第八條符合土地增值稅清算條件的納稅人，應在90日內向主管地方稅務機關提出稅務清算申請，如實填寫《土地增值稅清算申請表》(附件2)，經主管地方稅務機關批準後辦理稅務清算手續。納稅人的土地增值稅清算申請不符合受理條件的，應當在《土地增值稅清算申請表》中註明不予受理的理由，並退回納稅人。
第九條主管地方稅務機關要求納稅人辦理房地產開發項目土地增值稅清算手續的，主管地方稅務機關應當開具《土地增值稅清算通知書》(附件3)，送達納稅人。納稅人應當自收到《土地增值稅清算通知書》之日起30日內，填寫《土地增值稅清算申請表》，報送主管地方稅務機關。經主管地方稅務機關批準後，應在90日內辦理稅務清算手續。
第十條納稅人在辦理土地增值稅清算申報手續時，應向主管稅務機關報送與稅款清算事項有關的資料，並填寫《土地增值稅清算資料清單》(附件4)。需要提交的相關信息如下:
(1)項目完工清算表、當期財務會計報表(包括:利潤表、主要開發產品(項目)銷售明細表、已完工開發項目成本表)等。
(二)國有土地使用權證書。
(三)取得土地使用權時支付的土地價款的有關證明和國有土地使用權出讓或轉讓合同。
(四)清算項目的預算、概算、項目合同書。
(五)能夠根據清算項目支付貸款利息的有關證明和借款合同。
(6)商品房銷售的相關證明材料，以加蓋公章的商品房買賣合同統計表形式，包括:銷售項目的樓號、房號、銷售面積、銷售收入、用途等。
(七)清算項目的工程竣工驗收報告。
(八)清算項目的銷售許可證。
(9)與房地產轉讓相關的完稅憑證，包括已繳納的營業稅、城建稅、教育費附加等。
(十)《土地增值稅清算驗證報告》。
(11)土地增值稅申報表(1份)。
(十二)稅務機關要求的與土地增值稅清算有關的其他文件。
第十壹條納稅人應準確、如實填報各類清算申報表及相關表格；納稅人委托中介機構進行清算驗證的，驗證報告應當詳細列明清算項目收入、抵扣項目以及土地增值稅清算的相關驗證信息。
第十二條主管地方稅務機關在收集納稅人提交的申請資料和評估報告時，應認真核對納稅人提供的資料，並嚴格按照評估報告的標準格式進行受理。納稅人提交的申請資料齊全的，主管稅務機關應當受理，並向納稅人出具《土地增值稅清算受理通知書》(附件5)，轉入審核程序。納稅人提交的清稅資料不完整、核查報告內容不規範、審核事項不明確的，應當退回納稅人修改核查報告或者補充資料，並向納稅人出具《土地增值稅清算補充資料通知書》(附件6)。清算資料齊全後，應重新辦理稅務清算手續。
房地產企業土地增值稅清算中存在的問題
根據現行的《土地增值稅暫行條例》，土地增值稅以土地和地上建築物為征收對象，以增值額為計稅依據，累進稅率為30%-60%。但由於房地產開發的各種成本項目，計算起來非常困難。因此，土地增值稅壹直是按照每年房地產項目的預計銷售收入預先征收，待項目竣工驗收後再進行清算。但由於扣繳率低，預提稅只占清算稅的壹小部分，大部分土地增值稅是在清算階段繳納的。根據《中華人民共和國國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發〔2006〕187號)的要求，符合下列條件之壹的，方可進行土地增值稅清算:房地產開發項目全部竣工銷售；未完房地產開發項目的整體轉讓；土地使用權直接轉讓。鑒於上述規定，壹些房地產項目往往會采取消極措施，以達到不繳稅或緩繳稅的目的，如推遲項目建設工期、預售後未實現竣工等。或者在出售完成後，保留壹定比例的開發產品，故意不實現土地增值稅清算的條件。這些手段確實可能達到延緩清算的目的，但可能會影響企業的經營，甚至造成法律和稅收風險。
編輯這壹段，拖延清算時間，會給企業帶來各種風險。
1，稅務風險
壹方面，征收速度受增值稅清算時間的影響。滾動開發是當前房地產開發的主流模式。這種開發模式特別依賴銀行貸款和預售收入來支撐項目開發。因此，其銷售回款的速度將直接影響房地產項目的開發成本。還款速度越快，開發的資金成本越低，利潤空間越大。如果企業把開發出來的產品保留相當壹部分不賣，首先影響的就是企業的資金回收。資本回收速度越慢，開發成本越高。另壹方面，房產囤積的結果可能導致更高的增值和更高的納稅。現在除了房地產企業主動清算，大部分房產只要符合條件，都有可能被稅務部門清算。《土地增值稅清算管理規定》(國稅發(2009)91號)列舉了稅務機關主動清算的條件，包括已竣工驗收的房地產開發項目；轉讓的房地產建築面積占整個項目可售建築面積的85%以上，或者雖未超過85%，但剩余可售建築面積已被出租或占用；銷售(預售)許可證三年未售出。但不排除未來稅務機關會進壹步完善主動清算的條件。那時候房產的增值可能比現在還高。壹些企業早年開發的房地產，現在增值會達到200%以上，土地增值稅達到利潤的60%，導致整個項目的適用比例增加。因此，延遲土地增值稅清算的時間不宜過長，要綜合考慮市場發展和政策變化的風險。
2.法律風險
首先，沒有進行土地增值稅清算的項目公司不能註銷。《稅收征收管理法》第十六條規定，到工商局註銷前，需辦理稅務註銷。而且《稅收征收管理法實施細則》也要求納稅人在辦理註銷稅務登記前，向稅務機關結清應納稅款、滯納金和罰款，並繳銷發票、稅務登記證等稅務證件。因為房地產項目公司有大量土地增值稅沒有清算，不可能得到註銷。事實上，房地產行業只有不到三分之壹的項目公司註銷了。據了解，房地產行業壹般采用壹個開發項目壹個項目公司的商業模式。壹段時間後，房地產企業可能已經積累了相當數量的項目公司，在管理上非常混亂和不便。這些項目公司雖然有開發資質，有壹定的殼值，但由於稅收上的不確定性很大，很難整體出售。其次，拖延工期可能會造成合同中的風險。房地產企業在項目竣工前進行預售。在預售合同中，他們壹般會和買受人約定交房日期和辦理房產證的時間。房地產企業如果只考慮規避土地增值稅清算，延長建設工期，是不會完成項目的。那麽可能會影響與買方合同的履行，引起不必要的糾紛，甚至可能面臨集體訴訟。