1，獨立核算的分公司由分公司自行進行賬務處理，向稅務機關申報納稅。非獨立核算的分支機構由分支機構辦理，申報納稅時會計資料並入集團公司，由集團公司匯總向稅務機關申報納稅；
2.力量不壹樣。允許獨立核算的分支機構獨立設置賬套、會計人員和報稅，享有更大的自主權。非獨立核算公司不能自行報稅，沒有獨立權力；
3.會計主體不同。獨立核算是分公司自己對業務過程及其結果進行全面系統的核算，非獨立核算是上級單位或總公司進行的；
4.企業所得稅的計算方法不同。分支機構獨立核算是對本單位的業務過程和經營成果進行全面系統的核算。非獨立核算是指每天或定期向上級單位報送與本單位經營活動有關的日常業務信息進行核算。分支機構壹般沒有獨立核算，尤其是在辦理分支機構稅務登記時。否則需要設置企業所得稅稅種，按照法人企業申報繳納企業所得稅。
壹、會計核算的內容如下:
1.根據財務制度的有關規定，審核費用支出的原始憑證，完成費用的核算、分析和控制；
2.做好各項收入和成本的計量確認工作；
3、做好往來核算，確保往來余額正確；
4.及時完成會計核算、報銷和財務報告的編制。
二、會計核算形式如下:
1，會計憑證的核算形式；
2.會計科目匯總表的核算形式；
3.多欄式日記賬會計表格；
4.匯總會計憑證的核算形式；
5.日記帳總帳會計形式；
6.普通日記帳會計形式。
總之，分公司獨立核算和非獨立核算的區別在於權限不同，核算主體不同。分公司獨立核算可以獨立報稅，享有較大自主權，非獨立核算不能自行報稅，沒有獨立權力。分支機構的獨立核算是由分支機構自己對其經營活動和結果進行全面系統的核算，非獨立核算是由上級單位或總公司進行。