東江水到達深圳水庫後，經過兩條橫跨深圳河的水管，進入邊界木湖的接收池，然後輸送到木湖泵站。從邊境鋪設的第壹條水管1960是在深圳供水協議達成後安裝的。水管的直徑是48英寸，總長度大約是十英裏。它起於文錦渡附近，途經石背頭和粉嶺，止於距石崗壹英裏的大欖湧引水道。1964新增第二條直徑54寸的水管，由新界文錦渡開始，經梧桐河抽水站至大埔頭輸水隧道，與船灣淡水湖系統連接。水管由吳彤河抽水站經上水及粉嶺到達大埔頭後，可經抽水站註入大埔頭，再經下城門水庫輸水隧道輸送至沙田濾水廠，供應市區。1989 165438+10月，進行三期擴建工程，維持二期工程水位不變，擴建東江、司馬、馬灘、祝塘、沙嶺泵站並增設塘下泵站，增加供水量至1743萬立方米，最大提水能力約69立方米/秒，其中69立方米。
1998年，廣東省政府提出從東莞橋頭鎮到深圳水庫建設壹條全長83km的封閉管道，避免飲用水沿線汙染，在短時間內改善水質。工程預計耗資47億元，其中24億元用香港政府無息貸款分20年償還。該項目始於2000年8月28日。管道壹期工程長50公裏，從東莞太原到深圳鹽田水庫。該項目於2003年6月正式開放。