故事從反派斯萊特被忍者神龜徹底打敗後開始:紐約恢復了往日的寧靜，斯普林特先生(澳門)為了增強這支地下護衛隊的戰鬥力，將四只神龜中最熟練的達芬奇送到南非學習忍術。沒有壞人作惡，烏龜似乎沒什麽用處。達芬奇走後，三兄弟過著枯燥的生活:米開朗基羅靠扮成烏龜的小醜在生日聚會上制造氣氛賺取生活費；發明家愛因斯坦躲在地下世界當技術員；當海龜們不再施展神力的時候，壹個蝙蝠俠式的義務警員出現在紐約，維護公共秩序。其實他是四只烏龜中正義感最強的拉斐爾。
斯普林特公司把達芬奇送去深造。初衷是想用壹個強有力的領導者來集合海龜們的力量。於是，忙於雜務的海龜們變得越來越陌生，驕傲的拉斐爾也不相信達芬奇能擔此重任。最後，當拉斐爾堅持獨自執行任務時，爆發了爭吵，拼了命的好兄弟反目成仇。
壞人總是利用這段時間。百萬富翁馬克斯(帕特裏克？Stewart)在健康的外表下有著可怕的野心:他專心收集世界各地的神秘文物，實際上是想利用這些祭祀器皿，在行星位置產生幻象時，召喚來自遠古時代的邪惡力量，並指示壹支由怪物和機器人組成的恐怖軍隊攻占世界；斯萊特的余孽鬼腳忍者在神秘的卡拉(章子怡飾)帶領下加入了邪惡陣營。
目前，紐約面臨著前所未有的威脅。破碎的忍者神龜如何重整旗鼓，齊心協力擊退兩個更強大的對手？
幕後:
無名導演再現壹代人的集體記憶。
上世紀90年代初，必勝客在中國普及之前，四只直立行走、擅長舞棍的烏龜把披薩的概念深深地灌輸到了孩子們的腦海裏。動漫《忍者神龜》已經和米老鼠、變形金剛壹起成為壹代人童年記憶的符號標記，這也是為什麽它將被拍成電影的消息在全球掀起了壹股綠龜風潮。
其實在盛產超級英雄的美國，忍者神龜的造型真的有些前所未有的邪教味道:主角不高也不帥，身旁沒有神器也沒有神力。這只是壹個真正的拳頭和拳頭努力拯救世界。作者皮特？拉爾德和凱文？伊士曼1984發表了這部緊跟超級英雄潮流的漫畫，沒想到更受歡迎。當時只印了3000本。沒想到推出後立即售罄，隨後被改編成動畫風靡全球十余年，玩具等周邊產品也暫時暢銷。
聰明的好萊塢人怎麽會浪費這種有實力挖錢的素材？所以1990年，新線出品了第壹部忍者神龜電影，票房1.35億。嘗到大甜頭的新線，後來又出了兩部續集。雖然它被批評為粗制濫造，但這個系列迄今為止已經賺了近3億美元。
華納兄弟在十年後看中了這塊曾經風靡壹時的“肥肉”，但這壹次他們並不想像過去那樣披上橡膠外衣作為特技妝容，而是使用更廣泛使用和流行的三維CG技術來拍攝和制作所有的作品。但在制片人蓋倫·沃克告訴作者皮特之後，起初華納兄弟不確定他們是否能從原作者那裏獲得改編權？彼得突然說:“烏龜！”當Lald提交了他的創意提案，等待對方的回應。這時，壹只小烏龜在他們面前慢慢爬行。也許正是這只不知名的烏龜給蓋倫·沃克帶來了好運:他坐在返程的飛機上，打開了皮特送給他的簽名漫畫。扉頁上赫然寫著:“我們壹起把它拍成電影吧，夥計！”
拍攝計劃逐漸確定，除了凱文，他是《忍者神龜》前三部電影的制片人、編劇和作者之壹。伊士曼也吸引了其子公司，華納也在尋找合適的導演。很快他們給了凱文夢寐以求的職位。門羅。這個名字對於大部分不熟悉美國動漫產業趨勢的人來說，是相當陌生的。事實上，在過去的十年裏，他曾供職於迪士尼、華納兄弟、動畫頻道等大公司，為許多電視節目、電影和廣告擔任導演、場景設計師甚至編劇，但讓他成名的是動畫行業，美國權威媒體《動畫》雜誌將他評為“CG行業的新星”。夢露高調表達了對《忍者神龜》的喜愛和理解，拍出了壹片花，順利拿到了導演通行證。
至於為影片配音的演員，夢露有自己的看法。他對夢工廠低頭做大牌的做法不感興趣。他特意請了幾個實力大於名氣的演員來為這個角色演唱。不幸的是，為斯普林特先生配音的日本演員櫻井真子在電影結束前壹天去世了。這部漫畫成為了這位在好萊塢打拼了40多年的老演員的遺產。中國粉絲不得不關註章子怡，她是女忍者卡拉的配音。選擇她的原因很簡單:美國人還是把她當成黃皮膚黑頭發的明星，更符合這個角色的形象。
如何在連續武打和PG分級之間渾水摸魚
因為凱文嗎？伊斯曼希望忍者神龜有所突破，所以他不僅采用了最先進的數字技術，而且故事也是全新的。門羅和原作者商量打造壹個與原線索無關的劇本，去掉了壹直“陪伴”忍者神龜的反派斯萊特，換上了壹個更酷更壞的新角色。很多“龜粉”對此非常不滿。畢竟斯萊特壹直是這部作品不可分割的重要組成部分，但門羅堅持認為這個想法甚至得到了原作者皮特的認可，沒有必要質疑。除此之外，新故事既發揚了防邪懲奸的精神，又強調了“忍者神龜”組合的親情友情作用，再加上PG的分級，絕對的親情勵誌片。
參考這個PG分級，門羅明白深受忍者神龜影響的那壹代孩子現在已經成長為成年人，但還有壹代孩子正在被他們影響。這些孩子和帶他們去看電影的成年人是這部電影最有潛力的觀眾。針對這兩類不同年齡、不同要求的觀眾群體，為了加強視覺震撼力度，有必要在全片中貫徹激烈的打鬥場面，而不誇大暴力場面。他需要把精彩的動作展現在鏡頭上，做得非常幹凈利落。此次與香港著名CG動畫公司IMGAI合作，IMGAI與美國動畫產業關系密切。主要制作工作由香港同事完成，挑戰時差，兩地24小時輪班開工。武俠片中成長起來的香港動畫師，也為他們提供了最理想的動作場景。電影中忍者神龜居住的下水道世界也是仿照香港的下水道結構建造的。
作為壹部21世紀的電影，夢露和設計師們都不忘將其改造成更具時尚和潮流元素的忍者神龜。相比老電影版的橡皮人，新忍者神龜的外形更薄，線條更纖細，外殼和身體之間的比例更均勻，甚至讓人以為是胸肌和腹肌。而且為了突出每個角色的性格，在造型設定上有很多小細節——比如小動作，皮膚紋理。但是，總有人不買賬。有龜迷認為新忍者神龜太瘦太黑，和原版不搭。其實這是對影片的誤解，因為影片的對象是已經很黑暗的漫畫(門羅最初的想法是把影片直接做成漫畫風格的黑白效果)，而不是漫畫中線條更流暢、誇張的可愛形象。真正值得擔心的是，這部電影只有85分鐘長。如何分配時間把線索分散的故事講清楚，又不耽誤觀眾欣賞精彩的劇目？