2.如果專用發票的發票和抵扣聯已經丟失，且丟失前證明壹致，由專業部門經理負責協調聯系賣方， 取得賣方主管稅務機關出具的相應的專用發票記賬聯復印件(加蓋專用發票專用章)和遺失增值稅專用發票納稅申報證明或遺失貨物運輸專用發票納稅申報證明(以下簡稱證明)，並作為增值稅及時傳遞給發票管理人員。 專用發票和憑證的復印件應留存備查，並按照扣稅憑證的歸檔要求進行管理。
專用發票的發票和抵扣聯已丟失，丟失前未認證的，由專業部門經理負責協調聯系銷售方，取得相應的專用發票記賬聯復印件(加蓋專用發票專用章)和銷售方當地主管稅務機關出具的證明，並及時傳遞給發票管理人員。發票管理人員應以賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件為準。認證壹致的，可以憑專用發票記賬聯復印件和賣方當地主管稅務機關出具的證明。
3.公司丟失已開具的專用發票抵扣聯。如果在掛失前已經認證，可以使用專用發票的發票復印件備查；丟失前未認證的，可以用專用發票的發票認證，並保留專用發票的發票復印件備查。
4.如公司丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，並留存壹份專用發票抵扣聯備查。
如果增值稅專用發票的抵扣聯或發票聯只有壹張丟失，會比較好辦。但如果抵扣聯和發票聯同時丟失，處理起來就復雜多了。畢竟增值稅專用發票不同於普通發票，丟失後還可以補辦，壹定要妥善保管。