(與黨委辦公室、紀檢監察辦公室、工會辦公室合署辦公)
負責組織協調研究所的日常工作，處理領導和辦公室的日常行政事務；負責起草領導講話等重要書面材料；負責公文審核、文件和檔案管理；負責督促重要事項；負責協調和統籌交易所的重要招待會、綜合性會議和大型活動；負責與上級部門、地方政府及相關方的協調和聯絡；開展國際交流與合作；負責黨委辦公室、紀檢辦公室、工會辦公室的日常工作；負責理事會的日常事務；承擔保密委員會辦公室的職責。
交易部門
負責期貨和期權交易系統的研究和設計、交易風險控制和系統設計；負責交易大廳管理、交易參數、交易代碼等日常交易操作管理；負責會員、市場代表和席位的管理，為會員和投資者提供交易服務。
運輸部
負責交割過程的業務管理，主要包括質量檢驗管理、倉單管理、倉庫抵押和保證金管理、套期保值等業務管理；組織實施實物交割，防範和化解交割風險；負責發貨倉庫的檢查、監督和管理；負責現貨市場交割業務制度、規則及相關問題的研究；負責指導三大市場開發和服務總部做好發貨倉庫管理工作。
結算部門
負責日常交易清算結算服務，主要包括處理日常交易、交割結算業務、資金匯劃業務、質押業務和保證金管理；負責結算賬戶的編制，交易結算的統計和報告；負責監管結算銀行的期貨業務；負責期貨結算系統的研究，控制結算風險。
技術部
負責交易所信息系統(包括基礎設施、服務器、網絡、數據庫、信息安全等)的建設(軟件開發除外)、運行、維護和管理。);負責交易所和會員單位的技術支持服務；負責交易所新項目的基礎設施、服務器、網絡、數據庫、信息安全等系統的設計、實施和集成。
信息部
負責交換數據和信息的分析、利用、統計和報送；負責期貨市場、現貨市場及相關行業的信息收集、組織、整理和分析；負責網站管理；負責交易所對外宣傳的策劃、組織和實施，與媒體的溝通和協調。
規劃和研究部
負責交易所發展戰略研究和相關政策研究；負責新品種的規劃和研究；負責國內外市場的比較研究；負責博士後工作站的日常管理；承擔市場開發與創新委員會的辦公室職責。
市場開發部
研究制定交易所市場發展戰略規劃；負責三大開發服務總部所轄區域外的市場開發，組織市場調研，收集和分析市場反饋；負責全院營銷資料的編寫、制作和管理；負責全院市場培訓和市場服務的組織協調工作；負責指導和協調三大市場開發與服務總部的市場開發工作。
法律事務部
負責組織制定和完善交易所章程、規則和實施細則；審理違反和違反合同的行為；負責司法協助，代表交易所出具證明和進行法律訴訟；負責調解市場糾紛；審查交易所發布的規則和法律文件；監督和協調交易所各部門執行有關法律、法規、規章和政策；對會員和客戶進行期貨相關法律知識培訓。
監察部
負責監控市場風險，防止市場操縱；監督檢查會員和客戶遵守交易所業務規則的情況；負責調查各類市場違規和違約行為；受理來信來訪和投訴；配合證監會系統及其他有關部門開展市場監管事務；對市場參與者進行風險教育和培訓；承擔市場風險防範委員會辦公室的職責。
財會部
負責交易所各項財務活動的管理，對直屬單位的財務管理進行指導和監督；負責建立、完善和落實交易所各項財務管理規章制度，組織實施交易所預算管理，編制年度預算和決算；負責資金籌集和使用、會計核算和財務分析；參與資產購買、資產管理、薪酬福利制度等。承擔金融工作委員會的辦公室工作。
人力資源部
負責交易所人力資源的規劃、開發和管理。負責內部機構設置、職能和人員使用規劃；辦理員工招聘、調配和崗位任命手續；負責績效考核、薪酬體系設計、員工培訓、人才引進和在職再教育；負責與共青團的聯系。
審計室
負責定期對交易所的財務工作進行監督、分析和評估，提出意見和建議。監督交易所的財務收支、資產管理、重大投資事項、內部控制制度的制定和執行、財務預算的編制和執行、經濟管理和效益；負責交易所派出機構、內部部門、下屬單位負責人及財務狀況的內部審計。
行政部門
負責交易所的行政服務和後勤支持。協助辦公室組織安排交易所的綜合性會議和大型活動；負責設備和物品的采購，合同和協議的簽訂和管理；負責固定資產和低值易耗品的管理和發放；負責設備的維修和保養；負責員工公寓管理、員工醫療保健服務等。