則獲得基金收益。管理團隊的激勵機制相對市場化。有些地方已經實行了股權激勵方式，並轉化為專業化的市場化fof。